• Santé - Structures, Séquence, Protéine

Questions de biochimie

Déduire un domaine transmembranaire d'une séquence primaire est assez difficile, la seule chose possible à l'heure actuelle est via un alignement de séquence des structures primaires entre ta protéine inconnue et une protéine connue et cristallisée dont on a défini un domaine transmembranaire.  [...] Sur base d'une homologie de séquence on en déduit une homologie de structure. Sinon les modélisations actuelles ne permettent pas encore d'estimer la configuration d'une protéine à partir de sa séquence primaire... on en approche depuis qu'on utilise des algorithmes liés à la physique quantique mais on en est encore loin.  [...]

[Biochimie] Conformation préférentielle des acides aminés ??

Donc si j'ai bien compris c'est une méthode empirique pour déterminer des éléments de structures secondaires connaissant la séquence d'un peptide ou d'une protéine.  [...] Pour cela ils ont tout d'abord analyser des structures 3D de protéines déterminer par cristallographie des rayons X. Ces structures sont stockées sur une banque de données la PDB (Protein Data Bank). Ils ont observés (analyse statistique) que certaines séquences en acides aminés allaient données préferentiellement des Helices alpha, des brins/feuillets béta ou des coudes.  [...]

Un 23ème codon???

Je sais pertinnement, que les Acides aminés, sont déterminés par la séquence de base des l'ARNm, dépendant lui même, de l'ADN. Par exemple, le contenu exonique, contenu dans l'ARNm, va se traduire en Protéine, à l'aide de certaines structures du cytoplasme soit.  [...] La séléno cystéine fait partie des acides aminés dit exotique, c'est a dire qu'ils sont peu fréquent et que des signaux particuliers sont présent sur la séquence de l'ARNm lorsqu'une protéine doit en incorporer un. Par exemple pour la Secys l'ARNm prend une structure secondaire particuliaire au moment de la trad.  [...]

[Biochimie] structure secondaire des proteines

je sais que la structure primaire détermine la structure tertiaire(tridimensionnelle) d'une proteine, mais est-ce qu'elle determine aussi sa structure secondaire la phrase suivante tirée de mon cours me met le doute un polypeptide peut presenter de nombreuses structures secondaire en fonction de sa séquence.  [...] Les protéines sont constituées d'un enchainement d'acides aminés qui présentent des propriétés physico-chimiques spécifiques (hydrophobes, polaires, chargés, acides, basiques...). La structure primaire est effectivement la séquence d'acides aminés constituant la protéine.  [...]

[Biochimie] acides aminés et structures

Peut-on deduire la structure II(hélice alpha, feuillet beta..) ou III (repliement ) d'une protéine à partir d'une séquence d'acides aminés (structure I).  [...] On arrive à peu près correctement à prédire les structures IIaires des protéines, mais pour les structures IIIaires, c'est beaucoup plus difficile. Et en fait, on ne prédit pas vraiment la structure, on essait de trouver parmi les structures que l'on connait déjà, lesquelles pourraient correspondre à la séquence donnée.  [...]

[Biologie Moléculaire] Durée de vie d'un ARNm particulier

En ce qui concerne les ARNm, la seule chose que j'aie trouvée est dans le cher Genes (volume 100000... je ne me souviens plus lequel, tellement il y en a), où Lewin parle d'attaques d'endo- et exonucléases mais les fréquences ne sont pas connues, les séquences cibles (il y en aurait) non plus.  [...] La stabilité des ARNm procaryotes peut être affectée par la séquence 5' UTR, et en particulier la présence de structures secondaires (génant la traduction). Des études ont été menées sur la stabilité des ARNm des protéines de choc froid chez E. coli dont la demi vie passe de 12 secondes à 37°C à 20 min à 15°C.  [...]

pourquoi les protéines dénaturée sont dégradées

En augmentant la température trop fortement, l'agitation atomique devient trop importante. Alors, les liaisons faible entre les différentes structures de la protéine se rompent. Du coup, la protéine se déroule et prend une nouvelle conformation. Et en fait, cette nouvelle conformation dimensionnelle de la protéine permet sa coagulation qui provoque un réarrangement spatial différent de sa configuration tri-dimensionnelle fonctionnelle.  [...] et ce repliement est essentiel au fonctionnement de la protéine. Il y a un système de contrôle qui vérifie le bon repliement de la protéine glycosylée. Si elle est mal repliée, le système de contrôle empêche son adressage aux structures suivantes (je vais pas détailler).  [...]

[Biologie Moléculaire] Protéines [Master 2] problème structures secondaires différentes

Je suis en 2ème année de Master SVT et je vous écris car j'ai un petit problème pour un devoir, je dois trouver (entre autre) le nom d'une séquence d'acides aminés qui se retrouverai dans des structures secondaires différentes.  [...] Je pensais que les structures secondaires étaient déterminées par les structures primaires et qu'elles correspondaient au niveau de conformation le plus stable (soit une séquence d'acides aminés = une seule structure secondaire possible).  [...]

[Biologie Moléculaire] Structures

- La structure primaire, c'est la séquence en acide aminés. En fonction de la nature des groupements ( -R ) des acides aminés présents, des structures secondaires peuvent se former ou non. Certaines séquences favorisent plus facilement telle ou telle structure secondaire du fait de l'encombrement et des charges des groupements des AA qui la forme.  [...] - La structure IVaire, c'est l'assemblagfe de molécules de protéines entre-elles pour former une protéine active. Les gènes codent des chaînes qui se structurent, mais plusieurs chaines sont parfois nécessaire pour constituer une protéine active. on parle de dimère, trimère ou tétramère (= 1, 2 ou 4 protomères assemblés).  [...]

[Biologie Moléculaire] repliement de molécules

Déjà, il faut savoir de quelles molécules tu parles. Tu peux prendre les protéines. il existe des interactions entre les acides aminés qui leur donne des structures particulières (des schémas classiques en hélice et en feuillet (structures II) et des formes plus complexes faisant intervenir les radicaux des acides aminés (structures III et/ou IV)).  [...] Il y a un livre très bien fait, très didactique. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis, David W. Mount, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. Le chapitre 8 parle de prédiction de structures secondaires pour l'ARN, le chapitre 10 - pour les protéines.  [...]