• Santé - Sonde, Séquence, ADN, ARN

[Biochimie] Nucléase S1

Selon moi, le S1 mapping commencerait par le marquage d'une sonde d'ADN, puis on dénature pour n'avoir qu'un seul brin d'ADN, et ensuite on va l'hybrider avec une séquence d'ARNm en 5' de celle-ci, puis on utilise la nucléase S1, afin de couper les parties qui ne se sont pas hybridées.  [...] Donc je pense que les parties dégradées correspondent à des séquences introniques (puisque non appariement avec l'ARNm) et j'en conclus donc que cette méthode sert à savoir la taille de la séquence qui se trouve avant le premier exon, soit la séquence promotrice.  [...]

Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

Voici ma question. Compte tenu du fait que l'ADNc ne contient que des exons comment se fait il que la sonde extremité 5' detecte quelque chose car il me semble que dans L'ARN mature ( qui permet d'obtenir l'adn c par RTPCR ), la sequence 5' n'est pas transcrite.  [...] j'explique si la deuxiéme sonde utilisée est marqué à son extrémité 5' et puisqu'elle s'hybride avec le fragment 1.1 adnc et 4.1 dans l'adng.....je pense que la séquence du fragment 1.1 est comprise dans le frg 4.1 et donc ce dernier contient une partie exonique de 1.  [...]

[Biologie Moléculaire] Ribosonde

Eh bien je n'ai jamais étudié la question, mais il y a deux méthodes qui me viennent à l'esprit pour synthétiser des ribosondes. Soit tu fais une transcription in vitro à partir de la séquence d'ADN voulue, soit tu fais de la synthèse en phase solide, utilisée aussi pour faire des sondes ou amorces d'ADN et des peptides.  [...] - La séquence d'intérêt clonée dans un vecteur (plasmide, ADN donc) contenant un promoteur viral (T7, T3 et SP6 sont les plus utilisés).  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique d'hybridation

Tu as ton ARN, tu lui hybrides une amorce ADN (qui peut-être une sonde marquée visualisable sur Northern Blot) et à l'aide d'une ADN polymérase ARN dépendante, tu produis un ADN complémentaire de cet ARN. Donc oui tu peux appeler ça une réaction de transcription inverse je pense.  [...] Si les ARNm sont d'abord séparés par éléctrophorèse et qu'on utilise une sonde ADN marqués monocaténaire, il s'agit alors d'un northern blot qui permet de détecter un ARNm parmi les autres sans réaction de transcription inverse derrière. Northern blot et transcription inverse ne se réalise jamais en même temps.  [...]

dot blot- southern blot

Le southern est une technique de mise en évidence d'une séquence d'ADN. Il suffit de faire migrer l'ADN sur gel d'agarose, ensuite on fait une migration sur membrane, puis une révélation avec une sonde marqué.  [...] Cette technique a été mis au point par monsieur Southern, par la suite, pour la recherche des ARN et des protéines, le northern et southern ont été mis au point, et le nom est donc une blague par rapport au nom de Southern.  [...]

[Biologie Moléculaire] hybridation moléculaire

Il faudrait que tu donnes les informations, sinon il va être difficile de t'aider. Qui plus est, la question serait sans doute mieux en chimie.   [...] ou chromosome) dans le génome des souches d'une bacterie enterique l'ADN des souches a été digéré avec l'enzyme I-CeuI, et une électrophorèse en champ pulsé a été lieu(figure A) ensuite une hybridation avec une sonde marquée spécifique du gène bal1(figure B ) et une sonde du gène de l'ARN ribosomal 16S (figure C).  [...]

Isoler un ARNm

Bon alors le mieux c'est de lyser les cellules par les méthodes classiques, avec en plus un inhibiteur des RNases. Après tu fais une centri (10000rmp pendant 10-15 minutes) pour enlever les membrane et les organites. Après le mieux est de faire agir une DNase après avoir fait agir un dénaturant de protéines (SDS, beta-mercapto,   [...] ..) qui enlèvera les protéines liées à l'ADN pour mieux le dégrader. Avec ce que tu récupère (ARN plus ou moins purs), tu peux ensuite faire un gel dénaturant puis hybrider une sonde spécifique de l'ARNm que tu veux purifier (Northern). Tu auras donc une seule bande si ta sonde est assez spécifique et que tu n'as pas perdu ton ARNm en cours de route (normalement non ).  [...]

biologie moléculaire

si ta sonde hybride les ARN (les duplex ARN/ADN ca existe ), ca vient juste représenter la différence d'expression des gènes dans les différentes celulles,  [...] si ta sonde n'hybride que les ADN, ca pourrait représenter la différence d'accessibilité des gènes spottés, dans les cellules ou le signal est le plus fort on aurait un gène plus accessible qui suppose une plus forte expression.  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr

Je ne comprend pas vraiment...une sonde est complémentaire et antiparallèle de la séquence à étudier donc comment rajouter une séquence à l'extrémité 5' Celle-ci ne s'hybride pas Et puis une enzyme de restriction ne coupe que sur un ADN double brin donc je ne vois vraiment pas comment tout cel s'organise.  [...] Si on considère l'amorce sens, au premier cycle, la partie 3' va flotter, et l'élongation se fera à partir de son extrémité 5', qui elle est bien hybridée au brin matrice. On aura donc un double brin avec un bout qui flotte que l'on appellera couramment 3' overhang.   [...]

problèmes de Northern

On a utilisé une sonde actine, purification sur colonne sephadex, et on se retrouve après révélation avec un profil uniquement ARN, pas d'ADN.  [...] Le forum Pr ésentez-vous, comme son nom l'indique, sert uniquement aux messages de pr ésentation des nouveaux membres. Seules les modérateurs peuvent répondre aux fils qui y sont ouverts.   [...]