• Santé - Séquences, Sens, Programme, Séquençage

[Biologie Moléculaire] PCR et Taq : répétition de nucléotide

J'ai remarqué que même si mes PCR fonctionnent correctement, derriere si je séquence (enfin j'envoie à une société de séquencage) mon gène ZP4 j'ai un electrophérogramme illisible à partir d'une certain niveau.  [...] Tu séquences en sens et en anti-sens Comment lis tu tes séquences D'après une séquence rendue par le programme de séquençage ou directement sur les pics avec un programme type bioedit Je te demande parce que parfois les programmes des séquenceurs ne parviennent pas à lire une séquence sur les pics parce qu'ils sont trop faibles, un peu étalés, qu'il y a un bruit de fond, mais en les regardant toi même tu y arrives et tu complètes tes trous.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorce Sens et Anti-sens

Après un séquençage, les deux séquences obtenues sont représentées l'une en dessous de l'autre pour l'alignement avec une séquence de référence.  [...] lors du séquencage, si tu sequences dans les deux sens, tu auras la composition du brin sens (5'-. 3') et du brin antisens (5'-. 3'), et sur l'un des 2 le reverse complémentaire à été fait afin afin d'avoir 2x le brin sens et de comparer les deux séquences par un alignement classique.  [...]

Détection SNP

Probablement pour faire l'queivalent d'un séquençage de Sanger avec la spectro de masse avec l'analyse fine de la masse des fragmants obtenus.  [...] Aprés séquençage par maldi tof les différentes séquences obtenues sont ensuite alignées. Les sites de polymorphisme de séquences sont alors identifiés oui d'accord ba pourquoi utiliser la technique maldi tof (souvent utilisée pour le séquencage des proteines) plutot que la méthode sanger c'est une histoire de sensibilité.  [...]

[Biochimie] séquençage d'ADN: quel brin choisir?

merci. Je sais bien que si on en connaît un on connaît l'autre, mais souvent les séquences d'ADN de différentes provenances sont comparées. Dans ce cas il me semble nécessaire de toujours prendre le même brin, si ça a un sens ().  [...] J'ai également entendu parler de certains cas où une même séquence peut être lue dans les deux sens et appartenir ainsi à deux gènes différents.  [...]

Les microbes aériens, nouvelle marotte de Craig Venter

Craig Venter, qui s'est fait connaître à travers le programme de séquençage du génome humain de sa société Celera Genomics, a décidé de passer en revue les populations microbiennes du ciel new-yorkais.  [...] L'approche du chercheur américain a un double objectif. améliorer la compréhension de la vie microscopique en milieu urbain grâce aux données génétiques obtenues et bien sûr développer des dispositifs de surveillance des agents pathogènes pour prévenir les risques de bioterrorisme, en complément du programme fédéral Biowatch actuellement déployé dans une trentaine de villes.  [...]

Séquençage de l'ADN

Ah, si on ne connait rien de la séquence, c'est différent. On peut par exemple la cloner dans un vecteur connu et l'utiliser comme matrice de séquençage, mais on peut aussi utiliser des amorces aléatoires. Qu'il y ait un overlap n'est pas un problème si on a suffisamment de lecture. Renseigne toi sur le shotgun sequencing.  [...] S'il est obtenu par PCR, ou par digestion enzymatique (sauf blunt) par exemple, on sait dans quel sens il sera inséré dans le plasmide. Si on fait du séquençage total (comme WGS par ex), on s'en fout un peu puisqu'il y aura, après reconstitution, des séquences codantes sur les deux brins.  [...]

sequencage du genome humain

Grâce à ses séquences et aux modifications qui y ont été introduites (des mutations), on peut expliquer des maladies génétiques par exemple... Le séquencage du génome d'un organisme nous permet de mieux le comprendre, de pouvoir le comparer à d'autres organismes (les gènes exprimés sont ils différents similaires si oui, il est fort probable que ces deux organismes soient apparentés).  [...] autre question, basique. on ne detecte donc qu'il y a un gene a un endroit lors d'un sequencage simplement via des sequences bien définies (comme initiation de la transcription, terminaison, promoteurs,...).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

L'idée c'est d'identifier des espèces selon leur génome, à partir d'échantillons inconnus. Lorsqu'il y a un seul organisme dans l'échantillon, après séquençage, comme celui de sanger, on obtient une séquence nette. Mais si il y a plusieurs espèces dans l'échantillon, on obtient une superposition des deux séquences, donc c'est illisible.  [...] Et d'ailleurs, le barcode ne permet pas d'identifier les espèces dans un mélange. Le barcode c'est toi-même qui l'introduit. Le principe ici est de mixer plusieurs échantillons et les séquencer en même temps pour diminuer les couts de séquençage. Dans un second temps on sépare les expériences selon leur barcode in silico.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequençage amorce

Ma question porte sur le sequençage j'aimerai savoir quel était la methode pour bien choisir l'amorce dans une sequence je m'explique.  [...] Pour une PCR il faut 2 amorces l'une sens l'une antisens, mais qu'en est-t'il pour le sequençage Faut-il une sequence complémentaire, sens.  [...]

[Biotechnologie] Biotechnologies....

Il y a aussi un gros travail de rédaction d'articles (logique puisque c'est l'aboutissement normal des recherches). Il peut y avoir aussi du travail sur ordinateur (les personnes qui font du séquençage utilisent des programmes pour aligner les séquences d'ADN, on utilise aussi pas mal l'informatique pour faire de la phylogénie.  [...] J'allais le dire, c'est tellement sympa de venir faire un tour sur le forum entre deux digestion d'ADN, de lire un petit dossier pendant que ton gel de sequence migre, de regarder les dernieres news alors que tes mutants poussent sur les boites...rahhhh c'est sympa tout ca quand meme.  [...]