• Santé - Séquences, Designer, Amorces

[Biochimie] séquence promotrice

Je cherche un site qui permet d'obtenir les séquences promotrices des gènes eucaryotes. En fait je veux mettre au point des ChIP et je ne trouve pas de site me permettant de récupérer les séquences promotrices pour designer mes amorces.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

Si tu cibles un gène très bien conservé chez d'autres souches bactériennes, tu peux designer tes amorces sur un consensus (à partir des leur séquences).  [...] Tu récupères des séquences d'un même gène de ton espèce d'intérêt ainsi que d'autres que tu ne veux pas quantifier, tu les alignes avec un logiciel d'alignement, et tu t'amuses à trouver des endroits ou la séquence est différente. Après il te faut avoir de la chance et que des amorces puissent être créées dans cette zone.  [...]

Amplifier séquence cible cDNA

Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.  [...] mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast connait l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour).  [...]

[Génétique] désignaion d'amorces pour une qpcr

D'arès mes connaissances les amorces doivent etre spécifiques pour quelles ne s'hybrident pas à des régions autres que mes cibles.Mais est ce que je peux désigner des amorces dégénérées etant donnée que les séquences présentent des variations meme dans les régions conservées.  [...] dans ce cas, si c'est vraiment infaisable (faut aligner toutes les séquences pour voir si on a quelques chances de poser des amorces) on peut faire des PCR multiplex (avec des pools d'amorces) mais la mise au point est du coup beaucoup plus complexe (notamment l'efficacité a prendre en compte).  [...]

[Biochimie] Insertion vecteur

oui en effet il doit y avoir des séquences prévues pour amplifier une partie du vecteur contenant l'insert, ou bien tu peux designer des amorces pour le faire. par exemple une avant le site de clonage, une dans ton insert. Il y a aussi beaucoup plus rapide.  [...] Ok.merci on a choisi la PCR avec des amorces car la digestion de restriction je ne l'ai pas vu en cour. Par contre l'autre soucis c'est de savoir ensuite si je choisi une PCR/RFLP ou PCR/RAPD car meme avec les avantages et inconvénients des 2 je n'arrive pas à choisir.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorces dégénérées ???

après un gros travail de blastX et P sur plusieurs banques, j'ai pu obtenir des alignements inter espèces qui mettent en lumière des zones relativement conservées.. A partir de ses alignements je dois designer des amorces dégénérées afin d'amplifier des séquences de mon espèces endémique pour les séquencer et faire de la semi qPCR.  [...] Ma question est la suivante. Y-a-t-il des conditions particulières pour désigner les amorces et la réaction PCR (tailles, %GC et AT DMSO ou non Nested PCR ou touch downPCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

Quoi qu'il arrive il te faut des amorces de part et d'autre de la sonde pour la qPCR. Réutiliser la séquence de la sonde FISH pour une qPCR en Taqman, c'est une bonne idée, d'autant qu'elle est publiée. Donc oui il te faut faire un blast et aligner les séquences spp.  [...] mais uniquement pour designer les amorces vu que tu as ta séquence pour la sonde taqman. Ensuite, pour une PCR classique, tu reprends les amorces de ta qPCR et c'est parti.  [...]

[Génétique] Primers design

Je suis nouveau dans le monde de génomique, et je ne sais pas comment designer des amorces pour une pcr, une nested pcr ou sanger sequencing.  [...] Tout d'abord il te faut te familiariser a l'utilisation de banque de données,par exemple NCBI, plus couramment utilisé. Ensuite, je te propose de télécharger SerialCloner et BioEdit qui sont tous deux des logiciels de bioinformatique.   [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel ou Q-PCR

J'ai une grande interrogation au sujet du Q-PCR et des amorces. Je sais qu'il est possible de designer des primers avec un logiciel, de façon à ce que les primers chevauchent une séquence intronique et exonique.  [...] Mais normalement, mes amorces de Q-PCR ne devraient-elles pas donner un produit de taille différente quand je fais un PCR sur du génomique et sur de l'ADNc Pourtant dans mon cas les deux produits obtenus ont le même poids, ce qui est fou. Je me demande si je loupe un train dans la compréhension de la technique ou si il s'agit simplement d'une contamination.  [...]

Help please ! Design d'amorces pour l'insertion de 3 nt

Une des deux amorce correspond tout simplement à la séquence formée par les 15 premiers Nt. L'autre amorce correspond aux 15 Nt complémentaire des 15 derniers Nt de ta séquence à amplifier.  [...] C'est tout bête, il suffit d'appliquer le principe que j'ai énoncé précédemment, en fait. A savoir. Une des deux amorce correspond tout simplement à la séquence formée par les 15 premiers Nt. L'autre amorce correspond aux 15 Nt complémentaires des 15 derniers Nt de ta séquence à amplifier.  [...]