• Santé - Séquence, Vecteur, Génome

[Biologie Moléculaire] Séquences répétées inversées

Pas exactement. Une séquence répétée inversée est contenue dans un vecteur par exemple afin d'inactiver un gène d'un génome. Cette séquence est constitué du gène en question (5'-3') et de la séquence de ce gène mais inversées (3'-5').  [...] Si on veux invalider un gène ATTCC par exemple contenu dans un gènome, on transforme le microorganisme par un vecteur contenant la séquence ATTCCCCTTA (soit la séquence du gène à invalider et la séquence du gène mais inverser).  [...]

[Biochimie] Quelques questions sur les OGM

-Si tu veux faire exprimer une protéine exogène, par exemple une enzyme qui permet a une bestiole de résister a une toxine, tu insères le gène codant pour ton enzyme dans le génome de la bestiole, permettant ainsi à la protéine d'étre produite par l'individu.  [...] Les techniques sont assez complexes mais on a recours a des techniques de recombinaison homologue dans des cellules souche. La recombinaison homologue permet d'insérer dans le génome un morceau d'ADN qui contiendra la séquence qu'on veut intégrer. Si on ne veut pas forcément contrôler le lieu d'insertion du gène, on peut utiliser un vecteur qui integrera la séquence n'importe ou dans l'ADN (un virus par exemple).  [...]

[Biotechnologie] Criblage d'une banque à partir du phage lambda

En TP, nous allons bientôt réaliser le criblage d'une banque construite à partir du phage lambda ZAP. Dans notre poly, il est indiqué que le génome de la bactérie utilisée pour l'infection fait 3,13x10^6pb et que la taille de l'insert est environ de 10Kb. A partir de ces seules données, peut-on prévoir/calculer la fréquence de phages positifs que l'on obtiendra à l'issue du premier criblage Et si oui, de quelle manière.  [...] Il y a une formule qui donne le nombre de clones nécessaires N en fonction de la probabilité p de présence de la séquence insérée (donnée que vous n'avez pas) et du rapport n entre la longueur du génome du phage vecteur et la longueur du fragment inséré.  [...]

[Biotechnologie] RNA interference : siRNA, shRNA

- Dans le cas des shRNA, la séquence codant pour le shRNA est contenu dans un vecteur, comment le vecteur est-il intégré dans l'animal A-t-on une insertion dans le génome (dans ce cas il serait possible de faire un genre de Knock-in), ou le plasmid reste-t-il simplement dans le nucleus, et exprime le shRNA (possibilité de passage à la cellule fille ).  [...] En effet le shRNA a besoin d'un promoteur et d'autres séquences pour s'exprimer (moins ready to use que le si). On peut effectivement l'intégrer dans un vecteur adénoviral (qui ne s'intègre pas. effet transitoire) ou lentiviral (qui s'intègre, donc effet stable si on utilise une sélection des cellules ayant intégré le vecteur) ou AAV.  [...]

Séquençage

J'ai juste une petite question, dans les projet de séquencage de génome de grande taille l'utilisation de vecteur est nécessaire. Je sais que la séquence d'ADN que l'on veut étudier doit être scindée afin de placer les inserts obtenus dans des vecteurs. Ces vecteurs seront ensuite clonés à l'aide d'organisme hôtes.  [...] DOnc puisque la séquence génomique est inconnue, selon toi il est impossible d' effectuer une PCR...car le problème réside dans les amorces nécessaire à cette étape...mais suite à l'amplification de nos insert dans les vecteurs...il faudra bien que l'on dessine des amorces pour que la méthode de Sanger puisse fonctionnée.  [...]

[Biologie Moléculaire] Programme de clonage

En fait je me demandais si avec ce logiciel on pouvait directement mettre le vecteur circulaire (séquence), spécifier avec quelles enzymes on veut couper, et qu'il nous donne la séquence du vecteur linéaire déjà découpée. Ou sinon pas grave je le ferai à la main.  [...] J'utilise serial cloner (merci serialbasics) mais je ne trouve pas comment changer les couleurs des séquences soit les lettres ou surlignage dans la partie séquence soit les flèches sur le vecteur circulaire dans graph map. Par contre j'ai trouvé dans features les couleurs pour les annotations des features dans grap map.  [...]

soutern, PCR, banque genomique

En ce qui concerne la banque génomique ça sert à garder in vitro les séquences trop grandes pour être contenues dans un seul vecteur et de pouvoir ainsi les manipuler et les conserver facilement. On peut étudier les séquences séparemment.  [...] UNe banque génomique, c'est une collection de vecteur ayant chacun intégré un morceau d'ADN génomique, par exemple après digestion à completion de ce dernier. Le passage en vecteur permet d'amplifier ce morceau (notamment quand ne connait pas la séquence, alors qu'on amplifie en PCR quand on la connait en général) et donc de le stocker (conservation), et de l'analyser (restriction, séquencage depuis une amorce située sur le vecteur).  [...]

[Biologie Moléculaire] Connaitre séquence génomique....

je peux te conseiller le genome walking. C'est une technique qui permet d'analyser des fragments adjacent de proche en proche. La premiere étapes consiste a construire une banque de fragment tagé. Et apres y a une PCR et une nested a faire, avec une amorce spé de ta sequence connu et une amorce spé du tag.  [...] Bonjour,pour ne pas recréer un nouveau topic, je poste ici, je voudrai savoir pourquoi on fait un clonage (fragmentation du génome, et incorporation des fragments dans un vecteur et établissement d'une banque génomique...) pour faire un séquençage.  [...]

Créer une protéine taguée NLS

J'ai ma séquence codant ma protéine dans un vecteur A. je suis capable de la sortir.  [...] Quelqu'un connait-il un vecteur avec un tag NLS dans lequel je pourrai rentrer la séquence codant ma protéine Puis-je acheter directement le TAG.  [...]

[Immunologie] Fixation pour immonofluorescence

Certains fluorophores sont incompatibles avec la fixation des cellules. Ils émettent de la fluorescence sur cellules vivantes mais plus sur cellules fixées (exemple. mitotracker, il faut un mitotracker modifié spécifiquement par génie chimique pour qu'il soit compatible avec la fixation des cellules).   [...] Je vais surement dire quelque chose de tres tres bete, mais je lisais ce que tu avais ecrit, et qq chose a du m'echapper... Si tu réalise un immunomarquage de tes tag sur vecteur vide c'est normal que tu n'ais pas de marquage nan ton tag etant lié a ta sequence codante, sans sequence codante pas de tag.  [...]