• Santé - Séquence, ADN, Bande

[Biochimie] Séquençage de ddN

pour la méthode de Sanger dans un tube on ajoute l'ADN à séquencer, UNE amorce, la polymérase, des dNTP et des ddNTP, on lance la réaction de séquence (semblable à la PCR). Ici c'est l'ancienne façon de faire (l'originale). On met la même chose dans le tube mais un ddNTP différents dans chaque tube donc au final un tube avec ddNTP A, T, C, G.  [...] Lors du cycle de séquençage, la polymérase a 2 choix, un dNTP et la réaction continue ou un ddNTP et la réaction s'arrête. Heureusement, il n'y a pas qu'une molécule d'ADN dans le tube et donc les 2 possibilités vont se faire.  [...]

[Biochimie] La Replication de l'ADN durant l'Interphase

On remarque que la bande d'un cycle cellulaire se divise en deux pour former un temps en deux cycles. Donc ce serait l'hypothèse semi-conservatif avec les deux brins de l'ADN qui se séparents et servent de modèles pour former de nouveaux brins complémentaires.  [...] - Après le temps de deux cycles cellulaires, la bande d'ADN c'est divisé en deux. une bande de densitée égale à 1.710, et une autre bande de densitée égale à 1.717. on observe donc la présence d'ADN hybride et léger, l'ADN lourd à disparu.  [...]

[Biologie Moléculaire] le gel idéal??

Le plus bas que j'ai fait c'est 0.4% d'agarose et ça pouvait encore allé, d'où ma remarque sur le 0.2%...C'est vrai que ça fait peu. Déjà si tu fais un 0.6% ce sera mieux en effet. Mais ton but n'est apparemment pas de séparer des fragments d'ADN génomique, c'est plutôt pour voir si ta purif a bien marché, je me trompe Dans ce cas l'important est que ton ADN génomique rentre dans le gel pour vérifier la netteté de la bande, afin de voir s'il n'y a pas de dégradation qui causerait un smear en-dessous.  [...] Ensuite, pour visualiser des ARN, il faut en mettre une quantité relativement importante et troisièmement, si tu voyais des ARN en bas, tu en verais aussi en haut qui représenteraient les ARN 18s par exemple. Or ici on ne voit qu'une faible bande en haut et un petit paté en bas qui selon moi n'est rien autre que des ADN un peu degradé, d'ailleurs, on peut voir un léger smear sur ton gel.  [...]

[Biologie Moléculaire] Déterminer la masse d'ADN dans une bande après électrophorèse

On peut alors dire combien il y a d'ADN dans la bande du puits 1 ou 3 de même intensité, et sachant quel volume on a déposé dans le puits, on peut alors savoir quelle concentration on avait dans le tube, et donc la quantité d'ADN qu'on avait à la sortie de la PCR.  [...] La question en elle-même est donc. comment faire pour déterminer la quantité d'ADn présente dans chaque bande du marqueur PM.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de PCR

Aucune bande qui pourrait montrer une certaine amplificationd'un fragment d'ADN. par contre tout en bas du gel et au niveau de tous les tubes y a une bande de la même taille et même intensité (paraît comme s'il s'agissait de fragments d'ADN dégénérés...) et qui correspond à la plus petite bande du marqueur et qui est située aussi tt en bas.  [...] Le bleu de bromophénol est juste un colorant qui migre comme l'ADN pour suivre l'avancement de la migration. C'est une petite molécule qui migre a peu près à la même vitesse qu'un petit fragment d'ADN. Les bandes d'ADN que tu vois sont les amorces non utilisées dans la réaction et se retrouvent a peu pres a la hauteur du bleu.  [...]

PCR clonage

je tente de cloner une sequence a partir d'un transcriptome. j'ai désigné des primers pour pecher ma sequence d'une banque ADNc, j'ai obtenu une bande de la bonne taille. ensuite j'ai rajouté des sites de restriction a mes primers, et là j'obtiens plus rien.  [...] tu as essayé de réamplifier ton produit de PCR avec des amorces contenant des sites ou tu as recommencé a partir de la banque.   [...]

[Biologie Moléculaire] purification d'épisome et CsCl gradient

Par contre il faudra peut-être réaliser d'abord une extraction ADN par CsCl, puis une électrophorèse sans digestion pour récupérer les épisomes - censément parmi les nucléotides intermédiaires entre les ARN de tout poil et les chromosomes. Ou alors une purif sur colonne à billes si on connait la taille approximtive des épisomes - on choisira le gel en conséquence.  [...] ) =. c'est ton épisome. Tu en auras probablement plusieurs, tu coupes chaque bande, puis tu les purifies (il y a des kit spéciaux pour cela, qui coute pas cher), et tu fais séquencer. Tout ceux qui s'aligne sur de l'humain (ou l'ADN de la cellule hote) =. poubelle.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR positive puis négative

Seulement sur les 40 souches testé 20 sont sortis négatives du séquençage, pensant avoir fauté quelque part j'ai retesté une réaction de séquençage sur ses souches sans conviction, j'avais séquencé d'autres gènes en mêmes temps, et bien sûr le séquençage fut négatif.  [...] Il est vrai que j'ai eu des faux positifs avec une bande qui apparait 100pb plus bas mais même en sa présence j'ai pu séquencer mon ADN et lorsque je 'ai refait cette manip en double, ma collègue et moi avanons eu tous les deux ce faux positif, ce qui me semble invalide l'hypothèse d'un contaminant.  [...]

[Biologie Moléculaire] identification d'un gène

L'approche dite de force brute, qui suppose un monde idéal rempli d'étudiant corvéables et de crédits. Tu séquences les parties codantes (exons) de tous les gènes chez tous les patients + quelques contrôles. sisi, ils le font vraiment. Et la bingo, tu trouve une petite substitution non synonyme/indel dans l'exon lambda du gène tartampion chez tous les malades (et tu te jettes sur ton traitement de texte pour rédiger une publication).  [...] - le fait que le produit est long et la séquence est courte peut être expliqué par un mécanisme quelconque... (mais lequel une polymérisation des fragments PCR la bande de 1000 bases que je vois est non spécifique, et je séquence une autre bande 150 bases invisible sur gel ).  [...]

A quoi sert une électrophorèse ?

Là par exemple, j'ai fais migrer un ADN d'E.Coli, avec un deux marqueurs de taille, un de 100pb, et un de 1kb, je comprend pas comment faire pour comparer les tailles, les ADN d'E.Coli se sont tous arrêtés au même endroit, et ça fait une succession de bande pour les marqueurs.  [...] Les marqueurs servent à évaluer le poids de ton fragment d'ADN qui migre. si tu as un marqueur à 100 pb et que ton ADN a migré au même niveau que les marqueurs (bande des marqueurs et de ton ADN sont côte à côte), ça veut dire que ton fragment d'ADN fait aussi 100 pb (car les molécules migrent en fonction de leur taille).  [...]