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[Biologie Moléculaire] Efficacité PCR temps réel

Ou carrément il y a vraiment synthèse, à chaque nouveau cycle d'amplification, de plus de 2 fois la quantité d'ADN du cycle précédent.  [...] et pour l'efficacité des amorces je fait une gamme des dilutions au 1/25eme,donc est ce que ce juste de trouver une différence de Ct entre 4 et 5 cycles entre chaque 2 points (1/25 et 1/625 par exemple) ou svp comment faire.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment analyser les résultats de PCR quantitative???

J'arrive à la précision du facteur 2. La PCR marche par cycle de doublement de la quantité d'ADN-cible. Au cycle c, on a n copies de la cible, au cycle c+1, on a 2n copies dans le tube. La précision de la mesure par l'appareil est de +/- 1 cycle, donc plus ou moins un facteur 2.  [...] L'intérêt du standard est de pouvoir calculer l'efficacité de la PCR.[ Rappel Q(i+1) = Q(i) x E, avec Q(i) la quantité d'ADN au cycle i, et E l'efficacité d'amplification. On considère souvent, à tort, que E=2, or si l'on compare 2 gènes ayant des efficacité d'amplifications différentes et que l'on prend E=2 pour chaque gène, on induit une erreure, d'autant plus grande que le delta Ct est grand et que la différence entre les efficacités est grande.  [...]

Condition Rnase-free ...

C'est une technique de réplication exponentielle de fragments courts (centaines ou milliers de base) d'ADN. Chaque nouveau double brin servant de matrice à un nouveau cycle de copie. au bout d'un moment on a des quantités énormes d'un même brin, ce qui est fondamental pour pouvoir faire du séquençage, etc.  [...] Les cones (pour les pipettes) ne doivent pas avoir ete manipulés avec les mains (mieux vaux utiliser des cones specifiquement pour cette utilisation). Il est souvent conseille de porter des gants bien que je sois septique sur l'interet de cette pratique. Sinon l'eau, est une bonne source de contamination prendre de l'eau traitee au DEPC.   [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel

Enfin, courbe étalon. Elle permet de corréler la valeur du Ct que détecte la machine avec la quantité réelle d'ADN présente dans le tube au début du run. En théorie et comme vous le savez, la quantité d'ADN dans une PCR double à chaque cycle. En théorie oui mais ce n'est pas toujours vrai, et cela dépend de nombreux paramètres (qualité des amorces, quantité initiale, mix, paramètres de cycle, etc.  [...] dans ce cas les deux sont pas mal. vous pouvez toujours (je le fais a chaque fois personnellement pour un nouveau couple) déposer le produit de PCR sur gel, pour voir si la taille est bien la taille attendue, ça fait un check supplémentaire.  [...]

[Génétique] PCR - Calcul du nombre de cycles

Je partirais du principe qu'un microgramme représente Da. Avec un amplicon de 2001 pb qui fait Da, on peut calculer le nombre de cycles nécessaires pour arriver à 1 microgramme si on commençait avec un seul template. Après, il suffit de trouver encore combien de templates on a dans notre échantillon de départ avec le fait qu'on a 10 ng d'ADN de 1 milliard de pb.  [...] Ensuite, vu que tu sais comment se comporte la quantité d'ADN a chaque cycle d'amplification, il suffit de calculer le nombre de cycles pour arriver a 1µg.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel (qPCR)

selon le principe théorique de la PCR, la quantité d'ADN double à chaque cycle. Autrement dit, si entre 2 puits il y a une différence de Ct d'un cycle, on peut supposer qu'il y a 2X plus d'ADN dans un des puits.  [...] De plus on ne calcule pas l'augmentation de la quantité d'ADN dans le tube, on calcules le nombre de cycles théoriques qu'il faut pour avoir X quantité d'ADN, qui équivaut à une quantité Z d'ADN initiale, ce qui est légèrement différent.  [...]

[Biologie Moléculaire] Différences entre les types de Taq ?

une autre question SVP comment je peux interpréter le gel d'électrophorèse losque la PCR n'a pas marcher c a dire quant je dis qu'il s'agit d'un excès d'amorces ou d'ADN ou mgcl2.  [...] L'efficacité va aussi dépendre de la qualité de l'ADN, du cycle utilisé, s'il est bien optimisé, des quantités d'ions mises, etc.  [...]

Cycle cellulaire et cytofluorimétrie

sur ce type de graphe typique typique pour l'analyse du cycle cellulaire, la quantité d'ADN se lit sur l'axe des abscisses tandis que l'axe des ordonnées renseigne sur le nombre de cellule.  [...] via leur quantité d'ADN (2n, 4n et état intermédiaire) on est capable de connaitre la proportion de cellules a chaque phase du cycle (G1, S, G2,...) et c'est déjà pas mal je trouve, non.  [...]

Normalisation RT-PCR quantitative

Pendant la phase exponentielle de la PCR, la quantité d'ADN double à chaque cycle, ce qui signifie qu'une différence d'un cycle entre 2 Ct correspond à une différence d'un facteur 2 des quantités initiales d'ADN cible. C'est le 1er delta de Ct.  [...] La solution universelle est de faire une gamme d'ADN génomique. le génome haploïde comporte un exemplaire de chaque gène, i.e. 1 copie. Si tu connais la masse d'un génome haploïde (j'ai trouvé une publi avec la masse d'un centaine de génome végétaux par cytométrie en flux), tu peux calculer le nombre de génomes haploïdes contenus dans une quantité donnée d'ADN génomique, c'est à dire le nombre d'exemplaire de chaque gène. 1 équivalent-génome = 1 copie du gène.  [...]

adn (titre a préciser)

Sûrement celui de la variation de la quantité d'ADN au cours du cycle cellulaire (qui n'est pas un histogramme). Est-ce celui-ci.  [...] La 15 je pense, mais ce n'est pas un histogramme, et ce n'est pas non plus la variation de la quantité d'ADN en fonction du nombre de cellules (mais la variation nu nombre de cellules en fonction de la quantité d'ADN).  [...]