• Santé - Protocole, Extraction, ARN

[Biologie Moléculaire] protocole extraction ARN (pas de kit, ni trizol)

Essaye un protocole d'extraction d'ADN classique, lyse avec un détergeant, puis précipitation a l'alcool. Si tu manipules proprement alors tu auras de l'ADN et de l'ARN.  [...] Dans le molecular cloning, il y a un protocole pour des extractions d'ARN a base de thiocyanate de guanidine et phénol. Un genre de trizol maison quoi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Nettoyage d'ARNs & Transfert de protéines

Tous mes échantillons (en même temps il n'y en a que 4) ont une DO280 équivalente, mais ce n'est peut-être pas qu'un coup de bol. J'ai mis au point un protocole de prélèvement hyper standardisé, et l'extraction se fait sur colonnes RNeasy (à priori pas trop de variabilité possible là non plus).  [...] Par contre, j'ai des soucis sur un protocole d'extraction d'ARN issus de plasma où là j'ai des problèmes de contamination en sels et des DO vers 230 problématiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN de plantes

Je vais tester dans mon laboratoire une nouvelle méthode d'extraction d'ARN à partir de graminées (poacées pour les gens modernes), en utilisant du Ribozol™ (AMRESCO).  [...] Je te conseille systématiquement de passer par des kit adaptés aux plantes ou des protocoles modifiés. Tu peux risquer bien entendu mais le problème est que la concentration en sucre des échantillons est très importante et parasite les réactions, généralement c'est la cause de mauvais rendements.  [...]

Extraction de l'ADN

S'il vous plait est ce que quelqu'un peut me dire si le Nacl permet l'élimination de l'ARN ou des protéines lors de l'extraction de l'ADN.  [...] L'ARNase sert à dégrader L'ARN il est utiliser au début de l'extraction Si on utilise un protocole de phénol chloroforme on peut grâce au phénol éliminer l'ARN degradé et les protéines.  [...]

[Biologie Moléculaire] Difficultés pour solubiliser de l'arn

Suite à une extraction d'ARN totaux à partir de larves de Trichinella (nématode) j'ai des difficultés pour ressolubiliser mon ARN. Mon protocole est basé sur une extraction classique au phénol-chloroforme et à la fin un lavage à l'éthanol 75% et séchage. Le séchage de mon culot s'est fait en étuve à +37°C puis resupension dans de l'eau Rnases free.  [...] En fait j'ai réussi à ressolubiliser une partie de mon culot en refaisant une extraction phénol-chlo. Néanmoins, il me reste une partie insoluble. Pensez-vous que pour faire ma banque d'ADNc je devrais refaire une extraction où je peux travailler avec mon culot dissout En gros, j'ai peur que ne se sont dissoutes que certaines catégories d'ARN, lesquelles je ne sais pas mais c'est possible.  [...]

[Biologie Moléculaire] problème migration ARN gel agarose

J'ai fait une extraction ARN méthode Qiagen RNeasy sur 50 mg de foie de rat, je n'ai pas encore dosé l'ARN, mais effectué un gel qui me donne cette image. Je ne trouve pas mes 2 bandes habituelles. Le gel est TBE 10% agarose+ 3µl BET et dépot avec 5µl de mon extraction+1µl bleu de charge.  [...] j'espère uniquement que c'est parce que j'ai beaucoup de matériel, on peut toujours rêver... sinon, il faut que je me remette en question sur mon protocole et toute lamanip et savoir où j'ai pu contaminer si c'est le cas et là, c'est pas simple car je pense avoir tout fait dans les conditions habituelles de protection de contamination.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN foie

J'ai extraits quelques fois de l'ARN du foie grâce au trizol. Ca ne pose aucun problème, Les rendements sont très bons. Il ne faut pas s'inquiéter de la couleur très rouge/brun dans le trizol, c'est juste dû à la présence de sang. Les choses se normalisent après l'extraction par le chloroforme.  [...] depuis un an j'ai du extraire un bon milliers d'échantillons de foie ou d'hépatocytes, en colonnes et en trizol. Conclusion. c'est pas dur a lyser, bon rendement effectivement et surtout quasiment pas de dégradation (et je passe mes ARN au bain marie a 65°. ).  [...]

rDNA ou rRNA?

La question reste pour le debut du protocole. il en existe certains (de protocoles) ou l'on fait l'extraction d'ARN, puis RT-PCR avec les amorces universelles, et d'autres ou on fait l'extraction d'ADN et PCR classique.  [...] L'amplification a partir du rDNA me semble avoir plus d'avantage qu'a partir du rRNA. L'ADN est plus stable, moins degradés, ensuite il n'y a pas de RT necessaire, une etape en moins, sans parler de l'extraction d'ADN qui est souvent plus facile a faire.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN

j'ai testé plusieurs protocole d'extraction d'ARN (kit RNeasy, Chang et Al 1993, Reid et Al 2006) mais je n'obtiens pas un grand rendement (200ng/uL et en faisant 8 répliquat par échantillons j'obtiens au mieux 10ug...) Il m'en faudrais bien plus car après je dois synthétiser des cDNA et là il me faut 100 ng minimum d'ARNm.  [...] Au début du protocole de chang et Al, on doit incuber 10-15 min à 65°C, peut etre faut -il incuber plus longtemps, 30-45min (je reste sur ce protocole car kit presque épuisé, et protocole de la vigne= Reid et Al =contamination ADN avec un traitement à la DNAse...).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage

Quand on effectue un séquençage à haut débit (NGS) on obtient donc la séquence ADN de tout le génome =. Prise de sang - Extraction ADN génomique - Purification - PCR - NGS.  [...] Si maintenant on veut obtenir toute la séquence ARN d'un organe en particulier, comme le foie, quel est le protocole expérimental =. Biopsie du foie - Extraction ARN - purification - PCR - NGS Si on comparait cette séquence avec la.  [...]