• Santé - Protéine, Séquence, Consensus

[Biologie Cellulaire] mise en évidence d'une phosphorylation

Pour la mise en évidence d'une phosphorylation, dans le cas où le résultat va être publié, il vous faudra forcément un marquage métabolique, je ne pense pas qu'une revue accepte qu'il manque une expérience aussi démonstrative... Si vous avez une idée de la kinase phosphorylant votre protéine, vous pouvez définir le(s) site(s) phosphorylés sur la protéine grâce à des logiciels bioinformatiques et à la séquence consensus de phosphorylation de la kinase (si cette séquence a déjà été définie).  [...] immunoprécipitation anti-protéine d'intérêt, western blot anti-kinase. Pour approfondir la spécificité de phosphorylation de votre protéine, vous pouvez faire de la mutagenèse dirigée sur la séquence consensus (par sur la sérine ou thréonine potentiellement phosphorylée par contre), qui devrait empêcher sa reconnaissance par la kinase.  [...]

structure prédictive de protéine et interaction ... tout un programme!!!

Déjà, est-ce que la séquence consensus d'arrimage de la kinase sur ses substrats est connue Est-ce que sa séquence consensus de phosphorylation est connue Ces séquences sont-elles présentes sur la protéine qui interagit avec la kinase.  [...] Tu n'as pas répondu à mes questions. séquences consensus d'arrimage et de phopshorylation de la kinase (pas besoin de la cristalliser pour les connaitre, des publications ont dû les identifier si ta kinase est assez connue). Une fois que tu as ces séquences, recherche leur présence sur ta protéine en les dégénérant (puisque ce sont des séquences consensus).  [...]

Généralités sur la protéine Kinase C | Dossier

La [ protéine kinase C ] est une sérine /thréonine kinase, ce qui signifie qu' elle est capable de phosphoryler d'autres protéines sur les fonctions alcools de ces résidus d' acides aminés, lorsqu'ils sont compris dans une séquence dite consensus. Elle est considérée comme un médiateur classique de nombreux agonistes extracellulaires qui produisent divers seconds messagers lipidiques (Kishimoto A.  [...] Sur cette région C1 vient se greffer une séquence pseudosubstrat composée d'une vingtaine d'acides aminés, qui permet l'autoinhibition de la [protéine kinase C ] lorsqu'elle est sous sa forme inactive (fig. 3 et 4). L'enchaînement des acides aminés composant cette région ressemble à une séquence consensus susceptible de subir une phosphorylation par de la [PKC ], mais la sérine ou la thréonine est remplacée par une alanine.  [...]

séquence consensus

Une séquence consensus peut etre proteique ou nucleique, c'est une sequence que tu retrouves dans plusieurs genes ou proteine par ex et qui a la même fonction ex la Tata box. tataa.  [...] Il y aussi dans cette région du génome des motifs palindromiques qui sont reconnus par les Dam-méthylase pour méthyler certaines bases. D'ou la relative conservation de cette séquence quand on la compare entre différentes espèces de bactérie (on peut donc en déduire une séquence consensus entre toutes ces séquences).  [...]

[Biologie Moléculaire] RT PCR plusieurs transcrits, un seul couple d'amorces?

Je te suggère de travailler avec la séquence du gène codant pour la protéine, tu prends la séquence nucléotidique alors, c'est mieux que de travailler avec une séquence protéique. si tu as plusieurs plusieurs séquences nucléotidiques du gène codant pour ta protéine, l'idéal est de faire un alignement multiple de ces séquences, et ressortir une séquence consensus (la région 100% identique), à partir de cette nouvelle séquence, tu pourra faire ton design d'amorces.  [...] Petite question avez vous des trucs pr trouver la sequence consensus J'ai fait l'ancienne sous world avec des crtl F rechercher...mais c super long.  [...]

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

Une séquence consensus est une séquence moyenne qui résulte de la comparaison d'un grand nombre de séquence dont la fonction est identique.  [...] Par exemple. les sites de fixation d'une protéine. Si il est établie qu'une protéine peut se fixer sur plusieurs séquences d'ADN différentes mais proches, il est possible d'écrire une séquence type. Ainsi, si l'on veut savoir si nos séquences d'intérêt possède le site de fixation pour cette protéine, c'est une séquence consensus que l'on cherche.  [...]

[Biochimie] Interactions protéine-protéine

Si tu connais la topologie générale des protéines auxquelles ta protéine se fixe, tu peux en retirer la séquence primaire générale, conservée qui défini ce domaine. Il suffit de voir quels sont les séquences conservées, les séquences consensus qu'on retrouve dans plusieurs cas.  [...] Une fois cette séquence identifiée tu pourras effectuer un BLAST (une recherche dans les bases de données de ta séquence), tous les gènes contenant cette séquence t'apparaitrons. Ils auront donc une chance de s'associer à ta protéine. (ça peut ne pas être le cas, l'analyse informatique est une étude préalable).  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...] Vous allez donc avoir une collection de fragments identifiés qui vont vous permettre de déterminer une séquence consensus de fixation.  [...]

Séquences consensus

Une sequence consensus correspond a un motif qui est retrouvé dans plusieurs protéines et qui a a priori la meme fonction.  [...] Soit plusieurs sequences d'une meme proteine (ou d'une meme famille de proteines) que tu aligneras entre elles, afin de determiner la sequence consensus et l'existance d'eventuels motifs.  [...]

Mutation?!

Ce que je ne pige pas c'est la chose suivante. comment peux-tu affirmer d'un côté que c'est une séquence consensus et d'un autre dire que ça ne supporte aucun changement Cela signifierait que pour les promoteurs possédant TATAAA par exemple alors que la séquence consensus est TATAAT, on parlerait obligatoirement de mutation.  [...] Eh ben, effectivement, je croyais qu'une séquence consensus, était la même séquence partout, or ce n'est pas le cas d'après ce que m'as dit, donc il y a un polymorphisme si on veut d'un promoteur a un autre.  [...]