• Santé - Peptides, Base de données, Protéine

[Biotechnologie] spectrometrie de masse

je voudrais savoir aussi si le logiciel de comparaison avec une base de donnée utilisait la sequence en acides aminés ou le spectre de masse pour identifier le peptide ou la proteine en question.  [...] Ce qu'il faut avoir a l'esprit, c'est que la masse d'un peptide est statistiquement unique au dela de 6 ou 7 acides amines (je ne sais plus exactement). En comparant les masses des peptides obtenus aux masses theoriques que l'on peut obtenir a partir d'une base de donnees de proteine, on peut identifier ainsi la sequence a partir de la masse (algorithme Mascot).  [...]

voies suivies par les protéines..

-protéines sans peptide signal. pas de reconnaissance par la SRp, donc pas de translocation dans le RE. La protéine est produite intégralement dans le cytosol. Il s'agit des protéines qui participent au fonctionnement interne de la cellule.  [...] Et hormis les peptides signals, est ce qu'on sait sur base de la structure primaire ou tertiaire déterminer la destination finale d'une protéine.  [...]

MS/MS et Maldi/MS

Si j'ai donnée mon gel sds-page à analyser qu'ils l'on a digéré avec la trypsine pour générer des peptides et qu'ils l'on ensuite analyser par spectro de masse pour comparer à une base de données quelles méthodes ils ont fait.  [...] La réduction des ponts disulfure facilite l'étape de digestion enzymatique de la protéine. Le squelette peptidique est plus accessible.  [...]

[Biochimie] séquençage d'une proteine

Ici, je suppose qu'il s'agit de l'identification d'une protéine. Donc, pour commencer, ils digèrent la protéine avec différentes protéases, ce qui génère plusieurs peptides. Ces peptides sont ensuites séparés par HPLC, où la colonne est couverte de chaînes de carbone (C18 ici).  [...] Une fois le ratio m/z de chaque fragment déterminé, commence une phase de recherche dans des basees de données. Chaque bases de données contient des milliers de protéines. Ces protéines vont être virtuellement modifiées selon le protocole que tu as utilisé (tu dois donc spécifier chaque transformration que ta protéine a subie, par exemple, quelles protéases tu utilises, si ta protéine est phosphorylée, combien de mutation tu peux admettre, etc.  [...]

[Immunologie] diverses questions (immunité naturelle , adaptative , ...)

4)Pourquoi deux individus différents ne développeront-ils pas les mêmes réponses immunitaires T contre les peptides issus d'une protéine donnée (dix lignes maximum)*.  [...] v Lyse cellulaire. cellules tueuses recrutées pour induire l'apoptose de la cellule infectée et éviter qu'elle ne permette la prolifération (des granulocytes éosinophiles lorsque le pathogène est un parasite du style vers).   [...]

[Biochimie] origine de la vie

On sait que des acides aminés peuvent s'associer pour donner des peptides et donc des protéines de manière à priori assez simple, sans enzime. Supposons que les bases azotés soient capables de mémoriser l'assemblage des acides aminés en peptides via la codification (codons).  [...] Donc deux chose l'une. Soit les proteines spontanément formé aurait été des polymérases et aurait polymérisé des base azoté de tel maniére que la polymérisation SANS MATRICE donc au hasard aurait fourni pile la séquence capable de codé ces dites proteines.  [...]

Le Lait de vache : véritable poison ?

La dégradation des protéines n'est certainement pas totale dans l'estomac. Si un certain nombre sont dénaturées par l'acidité avec perte des caractéristiques de repliement pour permettre l'attaque enzymatique, toutes ne sont pas aussi sensibles. Pour citer un exemple que je connais assez, l'interleukine-2 (qui n'est pas vraiment une protéine alimentaire courante je le concède bien volontiers) supporte très très bien un séjour à pH très acide (0.  [...] Une protéine qui a commencé à être digérée en peptides peut avoir de nouvelles activités biologiques liées à ces peptides avec liaison possible à des récepteurs spécifiques. (Penser à la POMC et aux différentes hormones peptidiques qui résultent de son découpage).  [...]

[Biochimie] Méthode d'études AA et protéines

En fait, grâce aux hydrolases par exemple, dont tu connais les sites de coupures, tu vas pouvoir générer différents peptides à partir de la même protéine. Après le séquençage de ces différents peptides, tu vas pouvoir recouper les informations car certains peptides vont se chevaucher. Tu obtiendras ainsi ta séquence primaire.  [...] Je ne crois pas que l'électrophorèse soit une méthode suffisante pour isoler des AA, c'est même limite concernant les protéines.  [...]

[Biotechnologie] Maldi-tof ms

bonjour tout le monde, pourquoi on ne peut realiser un PMF ( empreinte peptidique massique) que lorsque le génome est complétement identifié.  [...] Pour faire de l'identification de proteine en partant d'une partie des peptides de cette proteine (ce qui est fait en sequençage proteique) il faut avoir un patron contre lequel aligner les peptides identifiés, i.e un génome.  [...]

influence des peptides signaux sur la sécrétion des protéines

Je ne pense pas que le fait d'avoir isolé un domaine extracellulaire de ce récepteur soit vraiment la cause de l'absence de sécrétion, sinon je n'aurais pas eu des protéines sécrétées avec deux peptides signaux.  [...] Vu ce que tu dis, on a l'impression que tes peptides-signaux ne sont pas reconnus par le translocon et qu'ils ne sont donc pas secrétés. Encore que 0,6 mg/l pour une glycoprotéine, c'est quand même pas mal et même très bien pour peu que ta protéine soit assez grosse.  [...]