• Santé - Outil, Séquences, Amorces

[Biologie Moléculaire] Comment fabriquer une amorce PCR

Alors voilà, une question qui me titille depuis quelques temps. On me dit en cours que la PCR est un outil formidable car on peut amplifier des séquences choisies en fabriquant des amorces spécifiques. Mais comment fait-on pour obtenir la séquence de bases qu'on veut dans l'amorce.  [...] eaahhh.. Désolé j'avais mal compris la question. Les amorces sont réalisées par synthèse en phase solide. Le premier nucléotide est fixé covalemment à un support comme tu peux le voir ici, puis les autres sont rajoutés un par un. On utilise le même principe pour synthétiser des peptides.  [...]

Utilité de la PCR en médecine ?

Je comprend maintenant que la PCR est avant tout un outil pour amplifier l'ADN. Cependant, il semble évident qu'il soit nécessaire de connaître la séquence de la mutation recherchée pour utiliser des amorces adaptées.  [...] Alors non, tu n'es pas obligé de connaître la séquence de la mutation que tu recherches, car tu peux choisir des amorces qui encadrent le locus de la mutation. Tu amplifies, tu séquences et tu regardes ensuite si la séquence est anormale, et si oui quelle est la nature de la mutation.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise merci pour votre réponse.  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]

Bioinformatique et nettoyage de séquences

j'ai besoin de vos lumières en bioinformatique concernant le nettoyage de séquences Illumina (fichier Fastq). En effet, j'ai une séquence qui devrait être propre malheureusement, il reste plein d'adn parasites (adn ribosomal entre autre, etc...) J'ai déjà fait un cutadapt pour supprimer mes adaptateurs, mais je me demandais quel outil peut-on utiliser pour supprimer les séquences indésirables.  [...] Je connais SortMeRNA pour les ARNr... et comme tu l'as dit Cutadapt pour les adaptateurs.   [...]

[Biologie Moléculaire] manipulation de sequences

J'ai une centaine de séquences au format fasta dans un fichier unique. Je souhaite rajouter une vingtaine d'autres séquences, venant d'une autre source, et ne correspondant qu'à une partie des premières.  [...] Pouvez vous me conseiller un outil qui me permettrait facilement d'homogénéiser les tailles des séquences (c'est à dire de ne garder que les nucléotides n1 à n2 de ma première centaine de séquence).  [...]

[Biologie Moléculaire] comparaison de deux sequences

Connaissez vous un outil (logiciel,site en ligne ou autre )qui permette de comparer plusieurs sequences de nucleotides,de par la je veux dire mettre en evidence leur homologie de sequence,si jamais il y en a.  [...] Pour comparer deux séquences entre elles il y a Fasta (tu peux aussi utiliser ClustalW mais Fasta est plus rapide).  [...]

Les balades sous la peau vivante du docteur Guimberteau

Chirurgien plasticien, Jean-Claude Guimberteau a lancé un curieux projet. faire découvrir le corps humain grâce à des promenades sous la peau. Avec des caméras filmant quelques séquences au cours de vraies opérations, il rapporte d'étonnantes images, entre art et science, que l'on peut voir aussi lors de ses conférences.  [...] Depuis lors, il a filmé ce qu'il appelle des promenades sous la peau. Durant des opérations réelles, et pendant moins de 30 minutes, il dirige le long des incisions une minuscule caméra, avec un outil optique de grossissement, et une lampe froide pour enregistrer des séquences vidéo.  [...]

[Biotechnologie] la création variétale

souvent des microsatellites (séquences courtes d'ADN). On considère les marqueurs déjà identifiés qui bordent la région qui intéresse le sélectionneur, c'est-à-dire le QTL d'une variété donneuse qu'il cherche à introgresser dans un fond génomique d'une autre variété receveuse par recombinaisons successives.  [...] L'objectif du sélectionneur, le plus souvent, est d'éliminer les séquences d'ADN parasites de la variété donneuse autour du QTL d'intérêt, pour affiner son introgression. c'est-à-dire n'introgresser que le QTL, avec un objet de pureté de 97%. Les marqueurs sont donc un outil de quantification idéal, puisqu'ils permettent de suivre la disparition progressive au cours des recombinaisons de certains marqueurs éloignés du QTL, et de la conservation de ceux qui sont les plus proches.  [...]

[Biotechnologie] Phenotype MicroArray Technology

Effectivement ce genre d'outil génère énormément d'information en un temps très court. (grosso modo le temps d'une PCR). Si je prends l'exemple du pyrosequencage il a fallu presque 1 an d'analyse pour près de 140 000 séquences. Par contre personnellement je pense que le cout est tout de même un facteur important bien que d'un point vue globale cette méthode ne coute pas trop cher (exemple encore du pyrosequencage quelques centimes par séquençage, mais le prix d'une seule plaque est dans les 20 000 euros).  [...] La ce n'est pas 140 000 séquences mais bien plus encore sans compter les organismes encore non identifier. Avec ce genre de technologie tu as réellement une vision télescopique de ce qui peut se passer mais comme tu le but tout dépend du but.  [...]

Analyser les pleurs d'un bébé pour déterminer son état de santé

Cet outil fonctionne en deux phases. La première consiste à séparer les pleurs en des séquences de 12,5 ms, au sein desquelles la fréquence, le volume et d'autres caractéristiques vocales sont analysés. Ensuite, ces différentes séquences sont regroupées, et les spectrogrammes proposés sont décryptés.  [...] Mais les auteurs ne désespèrent pas de voir leur outil utilisé à l'avenir dans des cliniques pour détecter tout un panel de maladies. Il pourrait servir dans une vaste gamme de cas. ceux dont on a déjà discuté plus haut, mais également pour des enfants nés après un accouchement difficile et risquant d'avoir des séquelles neurologiques, ou encore de grands prématurés.  [...]