• Santé - Maladie, Séquençage, Protéines

[Biologie Moléculaire] séquençage de protéine

J'ai été absent à mon dernier cours de bio mol pour cause de maladie et du coup j'ai raté le cours concernant le séquençage des protéines. J'ai étudier la théorie mais rien n'y fais je ne sais pas résoudre ce type d'exercice. Le prof a seulement indiqué que pour les 3 spectres, les ions parents (qui ont été fragmentés) sont doublement chargés et la trypsine à été utilisé pour obtenir les peptides.  [...] Il nous a même donner les résolutions mais rien n'y fait je ne sais pas comment a t-il pour pouvoir déterminer la séquence, et tous ces chiffres m'embrouillent. Si quelqu'un saurait me l'expliquer ne serait ce que rapidement ça serait hyper sympa, j'ai une interro bientôt.  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Il existe deux façon de séquencées les protéines. le séquençage réel des acides aminés ou le séquençage d'adn du gène correspondant. Nous somme bien dans le dernier cas.  [...] Oui. ils savent quelle clone correspond à chaque spot, donc quelle était la protéine correspondante, donc la séquence génomique codant pour la protéine. Mais ce n'est pas en soit une façon de séquencer des protéines.  [...]

diagnostic prénatal technique

Je sais qu'on peux remonter d'une proteine a une sequence nucleotidique mais il me semble que c'est seulement lorsque la maladie produit une proteine/enzyme inadequate non donc comment faire pour les autres.  [...] Pour le diagnostique, on fait souvent (je pense) des PCR suivies de séquençage pour un certain nombre de gènes connus pour être impliqués dans certaines maladies. Il existe aussi des puces à protéines (même principe que les puces à ADN pour caractériser les interactions protéiques).  [...]

En bref : cancer cérébral chez l'enfant, enfin un espoir

Grâce au séquençage complet d'une tumeur cérébrale mortelle chez l'enfant, des chercheurs ont pu identifier une mutation impliquée dans le développement de cette maladie. Cette découverte pourrait être le point de départ de nouveaux traitements.  [...] Cela pourrait bientôt changer. En effet, une équipe franco-britannique vient de réaliser le séquençage complet d'une tumeur avant qu'elles soient altérées par la radiothérapie et a récolté des informations précieuses sur cette maladie. Les résultats prometteurs sont publiés dans la revue Nature Genetics.  [...]

Alignement séquence (Bioinformatique)

Dans notre labo, nous avons commencé à faire du séquencage de protéines. Nous recevons les données et nous les alignons avec une séquence de référence dans NCBI pour savoir si notre protéine est bien présente dans notre plasmide. Le séquencage n'est jamais parfait alors, lorsque je fais ces alignement jobtiens pleins de fragment des séquences homologue.  [...] J'aimerais savoir s'il y aurait un logiciel capable de relier tous ces fragments afin d'avoir une seule séquence de ma protéine. Présentement je le faismanuellement et c'est très long.  [...]

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.  [...] La détermination de la séquence en acides aminés de protéines par spectrométrie de masse correspond au séquençage de novo.  [...]

Le tyrannosaure avait la chair de poule

Des protéines de Tyrannosaurus rex, en l'occurrence du collagène, ont pu être entièrement analysées. Une grande première depuis l'analyse de restes de mammouths. Résultat surprise. on dirait du poulet.  [...] Comme pour les restes du mammouth, les sept fragments de protéines récupérés se sont avérés être du collagène. Cette protéine fibreuse très abondante dans l'organisme des animaux est produite dans les tissus conjonctifs. La petite quantité retrouvée a pu être analysée jusqu'au séquençage des acides aminés (éléments de base de toutes les protéines).  [...]

Un cancer qui guérit tout seul : le gène responsable identifié

Celle-ci est un récepteur cellulaire de surface, qui intervient dans la transmission du signal donné par des hormones du type TGFß ( facteur de croissance transformant ). L'interaction des deux protéines entraîne un ensemble de modifications à l'intérieur de la cellule, ce qui a pour conséquence de réguler la croissance, la prolifération et la différenciation cellulaire, mais aussi l' apoptose ou mort cellulaire programmée.  [...] C'est le séquençage de 24.200 paires de bases autour du locus chromosomique préalablement identifié comme associé à la maladie qui a permis de mettre en évidence la présence de 11 mutations différentes dans le gène TGFBR1, parmi 18 familles touchées par la maladie, selon l'article paru dans la revue Nature Genetics.  [...]

le virus

(après séquençage) De nombreux gènes ont été trouvés pour la première fois dans un virus. C'est notamment le cas de trente gènes que l'on avait jusque là identifiés que dans les organismes cellulaires. Par exemple, certains gènes codent des protéines de réparation de l'ADN, d'aide au repliement des protéines et des enzymes du métabolisme jamais mises en évidence chez les virus.  [...] Les auteurs proposent, sur la base de travaux de séquençages de mimivirus et d'autres virus, un nouvel arbre du vivant. aux trois branches eucaryotes, bactéries et archées, ils ajoutent les virus, sans toutefois proposer de racine.  [...]

[Biologie Moléculaire] TBE et gel de migration

euh en principe le gel est coulé dans le TBE si... Tu peux tres bien utiliser du 0,5x ou du 1x dans le gel ou dans la cuve, ca ne changera rien du moment que tu es en voltage constant.   [...] Là vous parlez d'un gel de polyacrylamide (pour les protéines ou les acides nucléiques en haute résolution, type séquençage) que l'on migre en tris/glycine, tris/tricine, ou MOPS.  [...]