• Santé - Génome, Référence, Assemblage, Séquences

Variation/mutation

Ce qu'on appelle génome de référence c'est juste un assemblage de séquences, ça ne correspond pas forcément à un individu particulier. Son rôle est justement d'être une référence à laquelle comparer des séquences issues d'autres individus de la même espèce, voire d'autres espèces.  [...] C'est un assemblage de génomes d'un groupe de personnes volontaires qui permet de reconstituer un génome haploïde qu'on définit comme référence. Il n'a pas de sens biologique (il ne correspond pas au génome d'une personne en particulier) il sert simplement d'outil, ou de carte sur laquelle on peut annoter toutes les informations qu'on a accumulées à force de séquencer des génomes et des transcriptomes.  [...]

[Génétique] Génome humain: 22000, 24000, 25000 gènes ?

A closer look at the quality of these reference sequences suggests that the numbers may be correct but the quality or authenticity of many transcripts remains suspect. Each of these transcripts has an associated coding sequence (CDS) and a recent combined effort has been launched to include quality assessments for each.  [...] qu'une bonne partie du génome est couverte par des séquences de bonne qualité (avec peu d'erreurs). En fait il ne faut pas croire que le séquençage du génome humain a produit une suite de 3 milliards de lettres connues avec certitude. Les méthodes d'assemblage produisent des séquences avec des parties propres et puis d'autres parties plus ou moins douteuses.  [...]

Le premier génome bactérien créé par ordinateur

Les chercheurs ont voulu optimiser ce génome avec un algorithme informatique qui l'a réécrit pour simplifier les étapes de fabrication et d'assemblage du génome. Par exemple, les chercheurs ont supprimé des régions riches en GC car de telles séquences entravent la synthèse chimique.  [...] En même temps, il ne fallait pas que le message protéique change. Aussi, les chercheurs se sont appuyés sur la redondance du code génétique. un même acide aminé peut être codé de différentes manières. Grâce à l'algorithme, les chercheurs ont créé une séquence optimale, en remplaçant environ 133.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequençage

Est-ce que quelqu'un pourrait m'expliquer le principe du whole sut gun sequencing En fait j'ai cherché un peu mais j'arrive pas à comprendre comment se fait l'assemblage des contigs. Est-ce qu'on a à la fin un génome incomplet.  [...] Sinon question à part je voulais savoir où est ce qu'on peut trouver si un génome est séquencé ou pas Et si possible par quelle technique.  [...]

[Biologie Cellulaire] Réparation deinoccus radiodurans

Comme beaucoup de bacteries, ses génomes sont présents en plusieurs copies circulaires. Si les cassures doubles-brins sont aléatoirement réparties, on peu se débrouiller pour dégrader un brins aux niveau de le cassure. Les simples brins resultant iront s'apparier au niveau d'un duplex en bon état, et une étape de synthèse produira les complementaires.  [...] Une des ruses de D. radiodurans consisterait à séquestrer ses inévitables régions répétées avec des protéines, ce qui évite les problèmes d'assemblage de ces séquences.  [...]

staden package

je debute avec le logiciel staden package (assemblage de sequences ADN) savez ou je peux trouver une formation ou de l aide pour l utiliser.  [...]

livre de cours bioinformatique

je souhaite me mettre à la bioinformatique, les aspects qui m'intéressent principalement sont l'assemblage de génome, l'annotation, le variant calling. La partie analyse statistique je la connais déjà.  [...] lorsque je commencais sur les matrices d'alignement de séquences dans le but de faire un programme qui aligne du fasta, renvoi un score et fasse le tracé arrière, et bien mine de rien un petit tour a la BU (pourtant j'y mettais pas souvent les pieds) m'a permis de trouver 2-3 livres interessant dont un qui m'a servi tout du long du projet,  [...]

chromosomes et ADN:

Bien sûr leurs méthylations différentes font que leurs expressions géniques soient différentes et qu'ils aient par conséquent différentes fonctions. Mais comment se fait-il qu'il y ait une différence physiquement signifficative de taille entre les chromosomes 21 et 2 par exemple.  [...] Quand on dit que chaque être humain a un génome unique, celà signifie qu'aucun autre individu ne posséde un assemblage de chromosomes identique, mais pas que tous les chromosomes sont semblables. Et que dans chacune de ses cellules on trouve toujours le même ADN.  [...]

Organites cellulaires

Elle jouerait un rôle lors de la transcription des gènes codant pour les ARNr et l'empaquetage de ces ARNr lors de l'assemblage des ribosomes. Cette protéine a été identifiée dans de nombreuses espèces et la comparaison des séquences montre qu'il existe une grande conservation de séquence au cours de l'évolution.  [...] Additional experiments clearly demonstrate that nucleolin is unable to act as a nucleosome core assembly or disassembly factor and hence has little affinity for the core histone octamer. We propose that this nucleolar protein induces chromatin decondensation by binding to histone H1, and that nucleolin can therefore be regarded as a protein of the high-mobility-group type.  [...]

Contre le Sida, des trithérapies antirétrovirales contraignantes | Dossier

D'autres enzymes peuvent également être ciblées. la protéase, qui clive les protéines nécessaires à l'assemblage final du virus, ou l' intégrase, qui permet l'insertion de l'ADN viral dans le génome de la cellule-hôte. Les inhibiteurs de la protéase sont sur le marché depuis 1995.  [...] De plus, ces antirétroviraux ne sont pas dénués d' effets secondaires. Le patient doit donc être averti de tous ces aspects avant de se lancer dans la thérapie. Parmi les conséquences indésirables de la médication, on peut noter des maux de tête, des vomissements, une anémie, une chute des cheveux, des insomnies ou des troubles musculaires.  [...]