• Santé - Fragments, Séquences, Charges

Acides Nucléiques

Lorsqu'on fait un séquençage d'ADN, avec la méthode de Sanger, on reconstitue le génome ensuite par electrophorèse. Les acides nucléiques ont donc des charges différentes (car on se réfère à la taille de tous les fragments séquences et leurs charges ).  [...] Salut. Au moment de la migration, la charge est identique pour chaque fragment d'ADN car la préparation de ton ADN pour l electrophorese sert justement a masquer la charge réel de tes fragments afin que ces derniers aient tous la même charge fictive et migrent uniquement selon leur poid moléculaire.  [...]

[Biologie Moléculaire] pcr

Le bromure d'éthidium a la propriété de s'intercaler entre les paires de bases des acides nucléiques. Lorsque tu faisun gel, tu mets un marqueur de référence qui contient x fragments de différentes tailles connues. Comme tu connais la taille du fragment que tu amplifies, tu veras lors de la révélation sous UV si ton fragment amplifié est au même niveau qu'un des fragments de ton marqueur de référence.  [...] Le marqueur de référence est placé dans un autre puit situé à la même hauteur. On applique ensuite un courant électrique à ce gel et les fragments d'ADN (naturellement chargés négativement) migrent dans le gel vers la borne positive. Cette migration se fait différemment selon la taille des fragments.  [...]

principe d'électrophorèse

Je sais que les fragments d'ADN sont chargés négativement et qu'ils seront attirés par la cathode positive, qu'il y a un gel d'agarose qui permet le déplacement + ou - facilement en fonction de la taille etc.  [...] Seulement lorsqu'on essaye de les séparer, on met chaque fragment dans un puits différent, comment sont ils alors attiré vers la cathode Je veux dire par là que ça m'a tout l'air d'être un circuit électrique or les fragments n'ont pas d'autres choix que de descendre vers le fond du puits.  [...]

spectrometrie de masse

1) Lorsque l'on a un spectre, comment savoir si c'est un fragment chargé une seule fois ou plusieurs si on ne peut pas savoir, comment interpreter un spectre ms/ms et trouver la séquence d'un peptide alors.  [...] Dans un spectre de masse, tu ne peux voir que des échantillons chargés. Dans la pratique, les fragments que tu regarde sont fortement ionisés. Ce que tu mesures en réalité dans un spectre de masse, ce n'est pas la masse, mais le rapport charge/masse. Chaque fragment va etre obtenu a plusieurs degres d'ionisation, ce qui va permettre apres traitement mathematique de remonter à la masse de ces fragments. La charge n'est absolument pas un probleme.  [...]

[Biologie Moléculaire] Structures

- La structure primaire, c'est la séquence en acide aminés. En fonction de la nature des groupements ( -R ) des acides aminés présents, des structures secondaires peuvent se former ou non. Certaines séquences favorisent plus facilement telle ou telle structure secondaire du fait de l'encombrement et des charges des groupements des AA qui la forme.  [...] De même, la capacité de la protéine à former des structure tertiaire dépend de sa séquence, c'est à dire de la nature et de l'enchaînement des AA qui la constitue. Il faut une certaine alternance d'AA hydrophiles et hydrophobe pour former un feuillet Beta puis ensuite pour pour faire en sorte que ce feuillet se positionne de façon optimale pour la fonction de la protéine.  [...]

[Biologie Moléculaire] Détection de virus: quelle méthode?

Ce que je sais c'est que si tu cherches de charges virales dans des échantillons, mais que tu ne sais pas quoi chercher exactement, la puce c'est vraiment bien. Celle sur laquelle j'ai bossé possédait 300 000 SNP différents, était capable d'identifier autant des bactéries que des virus (séquences spécifiques présentes qur la puce) ainsi que leurs apparentés.  [...] Pour faire l'étude via le microarray (même si j'ai moi aussi, comme John, un pb avec la définition de la séquence recherchée), on n'a pas besoin d'acheter tout le dispositif. suffit d'envoyer les échantillons au génopole d'Evry (pratique quand on est en région parisienne et surtout bien plus économique pour un tel test qui paraît isolé dans ce cas précis ).  [...]

[Biologie Moléculaire] séquençage de protéine

J'ai été absent à mon dernier cours de bio mol pour cause de maladie et du coup j'ai raté le cours concernant le séquençage des protéines. J'ai étudier la théorie mais rien n'y fais je ne sais pas résoudre ce type d'exercice. Le prof a seulement indiqué que pour les 3 spectres, les ions parents (qui ont été fragmentés) sont doublement chargés et la trypsine à été utilisé pour obtenir les peptides.  [...] Il nous a même donner les résolutions mais rien n'y fait je ne sais pas comment a t-il pour pouvoir déterminer la séquence, et tous ces chiffres m'embrouillent. Si quelqu'un saurait me l'expliquer ne serait ce que rapidement ça serait hyper sympa, j'ai une interro bientôt.  [...]

[Physiologie] Propriétés électriques des membranes

Les bicouches lipidiques qui forment l'enveloppe externe cellulaire (membrane plasmique) et celles des organites intracellulaires (vésicules synaptiques, granules de sécrétion, lysosomes, noyau cellulaire...) constituent deux faces présentant des charges électriques ( têtes.  [...] . polaires des lipides, hydrophiles) séparées par un feuillet isolant (partie hydrophobe des lipides) peuvent être considérées d'un point de vue biophysique comme des condensateurs, capables d'accumuler des charges. la capacité électrique (exprimée en Farads F) d'une membrane biologique donnée est strictement proportionnelle à sa surface.  [...]

[Physiologie] Pourquoi plus de pompe Na+/K+ = potentiel membranaire nul ?

la somme de toute ces charges résulte en un compartiment extracellulaire legerement plus positif et un compartiment intracellulaire légèrement 'moins positif si je ne dis pas de bêtises.  [...] donc hyperpolarisation, cela est de plus logique car on augmente le gradient électrochimique en supprimant des charges + du milieu extra et en diminuant la concentration en K+ du milieu extra, donc au repos plus de potassium pourrait sortir de la cellule par les canaux de fuite au K+ = hyperpolarisation.  [...]

[Physiologie] Force / Gradient électrochimique

Du coup si on prend un exemple. Em = -60mV et ENa = +60mV, le gradient c'est -120 mV. L'intérieur de la cellule est chargée négativement par rapport à l'extérieur et il y a plus de Na+ extracellulaire, donc le Na+ va avoir tendance à entrer dans les cellules (les charges négatives de l'intérieur de la cellule vont attirer les charges positives du sodium - composante électrique du gradient - et le fait qu'il soit plus concentré en extracellulaire est favorable à son entrée - composante chimique du gradient).  [...] Maintenant si on prend l'ion chlorure avec Em=-60mV toujours et ECl=+60mV (valeur complètement surréaliste mais c'est pour l'explication) on a toujours le gradient qui est de signe négatif pourtant là le chlore va sortir. En effet l'intérieur des cellules chargé négativement va avoir tendance à repousser les charges négatives du chlore (deux charges de même signe qui se repoussent).  [...]