• Santé - Fragments, ADN, Marqueurs

Demande d'aide pour un exercice

Le critère de séparation des fragments est leurs nombres de paires de base. L'électrophorèse sépare 11 fragments d'ADN. Grâce à des marqueurs de poids moléculaires, on estime leurs longueurs comme variant de 220 à 260 paires de bases. Les différentes bandes ou fragments identifiées sont ensuite découpées dans le gel d' agarose.  [...] Juste en regardant la courbe, on voit qu'elle passe par deux maximums, séparés par 10 pb (ça doit faire tilt, ça correspond au pas de l'hélice d'ADN, on pense donc que l'enroulement de l'hélice va jouer un rôle ici). On voit aussi que les maximums augmentent avec la taille des fragments, ce qui est relativement intuitif, plus une chaine est longue, moins les contraintes pour la recourber sont importantes, et donc plus le repliement est stable avant d'être fermé (ici par la ligase).  [...]

[Biologie Moléculaire] Electrophorèse

OK, que s'est-il passé pour que, avec BamH1, le fragment produit avec ADN2 de 5000 pb environ, se retrouve avec ADN1 à 3000 pb C'est quoi comme type de mutation.  [...] que s'est-il passé pour que, avec BamH1, le fragment produit avec ADN2 de 5000 pb environ, se retrouve avec ADN1 à 3000 pb C'est quoi comme type de mutation il s'agit d'une D...N de...(nombre) de nucléotides.  [...]

Séquençage haut débit d'E. coli : vers une médecine personnalisée

Sa spécificité est qu'il ne fait pas appel à la lumière, comme les autres séquenceurs haut débit qui se basent sur des marqueurs fluorescents. Celui-là mesure en temps réel les ions hydrogène H + libérés lors de l' élongation du brin d' ADN. La différence de pH ainsi créée permet l'identification des bases nucléotidiques composant les fragments d' ADN analysés.  [...] Un inconvénient majeur, cependant. Si les laboratoires possèdent un recul vis-à-vis du séquençage, cette technique est nouvelle. On produit aujourd'hui, avec le IonTorrent, comme avec la majorité des technologies de séquençage haut débit, des fragments de séquences proches de 100 bases alors que certaines autres technologies permettent l'obtention de fragments de 400 bases, ajoute Christophe Audebert.  [...]

Random priming

Ok, mais quand bien même, comment sais-t-on que nos amorces vont s'hybrider spécifiquement sur le gène que l'on cherche à sélectionner et pas ailleurs Le but étant, si j'ai bien compris, d'utiliser d'utiliser des marqueurs radioactifs ou fluorescents pour distinguer le gène d'intérêt des autres fragments d'ADN.  [...] J'ai bien compris le processus permettant d'obtenir des sondes marquées capables de s'hybrider à un ADN donné. Ce que je ne sais pas, c'est comment ces sondes peuvent s'hybrider spécifiquement à une gène d'intéret de séquence inconnue Après réfléxion, j'en viens même à me demander si c'est seulement possible via cette technique (et donc ce qu'on utilises en pratique pour faire ça).  [...]

[Biochimie] Calculer la taille d'un fragment dans une carte de restriction

Dans un exercice, on nous demande de calculer la taille des fragments d'adn produit de la digestion en utilisant les fragment d'adn marqueurs de taille.  [...] en fait non, la taille des fragments est déjà indiqué sur la figure 3. Là en fait, la difficulté de l'exercice est de coupler l'info de la restriction de ton plasmide et insert par l'un puis par l'autre, et de deviner ce qu'il va se passer une fois que je ferai les deux en même temps.  [...]

[Génétique] marche sur le chromosome

J'aurais aimé savoir si quelqu'un pourrait m'expliquer en quoi consiste et comment on effectue la marche sur le chromosome lors du clonage positionnel. J'ai trouvé des choses sur le net mais je ne comprends toujours pas comment on procède.   [...] Dites moi si j'ai bien compris. on cherche à mettre bout à bout des fragments d'adn ( BAC, YAC..) jusqu'au moment de trouver un fragment qui contiennent les 2 marqueurs chromosomiques et le gène muté. On peut donc de cette manière restreindre la partie contenant le gene à un BAC ou YAC ce qui facilitera la prochaine étape du clonage positionel.  [...]

plasmides

Je vais extraire (en utilisant la technique de lyse alcaline) des plasmides bactériens à partir des bactéries (rhizobiums) nodulant certaines plantes légumineuses, mais je veux savoir (après séparation sur gel par électrophorèse) qui ‘il est le marquer du poids que je dois utiliser pour savoir la taille des plasmides sachant qui une bactérie peut héberger un à plusieurs plasmides de taille variable.  [...] mais le problème c'est que les plasmides sont circulaires et les marqueurs commerciaux sont souvent des fragments d'ADN linéaire.  [...]

TPE: La Transgénèse: Où est la physique?

Par contre, nous devons aussi parler de physique, étant donné que le théme est 'SVT Physique. Nous avons longtemps cherché, par nous même et sur internet, sans trouver. Nous avons d'abord pensé au liasons hydrogénes entre les nucléotides de l'ADN, mais c'est rapidement devenu trop compliqué et long.  [...] En gros le principe. on prend une nanoparticule, on lui fixe un fragment d'ADN via une liaison qui peut se rompre sous l'effet de la lumière. On injecte les nanoparticules dans le tissus cible. Les nanoparticules sont phagocytés. On envoie de la lumière ce qui libère l'ADN.  [...]

[Divers] Différence entre Biochimie et Biologie moléculaire

Je ne pense pas qu'existe une discipline qui s'appellerait phylogénie moléculaire, par contre on peut parler d'une phylogénie moléculaire pour un arbre phylogénétique construit à partir de marqueurs moléculaires c'est-à-dire d'ADN, ARN ou protéines. Mais les méthodes de construction d'arbres (on dit dans le métier de phylogénies ) sont (à peu près) les mêmes qu'il s'agisse de marqueurs moléculaires ou de caractères phénotypiques.  [...] Je ne pense pas qu'existe une discipline qui s'appellerait phylogénie moléculaire, par contre on peut parler d'une phylogénie moléculaire pour un arbre phylogénétique construit à partir de marqueurs moléculaires c'est-à-dire d'ADN, ARN ou protéines.  [...]

[Biologie Moléculaire] Temps de migration de long fragments d'ADN

En faisant un peu de biblio sur les marqueurs que j'ai allumé en PCR, j'ai vu que je pouvais m'attendre à des fragments allant jusqu'à quelques kpb voire dizaines de kpb (max 50-60).  [...] Par contre, les protocoles d'électro ne sont jamais complètement explicités, et comme c'est la première fois que je vais faire migrer des fragments aussi gros, j'ai besoin d'un peu d'aide.  [...]