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[Biochimie] Phasage

Le phasage est une étape limitante car il faut créer un cristal de protéine qui contient des atomes lourds (cuivre plomb). Créer un cristal de prot peut être compliquer suivant les protéine en question alors en y intégrant des atomes volumineux la tache en est d'autant plus complexe.  [...] Remplacement isomorphe. On va jouer sur la différence de diffusion entre un cristal de notre protéine seule et un cristal de protéine contenant un atome lourd (riche en électrons car les RX interagissent avec les électrons). Cette atome lourd ne doit pas modifier le cristal (paramètres de maille, groupe espace, repliement de la protéine.  [...]

Cristallisation des proteines

...la diffraction des rayons X. Ici, on envoie un faisceau de rayons X sur le cristal de proteine (cela peut se faire dans un labo, ou de plus en plus souvent, dans de grandes installations. les synchrotrons http.//fr.wikipedia.org/wiki/Synchrotron ). Les rayons X vont interagir avec chaque atome de la proteine et etre diffuses.  [...] L'analyse de ces donnees s'appelle la resolution de la structure. Avec un peu de maths et de physique et d'informatique, on deduit a partir de la position relative des taches de diffraction, la position relative des atomes dans le cristal, et a partir de la, on modelise la structure tridimensionnelle de la proteine http.  [...]

cristal de protéines

les protéines formes elles mêmes le cristal. Peu importe la taille, le principale c'est la maille (c'est à dire la plus petites unité reproductible formant le cristal. Le cristal étant l'ensemble des mailles).  [...] c'est le pattern des points de diffraction des rayons sortant du cristal qui détermine la protéine. Si elle est purrifée au maximum, il n'y a presque qu'elle dans le cristal, mais il peut avoir bien sûr des contaminations, dans ce cas le pattern de diffraction est modifié plus ou moins sérieusement.  [...]

[Evolution] Origine du neurone

- Un conducteur électrique (un fil ) est constitué d'atommes habituellement métalliques. C'est atomes font partie d'un cristal, ou d'un solide (qui est solide), et ne peuvent donc pas se ballader n'importe où. ils restent là où ils sont. Si je mets l'une des extrémités de ce conducteur en contact avec une source électrique négative (un endroit où se trouvent des électrons en excès), les électrons des atomes du fil conducteur auront tendence à fuir vers l'autre extrémité (ils ne peuvent toutefois quitter le fil).  [...] C'est assez pénible pour tout expliquer Ce n'est pas un phénomène purement éléctrique. Il faut considérer les gradients chimiques, la perméabilité de la membrane, les protéines en jeux(canaux voltage dépendants) etc.  [...]

[Biochimie] toxine Bt

Il faut savoir que la toxine Bt est une des rares protéines a etre tellement produite dans la bactérie, qu'elle forme in vivo des cristaux.  [...] J'ai aussi retenu que les tryptophanes sont plus sujets à la dégradation dans la protéine présente dans le cristal que dans la protéine soluble. Et il y aurait également des phénylalanines qui seraient dégradées... Mais les études que j'ai vues ont été réalisées par spectroscopie Raman que je ne maîtrise pas du tout.  [...]

Une nouvelle protéine fluorescente 3 fois plus brillante que les autres

Cristal de CFP utilisé dans l'étude (échelle. 100 microns) et zoom sur la partie de la protéine proche du chromophore montrant l'amélioration de stabilisation dans mTurquoise2 qui explique sa meilleure efficacité de fluorescence. D. von Stetten, A. Royant & Nature Communications.  [...] Grâce à cette nouvelle protéine, de nombreuses recherches pourront être réalisées avec des niveaux de précision et de détail jamais égalés. Par cette nouvelle approche basée sur la connaissance de la dynamique structurale de la protéine, les chercheurs espèrent maintenant concevoir des protéines fluorescentes améliorées avec des couleurs différentes pour d'autres applications.  [...]

Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ? - Page 9

Par exemple, rien ne sert de s'enquiquiner à faire des calculs de probabilité qu'une protéine à d'apparaître, si l'expérience démontre que tout se passe comme sur des roulettes une fois l'expérience mise en place. De manière analogue, même si un problème devait apparaître, on ne sera vraiment sûr de l'existence d'un problème qu'une fois les expériences menées.  [...] Donc, rasoir d'Ockham. rien pour l'instant n'indique qu'on ait besoin d'ajouter des vésicules (si ce n'est une boule de cristal), alors oublions les vésicules. On les ajoutera si on a la preuve expérimentale qu'une étape vésiculaire précoce est indispensable (à la l'excrétion des déchets ou à autre chose, qui sait).  [...]

et si...l'ADN était holographique?

J'avais fais une critique alors que je vais refaire ici. L'ADN dans la cellule n'est pas nu. Il est entouré d'ions, de proteines qui, même si il emettait un signal, auraient tot fait de le noyer dans un immense bruit de fond ou de l'absorber. Donc il y a une difference fondamental entre prendre un ADN pur bien propre sur lui et en determiner d'eventuelles propriétés physico chimiques, et prendre un ADN natif dans sa cellule.  [...] j'ai fait quelques recherches depuis, et dans l'encyclopédia universalis, il apparait que l'ADN est bien considéré au niveau de sa structure, comme un quasi-cristal, et d'après mes connaissances de bases en cristallographie, chaque cristal oscille, suivant la disposition de ses atomes, et par la nature de chacun d'entre eux, cela forme une fréquence de résonance.  [...]

Origine de la matière

(Dans le cas de la formation d'un cristal à partir d'une solution on part d'une situation en déséquilibre. on n'est pas dans la situation d'équilibre entre la phase en solution et la phase solide. C'est cet ordre caché (tout en solution, rien ou peu en solide) qui va se transformer en un ordre visible (le cristal). Et ce en conformité avec le second principe.).  [...] J'aime bien mon exemple du cristal car il marche aussi pour cet argument. Quelle est la probabilité pour qu'un milliard de milliards d'atomes s'alignent spontanément pour former un cristal (de l'ordre du milligramme ici) Quasi nulle. Pourtant, les cristaux se forment, il est facile de voir pourquoi et comment sans faire intervenir d'explication métaphysique.  [...]

[Biochimie] Enzyme INA dans la neige artificielle

Mais comment cette petite bestiole (apparté. ils parlent de la bactérie Pseudomonas syringae) s'y prend-elle donc Et bien dans sa membrane – cette enveloppe qui lui sert de protection – est logée une protéine, en anglais la Ice Nucleation Protein (INP), qui est au coeur de la cristallisation de l'eau.  [...] Son secret résiderait dans sa structure. celle-ci, en imitant la forme du cristal formé par les molécules d'eau, servirait de modèle pour initier la cristallisation. Mais pourquoi cette bactérie possède-t-elle une telle protéine et à quoi lui sert-elle exactement Est-ce une forme de protection En réalité cela demeure un mystère, car on ne voit pas bien en quoi le fait de se congeler pourrait permettre à un organisme de se protéger.  [...]