• Santé - Développement, Informatique, Données

Quel Master Bioinformatique choisir ?

J'aimerai savoir, selon vous, dois-je choisir un parcours orienté développement ou analyse de données (niveau embauche, et sachant que je viens d'une licence bio. facilité d'adaptation à l'informatique ). L'analyse de données proposés à Marseille et à Rennes me tentent beaucoup.  [...] Mais ils font aussi beaucoup d'analyse de données médicales en partenariat avec le pôle de néphrologie/urologie. Pour finir il y aussi une demande dans l'analyse d'image, notamment sur le développement d'embryon. Je suppose que le master est donc orienté vers ces thématiques (sauf l'analyse d'image bizarrement mais certains se perfectionnent en stage).  [...]

[Génétique] chevauchement séquences

Je suis en plein développement d'un outils informatique qui servira à analyser des données (fichiers format fastq obtenues à partir de la banque de données NCBI).  [...] Mon application doit donc pouvoir charger le fichier, le lire les données (séquence nucléotidiques) et faire des chevauchements puis fusionner pour avoir des contig.  [...]

Qu'est ce que la génomique ? | Dossier

Il s'agit du transcriptome. Le suffixe 'ome' a été rajouté à l'objet d'étude (les transcrits) pour indiquer que les études sont réalisées à haut débit. Parallèlement, le développement d'autres techniques automatisées autorisant des études à grande échelle des protéines a conduit à l'étude du protéome (c'est à dire de l'ensemble des protéines).  [...] ... c'est pourquoi, on parle de biologie intégrative. Cette dernière ne peut se développer sans un stockage raisonné et une analyse globale des données générées aux différents niveaux (transcript, protéines, physiologie). Ces étapes nécessitent le concours de la bio-informatique, autre nouvelle Science en expansion.  [...]

Mutations silencieuses

Actuellement, grâce à l'aide de l'AFM, Pierre de la Grange développe un outil bio-informatique qui permettra aux généticiens d'estimer l'impact d'une mutation sur l'épissage des produits d'un gène. Cet outil, appelé MESS ( Mutation Effect on Splicing Search ), est développé à partir des données de FAST DB et devrait être mis à disposition de la communauté scientifique à la fin de l'année 2006.  [...] La majorité (90%) des gènes humains sont constitués d'exons (une dizaine en moyenne) séparés par des introns. Après transcription, les introns sont éliminés lors de la réaction d'épissage et les exons qui contiennent l'information nécessaire à la synthèse des protéines sont assemblés pour donner les ARN messagers.  [...]

Définition | Génomique | Futura Santé

l'établissement de cartes du génome ou cartographie du génome. la génomique structurale. Le séquençage du génome à haut débit a favorisé son développement.  [...] Dans ces analyses, l' informatique joue un rôle important. des logiciels spécialisés permettent, par exemple, de classer les gènes en fonction des homologies (ressemblances) de leurs séquences. Étant donné le nombre important de données, la génomique utilise la bio-informatique pour stocker et analyser les informations.  [...]

probabilité sur les SNP

Voila j'ai un projet de développement informatique (pour mon plaisir) appliqué au SNP.  [...] Il me semble que les SNP sont des variations aléatoires et indépendantes les unes des autres. Elles peuvent être transmises si elles font partie du matériel génétique des gamètes.   [...]

ADN traduit - Page 2

Oui effectivement mais attention à ne pas aller trop vite et à ne pas mal interpréter mes propos. Ces découvertes sont très récentes et certaines équipes ont suggéré une pause de la recherche sur ce thème précis car selon elles personne n'y comprend plus grand-chose& Pour l'instant il est bien évident que l'on reste dans le modèle classique que l'on a tous appris au lycée et à la fac, mais je ne serai pas étonné que les programmes changent dans quelques années& Cependant je n'ai pas lu les publies en question et je n'ai eu qu'un aperçu de certaines figures.   [...] Il faut donc attendre de voir ce qu'il va se passer. La génomique, et la biologie moléculaire en général, évoluent à une vitesse phénoménale. les données s'accumulent beaucoup plus vite que les progrès de l'informatique ce qui rend particulièrement difficile l'analyse de ces données&.  [...]

[Evolution] "Grande question"

Méthode mathématique destinée à représenter le processus d'expression des gènes comme de gigantesques réseaux et à développer des outils et des concepts permettant de décrire le fonctionnement de ces réseaux.  [...] Méthode informatique destinée à clarifier les données génétiques en distribuant les calculs entre de nombreux ordinateurs, à la manière du programme SETI.  [...]

Structure tertiare ADN

En informatique, le flood (/flOEd/) ou Matraquage est une action généralement malveillante qui consiste à envoyer une grande quantité de données inutiles.  [...] Sur les forums, le flood nuit à la lisibilité de l'espace virtuel où l'internaute vient généralement chercher une information en particulier et est alors confronté à une multitude de messages ne lui apportant aucun renseignement et l'obligeant donc soit à faire une recherche en se servant de l'outil mis à disposition par le forum, soit à parcourir les pages de messages en quête de l'élément recherché.  [...]

[Evolution] en évolution a t on déjà fait ça?

J'avais assisté à une conférence de Manolo Gouy intitulée les thermomètres moléculaires. grâce à la bio-informatique et les données de séquençage des organismes actuels (bactéries, archéobactéries), les taux de mutations le long de l'arbre du vivant, etc.  [...] Donc, en estimant la séquence d'apparition des acides aminés d'organismes ancestraux, on peut avoir une idée de la température qu'il y avait à cette époque. Je m'écarte du sujet mais tout ça pour dire que l'on peut estimer -grâce aux statistiques, l'informatique et les données de séquençage des organismes actuels- certaines caractéristiques du génome de LUCA.  [...]