• Santé - Détermination, Séquence, Acides aminés, Protéines, Séquençage

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.  [...] La détermination de la séquence en acides aminés de protéines par spectrométrie de masse correspond au séquençage de novo.  [...]

Les bases constituant les protéines

Je vais quand même t'en parler car si tu es un génie, je ne veux pas louper ça. Le séquençage des protéines se fait maintenant par spectrométrie de masse, c'est la meilleure méthode. Avant le séquençage se faisait selon la méthode chimique d'Edman, si tu veux en savoir plus, je t'invite à aller questionner Google.  [...] Ici on fait pareil mais avec la masse séparant les fragments. Connaissant aussi la masse des acides aminés, on peut remonter ainsi à la séquence protéique. Je te passe la détermination des ions a, b, c, x, y, z ainsi que les fragmentations permettant de discriminer les acides aminés isobares.  [...]

[Biochimie] determination de la sequence en acides aminés

j'ai rencontré un probléme au niveau de mon cours de les peptides, plus exactement dans le chapitre methodes de determination de la sequence en aa, au fait, j'ai revisé mon cours mainte fois (qui est sous formes de reactions), j'ai cherché d'autres cours plus bavards pour me rafraichir mais en vain.  [...] et ainsi de suite. En étudiant la réaction, on peut rétablir l'ordre de départ de ces acides aminés et ainsi en déduire la séquence du fragment.  [...]

Origine de la vie : nouvelle preuve de l'apparition spontanée des acides aminés

Des critiques avaient au départ remis en cause cette jolie théorie, argumentant que les acides aminés observés auraient pu provenir d'une contamination de l'expérimentation ou que les conditions dans lesquelles l'expérience avait été réalisée étaient trop formatées.  [...] Ainsi, en 2008, grâce à la spectrométrie de masse, l'équipe avait alors annoncé dans Science la découverte de vingt-deux acides aminés dans les vieux échantillons. Selon un autre article paru tout récemment dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences, un vingt-troisième acide aminé aurait été identifié.  [...]

Une bactérie s'attaque aux agrumes du Brésil

Des tests spécifiques ont été réalisés par PCR (Réaction de polymérisation en chaîne), une méthode d'analyse génétique permettant de multiplier les séquences d' ADN pour mieux les étudier, notamment ici d'amplifier un fragment d'ADN cible particulier, le gène ADNr 16S.  [...] Ces tests ont révélé la présence, dans les feuilles symptomatiques, d'une bactérie dont l'ADNr 16S avait un fort pourcentage d'identité avec les séquences des deux bactéries déjà connues ( Candidatus Liberibacter asiaticus et Candidatus Liberibacter africanus ).  [...]

Génome, différences et similitudes des individus

Tous les adn sont composés des quatre même composantes et toute l'espèce a le même nombre de chromozomes. Y a t'il des séquences communes à tous.  [...] Le séquençage du génome permet de connaitre l'agencement des gènes et la séquence complète. Mais ce qui est interessant c'est son annotation, c'est à dire la localisation précise de chaque gène ainsi que la détermination de sa fonction biologique.  [...]

[Génétique] détermination de codon d'initiation d'une séquence d'adn

[Génétique] détermination de codon d'initiation d'une séquence d'adn.  [...] supposant que j'ai une séquence d'adn par exemple..........a cc ttg tta act atc gcc gca tga une séquence tronquée dont je dois déterminer le codon d'initiation afin que je puisse l'exprimer quelle est la technique que je dois utiliser pour trouver la partie manquante inconnue en amont de la séquence.  [...]

[Biochimie] composition d'un proteine

Est-ce que l'analyse de la composition en acide aminés d'une protéine (hydrolyse par l'acide chlorhydrique) est compatible avec la détermination du nombre de résidus x d'une proteinesOUI,non,pk.  [...] Je pense que oui par la chromatographie inverse mais je n'en suit pas sur du tout.   [...]

[Biologie Moléculaire] Petit point sur les interactions protéine-protéine

Je sais qu'une protéine X interagit avec une autre protéine Y... et en gros je dois caractériser cette interaction... du genre localisation du site d'interaction, détermination de la séquence protéique necessaire à cette interaction. j'ai bien pensé à des trucs du genre épitope mapping, construction de mutants et étude de l'interaction avec ces mutants.  [...] As-tu la chance d'avoir ces deux protéines purifiées ou non Si non le double hybride est le plus facile, quoiqu'un peu simpliste (et pas forcément certains à 100%...), si tu as des protéines purifiées il existe pas mal de techniques intéressantes. Je t'en parlerai si tu le désire.  [...]

Logiciel et méthodologie | Dossier

Le séquençage du génome d'A. thaliana permet de localiser un gène intégralement et par consé-quent le promoteur associé. Cette localisation peut se faire par l'intermédiaire de l'utilitaire Se-quence retrieval du site Internet Regulatory Sequence Analysis tools (Van Helden et al.  [...] L'analyse matricielle par chaîne de Markov est la base de Motif Sampler. Cette analyse mathé-matique calcule les scores entre 2 mononucléotides, de ce fait plus une séquence a d'occurrence plus le score attribué sera élevé. L'association de ce score avec le logarithme de la probabilité d'association détermine la séquence consensus mathématiquement la plus probable (Thijs et al., 2001).  [...]