• Santé - Concentration, Sonde, Hybridation

[Biologie Moléculaire] calcul des concentrations des sondes

je veux savoir comment calculer la concentration d'une sonde pour réaliser une hybridation in situ.  [...] Vous calculez la concentration en g/l dans votre tube initial, et faites un produit en croix ensuite pour avoir la dilution à appliquer.  [...]

[Biologie Moléculaire] primer dimer

La formation de dimères est due à des conditions de PCR trop permissives, après évidemment un design d'amorces non optimum. Les paramètres que l'on peut modifier sur un qPCR pour diminuer les dimères sont la température d'hybridation (la diminuer), puis la concentration en MgCl2 (la diminuer), et évaluer le ratio sonde/amorces en concentration.  [...] Si tous ces essais ne changent rien et que la présence de dimère reste dommageable pour la PCR (car un dimère en Sybr Green, ça se voit souvent, mais en TaqMan, beaucoup moins) avec une éventuelle inhibition ou limitation de la réaction de PCR par la réaction parasite, alors il faudra repenser le système d'amorces et repartir sur un nouveau design.   [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel

Quelle méthode suis-tu pour choisir tes amorces A la main ou avec des logiciels qui prédisent les structures secondaires et les sites d'hybridations potentiels.  [...] euh, je pense que tu fais une petite erreur Annaick sur la stringence de la PCR par l'augmentation du MgCl2. Si tu augmentes sa concentration, la PCR deviendra plus permissive aux réactions non spécifiques. Si tu veux augmenter la stringence de ta PCR pour diminuer les Dimères, il faut tester la diminution de la concentration en MgCl2, augementer la température d'hybridation de ta PCR, ajouter une sonde TaqMan et lui donner la concentration la plus faible possible pour ton système.  [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation ADNc / ADNg : besoin de confirmer !

Jusque là tout vas bien. sur notre ADNg. on a bien deux sites de restrictions adjacents HindIII qui donnent un fragment de 0,3Kb et qui hybrident avec ma sonde H.  [...] Or notre sonde N d'ADNc de 1Kb (je rappelle NcoI/NcoI) ne possède pas de site de restriction pour HindIII donc il existe un site de restriction pour HindIII dans l'intron de 0,8Kb.  [...]

Hybridation, ADN, Stringence, Concentration en sel

-l'hybridation est d'autant plus spécifique lorsque la stringence est forte et que la concentration en sel est faible.  [...] Mon problème. Je ne comprend pas pourquoi l'hybridation est d'autant plus spécifique lorsque la stringence est forte et que la concentration en sel est faible (c'est peut être un problème de définition, à vrai dire, je ne vois pas trop ce que veut dire le mot stringence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation d'une sonde nucléique plasmidique

[Biologie Moléculaire] Hybridation d'une sonde nucléique plasmidique.  [...] Voila j'ai un petit probleme lors d'un TP sur l'hybridation d'une sonde nucléique plasmidique non radioactive sur colonies bactériennes on me demande la nature et le role des dépôts d'ADN génomique et ADN plasmidique.  [...]

[Génétique] Sondes de Southern Blot et complémentation

Il était effectivement implicite dans ma réponse que je ne considère qu'un fragment d'ADNc comme sonde, de façon à hybrider une séquence qui correspond à un exon (éviter qu'elle soit à cheval entre deux exons et donc pas hybridable à l'ADNg).  [...] En moyenne, il me semble qu'une sonde fait 100 à quelques centaines de nucléotides de longueur. Si tu veux détecter la présence d'un gène qui fait 3000 kb, avec un ADNc qui ferait par exemple 2000 nt, c'est bien trop long. Réduire la taille te permet une meilleure hybridation... et d'être intraexonique.  [...]

[Microbiologie] hybridation moléculaire

la photo B,c'est l'hybridation des fragments avec une sonde spécifique d'un gène de résistance,et la photo C c'est l'hybridation avec une sonde 16s.les rèsultats de cette analyse a montrè que la sonde bla lut,specifique de gene a été hybridé avec un fragment de taille entre 700kb-800kb et il a hybridé aussi avec la sonde 16s,et pourcela les resultats suggere que le gene est chromosomique.  [...] Weill Fabre, Anne Le Fleche, Richard Bonnet and François-Xavier Benoît Doublet, Frédéric Robin, Isabelle Casin, Laëtitia.Molecular and Biochemical Characterization of the Natural Chromosome-Encoded Class A -Lactamase from Pseudomonas luteola.ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, Jan. 2010, p. 4551.   [...]

[Biologie Moléculaire] marquage à la digoxigènine

JE cherche à savoir la composition du tampon d'hybridation. Sur le site de roche il me conseil d'utiliser le leur ce qui est commercialement normal et il me donne 3 compositions différentes.  [...] avez-vous une autre composition de tampon d'hybridation pour une sonde marquée à la digoxigènine.  [...]

Hybridation in situ

La sonde peut s'hybrider de façon aspécifique sur l'ADN. Si l'on ne fait rien alors cette hybridation donne du bruit de fond.Le but du de l'ADN de saumon (on utilise celui ci parce que le saumon pond beaucoup d'oeuf, du coup on peut en avoir beaucoup rapidement) est de capter les hybridations aspécifiques.  [...] Donc si je comprend bien le principe, l'ADN de saumon se fixe sur l'ADN et l'ARN du tissu sur lequel je veux faire l'hybridation in situ, et quand je dépose la ribosonde spécique il y a une compétition entre l'ADN de saumon fixé et la sonde, diminuant ainsi le marquage aspécifique tandisque ma sonde se fixe sur l'ARN que l'on veut mettre en évidence.  [...]