• Santé - Bandes, Forme, Plasmide

[Microbiologie] digestion d'un vecteur

je dois digérer mon plasmide p blue script (taille 3 kb ) avec Ecor I le produit d'extraction par miniprep se présente sur gel sous une forme surenroulée (1.5 kb) j'ai testé le tampon H seul sur le plasmide par incubation durant 1 h à 37 °c pour vérifier si oui ou non le tampon H est contaminé par des endonucléases sur gel j'ai obtenu deux bandes une à 1.  [...] 5 kb et l'autre à 3 kb or la miniprep ne m'a pas donné la bande à 3 kb s'agit il d'une digestion partielle le tampon est 'il contaminé je vous demande de m'aider s'il vous plaît.  [...]

[Biochimie] Restriction bizarre

Je dirais donc que dans le puits 1 il y a les formes superenroulée (bande du bas) et circulaire relâchée (bande du haut) du plasmide. Avec BgIII il y a 2 coupures vu qu'on observe deux morceaux d'ADN, et avec PvuII il n'y a qu'une coupure et on obtient la forme linéaire du plasmide.  [...] ou bien vu que l'echantillon 4 ne semble exister qu'en forme linéaire, il est possible qu'avec PvuII, il n'y ai pas de coupure (si la coupure pour donner la forme linéaire a été faite au niveau du site de restriction que reconnait PvuII), ou alors 2 fragments et donc 2 bandes qui migrent plus loin que la simple forme linéaire du plasmide.  [...]

RT-PCR et PAGE en conditions dénaturantes???

Par southern blot en effet, maintenant quand tu fais migrer de l'ADN simple brin tu te mets en présence d'urée afin d'eviter les structures secondaires que l'ADN pourrait former.  [...] C'est sutout vrai pour la migration d'ADN circulaire, type ADN bactérien, mitochondrial ou encore plasmide. On obtient souvent 2 bandes correspondants à une forme enroulées qui va se faufiller dans le gel, et une bande de plus haut PM apparent. Je ne me rapelle pas avoir utiliser de l'urée pour un northern ou un southern blot.  [...]

[Génétique] Analyse plasmides recombinants/non recombinants

Pour les puits 2 et 3 j'observe plusieurs bandes mais je l'ai justifié en disant que le plasmide était sous plusieurs formes (relâché, superenroulé…).  [...] Le probleme c'est que pour le puits 6 je ne sais pas quoi déduire... Pourquoi y a t il 2 bandes La bande a 3000 correspondrait à un excès de plasmides non recombinants et la bande a 6000 mon plasmide contenant l'insert Le soucis c'est que quand j'ai lysé les bactéries, je n'en n'ai vu aucune de bleue dans le culot contrairement à l'échantillon A.  [...]

électrophorèse sur gel d'agarose

J'ai eu les résultats de la digestion et j'observe dans chaque cas 2 bandes. pour le plasmide non digéré j'ai une bande claire puis une bande foncée. et pour le plasmide digéré, j'ai d'abord la bande foncée puis la bande claire.  [...] je suis en train de me dire que ça me parait logique que l'intensité de la bande reflète l'abondance... donc dans le cas de mon plasmide digéré, ça voudrait dire que j'ai plus de forme circulaire.  [...]

[Biologie Moléculaire] le clonage impossible, ou comment se prendre la tete...

Vous digérez combien de µg de plasmide donneur et receveur Parce que si vous travaillez avec 10 ng... En même temps, vous indiquez voir les bandes sur gel, donc à priori vous en avez assez. Comment organisez vous le clonage proprement dit Vous coupez la bande sur gel et vous purifiez Votre bande contient elle du BET Le BET pose de gros soucis pour les clonages.  [...] J'ai également tenté d'insérer ma séquence codante dans un autre plasmide d'expression. là je digère mes deux plasmides (le vecteur vide et mon plasmide parental ) avec EcoRI et XbaI et j'ai testé les rapports 1.3 et 1.9. Lorsque je fais migrer mes produits de ligation, je ne vois plus mon vecteur vide mais des bandes qui pourraient correspondre à mon plasmide avec insert surenroulé et non surenroulé, ainsi que des concaténaires d'insert. Et là encore, je n'ai pas de colonie.  [...]

[Génétique] electrophorese

Je rajouterais formes plus ou moins surenroulées du plasmide circulaire (dans ce cas, on aurait plutôt un smear) et/ou plasmide sous forme linéaire à la liste ci dessus.  [...] C'est aussi ce que je sous-entendais par plusieurs formes de plasmides sans l'écrire explicitement... Merci d'avoir précisé.  [...]

[Génétique] Electrophorèse d'un plasmide avec 5 bandes

Et si il est possible que plusieurs plasmides s'associent pour former un duplex ou plus, et si quelqu'un peut m'expliquer ou me donner un lien pour comprendre ce phénomène.  [...] Le plus simple à mon avis, c'est qu'il y ait plusieurs formes plus ou moins sur-enroulées (topoisomères). Pour le confirmer, essaie de regarder s'il ne reste qu'une seule bande après digestion par une enzyme qui ne coupe qu'une fois dans ton plasmide.  [...]

électrophorèse: pk plusieurs fragments

Ce que je trouve bizarre, c'est que si on peut avoir plusieurs formes de plasmides, pourquoi est ce que dans les puits de mes camarades, on retrouve exactement les mêmes fragments, à la même distance... et ils en obtiennent 2 aussi, comme moi.  [...] Première chose, si tu es en présence des fragments de plasmide ils sont nécessairement linéaires. Ensuite tu peux avoir un plasmide circulaire et super enroulé qui font que tu as deux bandes très hautes sur ton gel. Pourrais tu nous donner la taille de ton plasmide théorique et celles des deux bandes que tu observes.  [...]

[Biologie Moléculaire] DNA mass ladder

Oui vite fait, le marqueur que j'avais n'avait que deux bandes pour estimer la concentration, j'ai jamais trop essayé de vérifier si c'était précis. Je ne pense pas que ça le soit. Pour ce qui est de ton marqueur, ça me parait en effet un peu délicat de différencier précisément les bandes.  [...] Les deux, en sachant que les bandes formées par des plasmides notamment, n'auront pas la même forme lors de leur migration sur gel.  [...]