• Santé - Aval, Répétitions, Fragment

[Biologie Moléculaire] Question teste de paternité pour exposé universitaire

Je suis à la recherche de petite information sur les testes de paternité, car sur le net il n'y a que les questions familiale mais peut de réponse théorique.   [...] Maintenant on teste le nombre de répétition en tandem par PCR. Les sites polymorphes d'intérêt sont déjà connus (puisque l'ADN humain est séquencé), donc il suffit de designer des primers en amont et en aval de ces répétitions et de regarder la taille du fragment amplifié.  [...]

[bio mol] Séquencage. RFLP

la sonde permet d'amplifier une séquence unique qui est situé en amont d'une séquence répetée. Le nombre de répetitions est différent selon les individus, on digére en amont de la sonde et en aval de la séquence répétée la taille du fragment sera variable selon les individus.  [...] RFLP pour polymorphisme (polymorphisme concernant les séquences répétées) des fragments de restriction (fragment contenant la séquence répétée+la séquence unique).  [...]

[Biologie Moléculaire] Problèmes PCR amplifications minisatellites

J'aimerais connaitre les principaux problèmes que vous avez rencontré en amplifiant des minisatellites par PCR. Je sais que du fait des répétitions en tandem, la Taq peut glisser et amplifier un fragment plus court de quelques répétitions. Cependant, j'observe généralement deux bandes.  [...] De manière générale, sur quels paramètres (propres au programme PCR ou au MIX PCR) jouez vous afin d'optimiser l'amplification de ces séquences répétées en tandem.   [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage non réalisable sur certains produits PCR

Cependant à ta place je me préparerais à faire un séquencage de proche en proche. regarde si il existe des homologues de la séquence que tu veux analyser, et dessine des amorces internes qui vont te permettre de séquencer ton fragment par petits morceaux. plus cher, mais plus efficace.  [...] En effet, il arrive que les amorces s'hybrident à différents endroits de la matrice et amplifient plusieurs fragments (qui peuvent faire la même taille comme l'a dit Lord M). Cela arrive dans des régions riches en A/T ou avec des répétitions de motifs assez courts.  [...]

[Biochimie] TPE PCR en temps réel, interprétation.

En effet, ce qui varie dans les STR, c'est le nombre de répétitions, donc la taille du STR (gtagtagta = 3 répétitions ou gtagtagtagtagtagta = 6 répétitions).  [...] Donc il suffit de choisir des amorces de PCR spécifiques de régions génomiques flanquant un STR polymorphe (= variable au sein d'une population), d'amplifier le fragment et de regarder quelle taille il fait.  [...]

[Génétique] SNP et microsatellite

Exemple. à un locus donné sur l'ADN un individu 1 possède 14 répétitions de CAG, un individu 2 possède 17 répétitions de CAG et un individu 3 possède 20 répétitions de CAG.  [...] On peut constater qu'au locus étudié on observe dans la population des microsatellites constitués de 14, 16 et 20 répétitions. On a donc dans ce cas un marqueur multiallélique (ici, triallélique). Mais il existe des marqueurs microsatellites ayant bien plus d'allèles.  [...]

[Génétique] DPI d'exclusion

Oui, le gène IT15 = Interessant Transcript 15 subit les changements de répétitions du trinucléotide CAG. chez les sains, le nombre de répétitions ne dépasse pas 35, alors que chez les malades le nombre de répétition est supérieur à 40. Ce T15 est renommé HD, pour gène de la huntingtine.  [...] Si le grand-père était atteint avec, par exemple, 55 trinucléotides CAG, et que l'on retrouve un truc de ce genre chez l'embryon, cela signifiera qu'il est malade. (Je dis quelque chose du genre parce que les maladies causées par répétitions de triplets au sein des séquences codantes sont des maladies dites à mutation dynamique, car le nombre de triplets varie entre les individus atteints (vers l'augmentation.  [...]

[génétique] Construction d'un arbre phylogénétique

Déjà, les nombre de répétitions du motif peut-il varier dans les deux sens (addition d'une répétition ou diminution) Si tu n'as pas de raison de supposer qu'il se fasse seulement dans un sens, tu ne peux pas savoir quel état est ancestral et dérivé, donc tu ne peux pas faire un arbre enraciné (où on sait dans quel sens va le temps), mais seulement un réseau.  [...] Comme les logiciels fonctionnent surtout avec des séquences d'ADN, il suffit de remplacer ton nombre de répétitions (7 ou 8) par les lettres des bases (AAAAAAA- ou AAAAAAAA respectivement), tu mets des tirets à la fin quand il manque des répétitions, en prenant comme référence le motif qui comprend le plus de répétitions.  [...]

[Biologie Moléculaire] Quelles sont les différentes étapes quand on travaille sur les microsattélites

J'ai trouvé cette formule pour calculer la taille de l'allèle en pb. Taille (en pb) =129 + (16)(N répétitions) + 32 et je ne comprends pas d'où elle vient.  [...] Mais je ne comprends pas super. Normalement, on cherche à connaitre le nombre de répétition (N répétition) car on peut déterminer la taille du fragment amplifier sur gel. Et en utilisant un outil informatique et un bon marqueur de taille, on peut être précis dans cette estimation.  [...]

[Biochimie] duplications et CNV

En fait, nous avons vu que les CNV n'étaient pas forcément des variations du nombre de répétitions de gènes mais que cela peut être une variation de répétitions d'une portion non codante également.c'est pour cela que je me demandais quelle était la différence avec les duplications.  [...] C'est vrai, nous avons vu que selon le nombre de répétitions cela peut prédisposer à certaines maladies ou être un facteur protecteur.  [...]