• Santé - Amorces, Séquences, Espèces

aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

La DGGE va te permettre, en gros, de séparer tes différents ADN selon l'espèce bactérienne (en ayant avant amplifié avec des primers pour l'ARNr 16S classiquement). En faisant ta DGGE tu vas savoir combien d'espèces différentes tu as dans ta terre.  [...] On peut donc utiliser des amorces universelles qui reconnaissent des séquences conservées d'une espèces à l'autre. Bien entendu, il existe des variations entre les différentes espèces. Ces variations concernent la tailles de l'ARN 16S, la séquence et le nombre d'opéron.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorces dégénérées ???

1/ Mon projet consiste à cloner des séquences de gènes impliqués dans la résistance aux métaux lourds,d'un champignons endémiques (non séquencés et annotés).  [...] après un gros travail de blastX et P sur plusieurs banques, j'ai pu obtenir des alignements inter espèces qui mettent en lumière des zones relativement conservées.. A partir de ses alignements je dois designer des amorces dégénérées afin d'amplifier des séquences de mon espèces endémique pour les séquencer et faire de la semi qPCR.  [...]

[Biochimie] (licence/master) Question sur la pcr pour un rapport de stage, merci

c'est une PCR utilisant de petites amorces de séquences aléatoires ( 8-12 nucléodites)comprenant (60 à 70% G et C) puis une identification sur gel. C'est un moyen rapide pour identifier plusieurs espèces. C'est une méthode très sensible. Il y a pas besoin de connaitre les génomes.  [...] C'est une PCR qui permet d'étudier la variabilité d'un gène. On utilise des amorces ciblant un gène homologue sur les différentes espèces puis on utilise une enzyme de restriction puis on compare le profil sur gel. C'est une méthode plus longue que les autres PCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

En fait, dans le DNA Barcoding ce sont des séquences du génome qui sont utilisées comme barcode. Les marqueurs sont donc choisis avec soins (ici rbcL et trnL) pour permettre d'identifier les espèces. Je m'explique. ce sont des régions du génome qui sont (en théorie) variables d'une espèce à une autre, mais très préservées au sein d'une même espèce, pour lesquelles des amorces dites universelles ont été design.  [...] L'idée c'est d'identifier des espèces selon leur génome, à partir d'échantillons inconnus. Lorsqu'il y a un seul organisme dans l'échantillon, après séquençage, comme celui de sanger, on obtient une séquence nette. Mais si il y a plusieurs espèces dans l'échantillon, on obtient une superposition des deux séquences, donc c'est illisible.  [...]

[Biochimie] PCR: a quoi servent les differents elements

La spécificité se fait sur 2 éléments, la complémentarité des amorces sur la séquence d'ADN, donc on aligne quelques centaines de séquences de différentes espèces pouvant être dans notre milieu et on choisit deux sites spécifiques de notre espèce d'intérêt.  [...] Ensuite il y a la taille de l'amplicon, c'est à dire en gros l'écart entre nos deux amorces sur le brin d'ADN. Là c'est statistique, une amorce c'est 20 bases en gros qui doivent être d'une séquence donnée. Sur un génome, vous avez le risque que vos amorces aillent se fixer ailleurs, c'est rare mais bon.  [...]

[Biotechnologie] Que veut dire ... ?

Seulement j'ai un peu de mal à comprendre une chose, comment des amorces peuvent digérer le produit de la PCR Puisqu'on intègre les séquences de AgeI et NcoI (et pas les enzymes elles-mêmes).  [...] en rajoutant certains nucléotides a tes amorces (qui representerons les extrémités de tout ce que tu auras amplifié) tu auras donc ajouté des petites séquences de part et d'autre de ton gène,  [...]

[Biologie Moléculaire] A Propos De BioEdit !

Je Voulais savoir comment pourrais-je visualiser les sites d'hybridation des amorces après alignement des séquences grâce au logiciel Bioedit.  [...] Si j'ai bien compris ce que tu demandes, il te suffit d'aligner la séquences de tes amorces (ou le reverse complément) avec les séquences et tu auras le site d'hybridation.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...] Merci pour toutes ces infos, compte tenu de ces elements le sujet proposé par @minushabens me semble plus adapté. Mais je vais garder sous le coude l'alignement de séquences et la détermination d'amorces pour m'initier au domaine dès que j'aurai l'occasion.  [...]

[Génétique] désignaion d'amorces pour une qpcr

D'arès mes connaissances les amorces doivent etre spécifiques pour quelles ne s'hybrident pas à des régions autres que mes cibles.Mais est ce que je peux désigner des amorces dégénérées etant donnée que les séquences présentent des variations meme dans les régions conservées.  [...] dans ce cas, si c'est vraiment infaisable (faut aligner toutes les séquences pour voir si on a quelques chances de poser des amorces) on peut faire des PCR multiplex (avec des pools d'amorces) mais la mise au point est du coup beaucoup plus complexe (notamment l'efficacité a prendre en compte).  [...]

PCR et vecteur de clonage

Mais tu dois de toute façon connaître un minimum la séquence que tu veux amplifier de manière à pouvoir élaborer tes primers (=amorçes qui vont encadrer la séquence à amplifier sur chacun des 2 brins). Dans le cas d'espèces peu connues génomiquement parlant, tu peux utiliser une sauce d'amorçes dégénérées qui va être un mélange de primers permettant une hybridation plus ou moins efficace avec ta séquence cible (c'est très simple à comprendre avec un shèmas.).  [...] Tu peux faire une PCR avec des amorces spécifiques d'une séquence pour en vérifier la présence dans un ADN donné. Par exemple à la suite d'un clonage, après sélection des transformants sur antibotiques/marqueur, avec des amorces spécifiques à l'insert, tu peux rechercher les transformants dont le vecteur a intégré l'insert d'intérêt.  [...]