• Santé - Amorces, Amplification, Fragment

[Biologie Moléculaire] Comment fabriquer une amorce PCR

Alors voilà, une question qui me titille depuis quelques temps. On me dit en cours que la PCR est un outil formidable car on peut amplifier des séquences choisies en fabriquant des amorces spécifiques. Mais comment fait-on pour obtenir la séquence de bases qu'on veut dans l'amorce.  [...] Par exemple, si vous voulez amplifier la région 500 à 1000 d'un gène, alors vous prenez une amorce s'hybridant du nucléotide 500 au nucléotide 520 (car les amorces que l'on utilise font le plus souvent 20 bases) en orientation sens (même séquence que la séquence codante du gène), et vous prenez une amorce s'hybridant du nucléotide 1000 au nucléotide 980 en orientation antisens (séquence complémentaire à la séquence codante du gène).  [...]

PCR et clonage

1- soit tu mets des sites de clonages en 5' dans tes oligos qui vont te permettre d'amplifier le fragment par PCR. Ensuite tu digeres le produit de PCR avec ces enzymes et tu le ligue dans ton vecteur coupé par les enzymes compatibles.  [...] Pour la deuxieme question, la reponse est evidente. si tes deux genes sont sur des chromosomes differents alors avec tes amorces tu n'amplifieras rien du tout. en revanche apres translocation les deux genes etant contigus tes amorces vont permettre l'amplification d'un fragment.  [...]

[Biotechnologie] Amplification par PCR

Par ailleurs, Pourquoi voulez vous créer des amorces qui ne soient pas entièrement spécifiques du fragment d'ADN que vous souhaitez amplifier La probabilité de rencontrer une base est de 1/4, celle de rencontrer deux bases précises est de 1/4. 3 bases, 1/8 etc.  [...] .. Quelle est la probabilité de rencontrer 6 bases Est-ce fréquent dans un génome de 3.10 9 pb La longueur d'identité de vos amorces par rapport au fragment cible n'est elle pas un moyen d'augmenter la spécificité d'amplification.  [...]

[Biochimie] séqunçage technologie 454

J'ai une question concernant la technologie 454 (séquençage). Il y a des choses qui m'échappent.Comment les microbilles peuvent-il fixer un ADN à la fois.   [...] Pour UNE microbille donné on a hybridation d'UN ADN sb. Puis on effectue une amplification par PCR (l'ADN sb amplifié va se fixer sur une autre amorce de la microbille et ainsi de suite...) et donc au final pour UNE microbille donnée on a le même fragment d'ADN sb qui sont fixées sur toutes amorces C'est bien ça.  [...]

Amplification aléatoire des ADN polymorphes (RAPD)

est-ce que quelqu'un peut m'expliquer pourquoi l'amplification d'un fragment en RAPD n'aura pas lieu si la distance entre les deux amorces est grande.  [...] Sachant qu'après dissociation, le brin synthétisé a peu de chances de se ré-hybrider sur sa matrice (contrôle cinétique de la réaction), il est incomplet et ne peut plus être amplifié par aucune des amorces.  [...]

[Génétique] Choix amorces amplification portion ADN

- Si j 'ai un fragment d'ADN à amplifier et que j ai un codon début et un codon stop au milieu du fragment, est-ce que je m'en fiche dans le cadre d'une amplification d'un fragment d'ADN En gros, quand on me demande d amplifier un fragment, c est un fragment, sinon on m aurait demandé d'amplifier le gène.  [...] - Si je n'ai pas de codon ATG ou stop dans mon fragment, dois-je le rajouter dans ma séquence d'amorce ( je crois que je fais une confusion entre l amplification et la traduction du gène).  [...]

[Biologie Moléculaire] ADNc simple, double brins et PCR

Ce qui m'échappe un peu, c'est à quel moment se fait la synthèse de deuxième brin de l'ADNc et comment la Taq décide ou sait qu'il manque un deuxième brin qu'il faut synthétiser avant de procéder à l'amplification du fragment délimité par 2 amorces présent dans la réaction.  [...] Autrement dit, dans une réaction PCR classique et à partir d'ADNc simple brin, la Taq synthèsera d'abord le deuxième brin d'ADNc avant d'amplifier le fragment délimité par un couple d'amorces utilisés dans cette réaction Ou bien, une fois qu'on a la Taq, elle prend l'ADN (simple ou double brin) comme matrice pour synthétiser un autre brin et ainsi de suite.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR maîtrise de la Tm

Bonjour à tous, voilà j'ai juste une petite question toute simple. Entre mon cours et le poly de ma prépa l'explication n'est pas la même à propos de la Température d'hybridation des amorces PCR.  [...] Si la température d'hybridation est appropriée pour une amorce mais pas pour l'autre, tu n'auras pas d'amplification du fragment voulu.  [...]

[Biologie Moléculaire] le séquençage??? une petite question

Tu pars d'un produit d'amplification par PCR du fragment que tu veux séquençer et tu ajoutes une amorce (dans le bon sens STP) pour demarrer la reaction.  [...] done dans le mélange on utilise pas uniquement d'une seul copie de fragment d'adn par contre plusieur copié transcrit par le pcr (amplifier).  [...]

[Microbiologie] Amplification d'un gène par PCR : choix des amorces

Je dois choisir les amorces Forward et Reverse pour amplifier la totalité du gène GAI (1500pdb) dont les codons initiateur et stop sont respectivement, ATG et TAG (soulignés dans la séquence).  [...] Voici la séquence. les deux amorces à utiliser doivent faire 20 nucléotides et le fragment amplifié doit être le plus court possible tout en contenant le codon initiateur et le codon stop.  [...]