• Santé - Alignement, Séquences, ADN

[Biochimie] Outils informatiques

Beh tu tapes alignement séquences ADN dans Google et tu seras servi(e) Et pas seulement en outils, mais aussi en infos comment faire. Parce que vu tes questions, tu en as bien besoin.  [...] Bien sur La recherche de similarite et l'alignement de sequences, c'est la meme chose, tout le monde le sait Et c'est vrai qu'utiliser BLAST c'est tres simple, c'est pour ca que plein de gens font du n'importe quoi avec.  [...]

Différence entre race et espèce

C'est très difficile de comparer des séquences d'ADN et de dire elles sont identiques à 95%. En effet, il faut réaliser un alignement des 2 séquences à comparer et il y a toujours des trous à ajouter pour améliorer l'alignement. Cela donne par exemple ceci.  [...] Bref, dire l'ADN de l'homme est identique à 95% avec celui du porc (exemple bidon) est complètement faux. Ce type calcul ne concerne toujours que certaines régions conservées avec lesquelles on peut faire un alignement correct, notion complètement subjective qui dépend de la personne qui interprète l'alignement.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Merci pour toutes ces infos, compte tenu de ces elements le sujet proposé par @minushabens me semble plus adapté. Mais je vais garder sous le coude l'alignement de séquences et la détermination d'amorces pour m'initier au domaine dès que j'aurai l'occasion.  [...] pour ce qui est de l'alignement de séquences, aujourd'hui on travaille sur des gros ensembles de données, et on a besoin d'algorithmes capables d'aligner un million de séquences en une fois (il en existe d'ailleurs).  [...]

[Evolution] Construction d'un arbre phylogénétique

Pour répondre à votre question, il vous manque une étape cruciale lors d'un reconstruction phylogénétique. l'alignement de séquences.  [...] L'alignement a pour principe de retrouver les positions homologues entre des séquences (c'est à une position de la séquence ancestrale transmis par ascendance commune aux séquences filles). Donc, il faut ensuite avoir un bon échantillons de séquences homologues pas trop proches (pas assez d'informations) et pas trop éloignées (alignement trop difficile) qui sera aligner puis traiter lors de la reconstruction.  [...]

[Génétique] Terme scientifique pour comparaison des séquences d'ADN

Je suis en train de préparer un exposé et je suis tombé sur une question à laquelle je n'ai pas trouvé de réponse, à savoir. comment s'appelle le fait de comparer des séquences d'ADN.  [...] Vu que la question vient directement apres celle sur le sequencage et juste avant une question sur les limitations, on pourrait aussi parler de contig plutot que d' alignement de sequence.  [...]

[Evolution] [Proteomique] Logiciel d'alignement de sequences proteiques

Je suis a la recherche d'un logiciel type Clustal pour realiser des alignements de sequences d'acides amines dans le but de tracer des arbres evolutifs. Malheureusement les sequences que je possede sont en txt et pas en FASTA ou autre.  [...] Dans le pire des cas, tu peux toi-même transformer tes séquences en Fasta, il suffit pour cela d'ajouter sur la première ligne le signe. suivi de ce que tu veux et ta séquences doit débuter sur la ligne suivante.  [...]

Pourquoi pas de matrice de substitution pour l’alignement (BLAST) des séquences nucléotidiques

La comparaison de séquences de protéines ou de nucléotides permet d'évaluer le degré de parenté entre ces séquences. C'est essentiellement ce que font les outils BLAST.  [...] Lorsqu'on réalise un BLAST de séquence protéique, ON dispose de différentes options de matrices de substitution (PAM, BLOSSUM …) pour calculer le score des alignements. Dans le cas des BLASTs de séquences nucléotidiques, ces matrices de substitution n'existent pas, On ne peut que donner des valeurs numériques aux matches, mismatches et gaps observés à la suite de l'alignement.  [...]

[Génétique] Alignement de sequences nucleotidiques

En ce moment, j'etudie la conversion genique entre les genes du CMH. Pour cela, j'aimerais aligner les sequences ADN de differents genes/ loci du CMH (chez une meme espece) afin de pouvoir les analyser. J'utilise MEGA 4 mais quand j'aligne mes sequences, evidemment, je me retrouve avec des gros blancs en plein milieu des sequences.  [...] J'ai effectivement telecharger les sequences sur des banques ou database comme Genbank et EBI mais l'alignement n'etait pas tres reussi pour ces 2 loci.  [...]

Logiciel en biologie

Comme logiciel d'alignement de séquences nucléotidiques il y a matcher qui est vraiment bien je trouve. Il est sur le site de l'Institut Pasteur.  [...] Pour les alignements de séquences je te conseille quand même soit clustalw pour les alignements multiples soit align pour les aligments par paire (deux séquences).  [...]

[Divers] Bioinformatique

En rentrant les séquences ainsi, un logiciel (par exemple d'alignement de séquences) pourra distinguer les différentes séquences et les aligner.  [...] merci bcp. justement je voudrais aligner plusieurs séquences... et analyser des séquences.  [...]