• Santé - Alignement, Séquence, Méthode

Bioinformatique : alignement des séquences par méthode pairwise

Bioinformatique. alignement des séquences par méthode pairwise.  [...] Lorsque l'on effectue un alignement de séquence par méthode pairwise, on calcule la qualité Q de notre alignement grâce à la formule.  [...]

[Evolution] En classification : qu'est ce qu'un caractère ?

Il semble ainsi que les tortues soient des diapsides (archosaures, apparemment) modifiés, sembables aux prololophonidés, paréiasaures, captorhinidés, placodontes... car occupant des niches écologiques relativement similaires. Cela dit, nous sommes toujours dans l'attente d'une tortues fossile qui n'ait pas encore subit toutes ces simplifications (pour un petit Nature ou Science, par exemple ).   [...] Qui connait ses propres problèmes, comme l'alignement des séquences ou le choix du modèle d'horloge moléculaire. Mais aucune méthode n'est parfaite, et c'est pour cela que la combinaison des topologies obtenues par des phylogénies morpholoqiques et moléculaires est si importante - avec des résultats surprenant comme pour la place du gavial chez les crocodiles modernes ( ici ).  [...]

Logiciel et méthodologie | Dossier

Cette transposition peut se faire par un alignement de séquence par Blast via Internet ou un utilitaire en local comme alignX associé au génome complet d'A. thaliana contenu sur cédérom. Contraire-ment à un alignement local, celui sur Internet donne au moins deux séquences homologues à 100%, le gène de la bibliographie et celui du génome complet (tableau 1).  [...] L'analyse matricielle consensus donne toujours un résultat que l'on peut considérer comme réel si et seulement si sa signification est nettement supérieure à 0. Cette analyse utilise une méthode repo-sant uniquement sur les mathématiques. Le fait de se détacher de l'organisme permet de définir une séquence consensus indépendante, réduisant la portée des oligonucléotides similaires.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

RN. au cas ou le gène auraient été séquencé plusieur fois (ex. projet génome) c'est le numéros pour chaques publications impliquées avec a chaque fois RL, RA, RX.  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]

obtension d'une séquence consensus..comment?

je m'interesse à la construction d'une séquence consensus à partir de l'alignement de 6 séquences nucléotidiques. J'ai utilisé le CLC sequence viewer ainsi que Jalview mais il y a des positions où le logiciel ne peut pas trancher et met un point. Je trouve pas mal de fois que 50% des séquences ont le nucléotide C et 50% ont le T par exemple.  [...] Ce résultat est tout à fait normal, une séquence consensus est par définition la plus proche possible de toutes les séquences de ton alignement. Comme tu as un nombre pair de séquences, il est donc logique de trouver des positions avec 50% C et 50% de T, impossible alors pour le programme de trancher, d'où le point.  [...]

[Divers] Format IUPAC

Quelqu'un connaitrait-il un logiciel qui permettrait de convertir un résultat d'alignement de séquence en une séquence au format IUPAC.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

Je ne suis pas non plus rentré dans les détails des sites de fixation des FT et FR. Et sinon une séquence discrète n'a rien à voir avec un intron, il s'agit d'une séquence qui n'est pas une séquence consensus (du moins pas détectée par les algorithmes d'alignement de séquence).  [...] .. J'ai toujours lu sur internet et dans les bouquins que la TATAbox était une séquence promotrice pas la seul bien entendu mais elle fait parti des séquences consensus. Et puis qu'elle est l'utilité de me parlé de séquence discrète je ne fais aucunement référence dans mon commentaire sur ce type de séquence et puis précise ce que tu entends par séquence discrète car pour moi une séquence discrète c'est une séquence non codante donc un intron, je n'ai aucunement vue jusque là que séquence discrète voulait dire une séquence non consensus.  [...]

[Biologie Moléculaire] Kalign

Voilà mon problème, je n'utilise plus le logiciel d'alignement de séquences Kalign depuis quelques temps et je ne me souviens plus comment on fait. J'ai une dizaine de séquence sous format fasta que je voudrais aligner mais quand je les rentre dans le programme d'alignement de séquences protéiques il m'affiche ce message d'erreur.  [...] Je ne connais pas Kalign en particulier, mais il doit réagir à peu près comme les autres. Vérifie que tu as bien ton signe. devant les noms de tes séquences, qu'il n'y a pas d'espaces inutiles (parfois, ce type de programmes ne les aime pas trop et te sortent un message d'erreur).  [...]

[Génétique] la PCR

difficile d'amplifier quoi que ce soit si tu ne connais pas la séquence de ce que tu recherche ou que tu n'as pas au moins un indice (séquence dégénéré par alignement des séquences provenant d'organismes proches...).  [...] Donc pas de séquençage, pas d'amorces ( mais évidemment pas de synthèse d'amorces... pas d'amorces non plus, mais la c'est vraiment limite technologique qui est de pouvoir faire ce qu'on cherche à faire alors qu'on sait exactement ce qu'on veut faire ).  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche de gènes orthologues

En pratique, tu copies-colles la séquence de ton gène dans la case prévue à cet effet puis tu choisis la base de données de séquences (tout, seulement l'homme, seulement les plantes, etc...) avec laquelle tu veux comparer ta séquence et tu valides.  [...] On obtient une liste d'identifiant de séquence classés par degré de proximité avec la séquence initiale. Quand tu cliques dessus, tu as accès à l'alignement des 2 séquences ce qui de te permet de valider ou non s'il s'agit de gènes orthologues ou pas.  [...]