• Santé - ADN, Modèles, évolution

Pourquoi pas de matrice de substitution pour l’alignement (BLAST) des séquences nucléotidiques

Lorsqu'on réalise un BLAST de séquence protéique, ON dispose de différentes options de matrices de substitution (PAM, BLOSSUM …) pour calculer le score des alignements. Dans le cas des BLASTs de séquences nucléotidiques, ces matrices de substitution n'existent pas, On ne peut que donner des valeurs numériques aux matches, mismatches et gaps observés à la suite de l'alignement.   [...] Les matrices de substitution des protéines sont construites à partir de jeux de données existants (exemple type est blossum) qui visent a donner un score pour la substitution d'un acide aminé par un des 19 autres. Pour l'ADN nos disposons des modèles d'évolution plus simples (comme Kimura) avec des paramètres de transition et transversion, pour passer d'une purine à une purine, d'une purine à une pyrimidine... donc pour moi ces modèles existent.  [...]

Conclusion : l'évolution de l'évolution et le transfert latéral | Dossier

De nombreux modèles de réseaux sont d'ailleurs déjà de plus en plus employés par les scientifiques pour décrire les partenariats génétiques et les mouvements de l'ADN au sein des lignées et entre les lignées. Il s'agit d'une évolution de la théorie de l'évolution, ce qu'on attend d'une science active, tout le contraire d'un dogme immuable.  [...] Aucun esprit mal intentionné, aucun adversaire de la biologie évolutive, comme les créationnistes ou les partisans du dessein intelligent, ne peut donc prétendre trouver dans ces progrès des modèles évolutifs quelque réconfort ou soutien que ce soit. De tels développements ne suggèrent nullement de déconsidérer l'évolution.  [...]

Saltationnisme et équilibre ponctué

Les chercheurs utilisent souvent des modèles mathématiques, et les modèles d'évolution phénotypiques sont tous gradualistes. Peut-être est-ce simplement parce que c'est difficile de modéliser les sauts En ce qui concerne l'évolution moléculaire, elle est par nature discrète.  [...] L'étude de certaines lignées animales (les crustacés par exemple) a effectivement apporté la preuve d'une évolution sur le mode des équilibres ponctués.  [...]

enoncé d'exercice sur les différents modèles de conservation de l'ADN

enoncé d'exercice sur les différents modèles de conservation de l'ADN.  [...] J'ai un petit peu de mal à différencier les différents modèles de conservation de la molécule d'ADN. Auriez-vous des enoncés d'exercices a me donner pour que je puisse m'exercer, s'il vous plait.  [...]

[Génétique] Mutation : création systématique d'un nouvel allèle ?

Dans ton premier livre, je pense qu'il s'agit plus de transmission d'allèle à la descendance. Si une mutation (et donc un nouvel allèle) apparaît chez un parent, elle peut être transmise éventuellement à un de ses enfants (à condition bien sur que cette mutation se retrouve dans les gamètes du parent).   [...] Quand on a une connaissance moins complète du gène, par exemple quand on n'a (avait) que les allozymes, il est possible qu'une mutation donne un allèle déjà connu. C'est pourquoi certains modèles d'évolution moléculaire supposent 2 allèles et des taux de mutation de l'un vers l'autre, alors que d'autres modèles, qui sont applicables à l'évolution de séquences, supposent que chaque mutation crée un nouvel allèle (modèles a infinité d'allèles ou à infinité de loci).  [...]

Ancêtre des poules avec des dents ?

Si on voulait vraiment appliquer ce critère à l'évolution pour comprendre l'Evolution, il faudrait faire des simulations tellement gigantesques avec des ordinateurs tellement puissants qu'il faudrait qu'ils soient capables de prendre en compte une telle multitude de facteurs qu'on prendrait plus de temps à construire des modéles qu'à les tester.  [...] Et donc on pourrait voir si dans les modèles simulés informatiquement, le changement d'un des facteurs annule ou modifie l'aspect ou le comportement de tel ou tel animal. Sauf qu'une simulation qui retracerait des centaines de millions d'années d'Evolution c'est difficile à envisager vous croyez pas.  [...]

Evolution/maths/informatique

je me demandais s'il existait des modèles en maths, des sortes d'algorithmes, ou n'importe quoi, qui permettrait de mettre en relation certaines évolutions en biologie (notamment le brassage génétique et l'évolution des espèces).  [...] les modèles permettant de prévoir l'évolution d'une population, et d'une espèce, en fonction de l'environnement, sont les modèles de géntique des populations.  [...]

Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ? - Page 4

A journey to the field of polymer physics, with polypeptides in mind, leads to a major discovery. the protein globules appear to be built of nearly standard size elements  closed loops, stabilized by the interactions between their ends. The closed loops project into the early evolution of proteins and into the protein folding process.  [...] 2000), which might also carry a faint trace of chiral origins. At any rate, our suggestion for the origin of holochirality starts with the peptidyl transferase reaction and is thus largely congruent with Woese's (2002, p. 8745) assessment The evolution of modern cells, then, had to begin with the onset of translation'. It was certainly a decisive step.  [...]

[Evolution] Les bacteries évoluent-elles encore?

D'ailleurs c'est un des modèles biologiques les plus pratiques pour étudier l'évolution car grâce à leur rapidité de multiplication on peut observer l'évolution sur des temps relativement courts (pour comparaison une drosophile met quand même 10 jours pour arriver à l'âge adulte...).  [...] La parenté évolutive Archéobactérie et Eucaryote est fortement sujette à controverse. On pourrait parfaitement imaginer une perte du noyau dans une lignée commune Archaéobactérie+Bactérie. Et l'évolution n'est pas parcimonieuse. Si elle l'était, les cétacés (et leurs nageoire ) n'existeraient pas (je rapelle que l'ancêtre des cétacés étaient un tétrapode terrestre lui même issus d'un poisson ).  [...]

L'homme évolue ? - Page 2

On voit continuellement le réductionnisme au gène unique. L'une des raisons est que ça fait des modèles simples. Mais les modèles à gène unique c'est à l'évolution ce que l'arithmétique est aux maths. faut bien commencer par cela, c'est facile, mais ce n'est que le b.a.ba du sujet.  [...] La base de l'évolution c'est que la reproduction différentielle induit une adaptation fonctionnelle croissante, génération après génération, entre les individus et le milieu.  [...]