• Forum - Vue, Séquence, SNP

ESE (Exonic splicing enhancer)

-et puis vue que ces variation de séquence SNP sont silencieuse, est ce que cette sequence est identique chez tous les humains.  [...] D'allieurs, SNP = single nucleotide polymorphism, il s'agit de variation de séquence d'un seul nucléotide (subsitution). Ces variations sont reçues à la naissance, mais peuvent très bien être transmises différemment à la descendance (et cela s'applique à tout le génome, on ne parle pas que des SNP...).  [...]

Question idiote sur le génôme humain

Les sites de variations d'un individu a l'autres sont appelés SNP (single nucleotid polymorphism). un consortium est en train de séquencer aléatoirement, en vue de détecter ces fameux SNP's, des dizaines de souches génétiques humaines (c'est pas politiquement correct, mais c'est comme ça ) ce qui permet déjà (y'a eu qq articles prometteurs) de tracer un élément génétique qui conduit à un phénotype particulier (maladie mais pas seulement).  [...] Arrivé les trous ont petit à petit été complétés. Donc dès la prmière séquence un certain nombre de SNP ont été retrouvés (mais très peu par rapport à leur nombre réel).  [...]

Prédiction par bioinformatique de l'effet d'un SNP dans le promoteur

j'ai trouvé un SNP au niveau d'une région promotrice localisé dans une séquence Alu, je cherche un logiciel pour la prédiction de l'effet de cet SNP sur la transcription étant donné que la RT-PCR a révélé une délétion des 4 premiers exons.  [...] Je ne l'ai jamais utilisé donc je ne peux pas te dire ce qu'il vaut et s'il peut répondre à tes questions alors si jamais tu viens à le tester je veux bien que tu donnes des nouvelles.   [...]

[Génétique] diagnostic indirect

Alors c'est à vérifier mais pr moi le diagnostic indirect est utilisé lorsque le gène en question est localisé mais non séquencé ou difficile à étudier. On se sert donc de marqueurs géniques pouvant être multi (mini et microsatellites) ou bi-alléliques (SNP.  [...] Ainsi, en étudiant la transmission de ces marqueurs au sein de familles atteintes d'une maladie, on peut essayer d'identifier le gène impliqué.   [...]

[Génétique] Carte génique et carte physique

Ces marqueurs sont soit des gènes au sein desquels il peut y avoir une mutation ou soit une séquence polymorphe quelconque (RFLP, RAPD, SSLP, SNP). =. on a pu donc cartographier une série de marqueurs et les disposer sur une carte (en fonction de la distance trouvée entre eux en cM sachant que 1 cM = 1% de phenotype recombinant).  [...] - On dit qu'une fois positionner, cela permet son clonage. Est ce que son clonage permet de trouver sa séquence par rapport a la carte physique Si oui, comment.  [...]

[Génétique] SNP et microsatellite

Dans mon cours, j'ai marqué que les SNP étaient des séquences uniques alors que les microsatellites des séquences hautement répétées, est-ce bien le cas.  [...] Les SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et les microsatellites sont des marqueurs moléculaires. Un marqueur moléculaire correspond à un locus sur l'ADN de séquence variable au sein d'une population.  [...]

[Génétique] comment retrouver la localisation d'un SNP dans un gène

[Génétique] comment retrouver la localisation d'un SNP dans un gène.  [...] Bonjour, je me retrouve à lire pleins d'articles où ils identifient les SNP par un code exemple rs1761667. j'aimerais savoir comment puis-je retrouver sa position exacte (dans quel exon) au sein d'une séquence d'un gène donné. Merci.  [...]

ADN identique

Je note donc que 2 types cellulaires diffèrent par la répartition des méthylation. Cela dit, je doute fort que dans ces 2 types de cellules humaines, la séquence nucléotidique soit strictement la même (3 milliard de bases identiques cela m'étonne).. Je pense qu'il doit certainement y avoir des mutations (SNP) entre les ADN des 2 cellules.  [...] C'est bien le problème, même si elle est tumorale, la séquence sera tout de même plus proches des cellules saines d'un autre individu.  [...]

[Biotechnologie] séquençage à haut débit

Il permet de séquencer de courts fragments d'ADN (en moyenne, 60 bp pour l'automate commercialisé par Biotage et en moyenne 106 pb sur l'automate 454 commercialisé par Roche), voire, dans certains cas, jusqu'à 200 pb  [...] Le pyroséquençage est beaucoup utilisé pour l'étude de variants alléliques, notamment les polymorphismes bialléliques (SNP).  [...] Au contraire, l'Illumina sera privilégié dans le cadre d'un gros séquençage, par exemple pour le séquençage d'un génome entier. En effet, les séquences déterminées étant bien plus longue que celles obtenues par pyroséquençage, il sera plus facile de reconstituer la séquence génomique.  [...]

[Génétique] taux de mutation

J'explique un peu le contexte. j'ai fait une manip de maintenance de cellule, Leishmania donovani, in vitro et in vivo. Ma population de départ n'était pas clonale et au cours de l'expérience on voit apparaître quelques SNPs.   [...] Dans le SNP's profile j'observe l'apparition de seulement 5 SNPs, dans le cas présent, 1 SNP est clairement de la sélection vu que l'on peut voir ce SNP dans le séquençage de l'échantillon de départ à très bas bruit et que sa fréquence augmente au cours de l'expérience mais les 4 autres SNPs ont un profile très particulier.  [...]