• Forum - Virus, Génome, Séquences

Réflexions sur les épidémies

Tout porte à croire qu'un équilibre fiable existe entre le système immunologique humain et les virus naturels. Rompre cet équilibre pourrait avoir des conséquences imprévisibles.  [...] Et on a pas abordé dans cette discution les effets positifs pour l'hôtes des virus. Il y aurait beaucoup à dire, mais on peut se demander si il n'y a pas eu souvent des domestications par les cellules des virus et des fonctions qu'ils codent. D'ou la présence d'autant de génome ou de fragment de génome de virus inactif dans presque tout les génomes qui ont été séquencés aujourd'hui.  [...]

Virus = vivant ???

A mon avis tu extrapole un peu trop, la simplicité d'organisation des virus est la conséquence de l'utilisation/détournement de la machinerie cellulaire de son hôte. De nombreux parasites cellulaires, comme certaines bactéries ou certains champignons, ont elles/ils aussi des petits génomes, codant moins de fonctions que leurs cousines/cousin non-parasite.  [...] Il me semble aussi que lors du sequencage du genome humain, on a retrouve de nombreseuses sequences virales defectives, comme si de tresnombreux retro virus s'etaient integres dans les chromosomes et avaient perdu leur capacite de s'exciser... les virus comme moteur de l'evolution.  [...]

[Biologie Moléculaire] oncogène, pro-oncogène

Certains virus animaux sont capables d'induire des tumeurs (ex. sarcome de Rous du poulet, découvert en 1911). Les propriétés transformantes de ces virus sont dues à la présence dans leur génome de séquences particulières, les oncogènes viraux (v-onc). Ces gènes renferment à eux seuls toute l'information pour l'activité transformante.  [...] Ces gènes sont des formes altérées de gènes normaux d'origine cellulaire, les proto-oncogènes, capturés par les rétrovirus au cours de leur réplication. Ces proto-oncogènes sont conservés dans toutes les espèces (de l'insecte à l'homme) et jouent un rôle essentiel dans l'embryogenèse, dans la transcription de l'ADN.  [...]

[Biologie Moléculaire] Les différents types d'ARN

- les siRNAs proviennent d'un ARN long double brin clivé par Dicer pour générer de petits ARNs doubles brins d'environ 19 nt, avec 2 nt 3' sortants. Ce long ARN double brin peut provenir d'un virus, de séquences inverse répétées dans le génôme, de la transfection.  [...] - les micro-ARNs sont codés dans le génôme. Ils sont transcrits sous forme de pri-miRNAs, maturés par Drosha dans le noyau en pre-miRNA (structure en tige boucle), transportés dans le cytoplasme et clivés par Dicer qui enlève la boucle pour générer le petit ARN double-brin, mais qui contrairement au siRNA, présente des mésappariements.  [...]

[Biologie Cellulaire] Cellules cancéreuses infectées par rétrovirus

C'est plus complqiué que cela, car le génome viral possède des séquences répétées à ses extrémités, et de toute façon si l'intégration se passe mal, il n'y aura pas de virus produit.  [...] Les régions dont du parle sont appelées des LTR pour long terminal repeat (c'est les séquences répétées dont parlait Vinc). Le LTR en 5' contient une séquence qui permet d'induire la transcription du génome viral... et donc son expression.  [...]

Informations sur ce fameux test vih

Disons que l'on a déjà séquencé le génome de 1000 VIH, provenant de 1000 personnes différentes. Les virus ont une facilité à muté étonnante, mais seul les mutations viables se perpétuent.  [...] On a donc nos 1000 génomes, et on fait un alignement de séquence. On observe ensuite les séquences qui ont un score élevé, c'est à dire qui sont similaires (ou presque) à tout les virus. On obtient nos séquences hautement conservé. Dans notre cas, on ne veut que les séquences pouvant être détectées par des anticorps, donc sur l'enveloppe du virus. Ceci permet de réduire encore plus le nombre.  [...]

Pathogénicité bactérienne

..bref, sachant que mes notions en bactériologie, micrologie et virologie sont bien trop médiocres (jusqu'à présent absente de mon cursus scolaire). J'espère que l'un d'entre vous pourra essayer de me donner soit des références de bouquins, de périodiques ou de sites, et pourquoi pas essayer de m'éclaircir un peu plus, je vous en remercierai jamais assez pour tout si une réponse viendrait à mon message.   [...] - il existe des ilôts de pathogénicité qui correspondent à un ensemble de gène de virulence présent au niveau du chromosome en un locus. Ces séquences ont un GC% différents du reste du génome.  [...]

[Génétique] Transposons

On dit des transposons qu'il s'agit de séquences répétées dans le génome. D'accord, par définition. Mais entend t'on bien par là que ce sont des séquences répétées mais dispersées Je veux dire, les transposons ne sont pas des répétitions en tandem qui se suivent mais des répétitions dispersées dans le génome.  [...] Il me semble qu'il s'agit de séquences qui ont été répliquées, puis déplacées dans le génôme. Donc on retrouve dans le génôme X répétitions de la même séquence dispersées dans le génôme, mais il ne s'agit pas d'un enchaînement.  [...]

[Génétique] Génome.

Hum... question de lexique et de définition tout cela Au sens strict du terme, le génome est l'ensemble des gènes. Les gènes + les séquences non codantes forment un ensemble plus grand (matériel génétique séquence nucléotidique complète ) que l'on appelle souvent génome par convention.  [...] Au fait, parlant de génome et séquences bizarres, quelqu'un aurait-il des nouvelles concernant le mutant hothead chez A. thaliana.  [...]

Retrovirus endogenes et creationnistes

And,‘Our analysis revealed that retroviral sequences in the human genome encode tens-of-thousands of active promoters. transcribed ERV sequences correspond to 1.16% of the human genome sequence and PET tags that capture transcripts initiated from ERVs cover 22.4% of the genome.'.  [...] So we're not just talking about a small scale phenomenon. These ERVs aid transcription in over one fifth of the human genome. ‘These data illustrate the potential of retroviral sequences to regulate human transcription on a large scale consistent with a substantial effect of ERVs on the function and evolution of the human genome.  [...]