• Forum - Utilisation, Marqueurs, Séquençage

microsatellites....qu'est ce que c'est ???

Les microssat sont comme il l'a déjà été dit des marqueurs très polymorphes (c'est à dire avec beaucoup d'allèle différents) qui sont répartis sur l'ensemble de l'ADNg et qui permettent nottament le séquençage en faisant une carte physique (mais l'utilisation de ces marqueurs seuls ne suffit pas pour le séquençage).  [...] Ils sont très souvent utilisés pour les tests de paternités dans la police scientifique ou autre et également pour l'identification de locus morbides (=région du génome contenant le gène muté responsable d'une maladie génétique). L'immense avantage de ces marqueurs est qu'ils sont bordés par des séquences uniques.  [...]

besoin d'aide génomique structural ??

bonjour, j'ai besoin d'une personne, pour m'expliquer les étapes de la génomique structural c'est urgent.   [...] la 1er étape qui est attribution du géne à un chromosome, peu se faire pas hybridation in situ par une sonde, et utilisation des marqueurs aussi qui ont une position et séquence connue, donc je comprend pas si on ne connait pas la position du géne cible, et on a pas encore fait le séquençage comment peut 'on utiliser une sonde complémentaire.  [...]

Mutation?!

Encore une question pour moi, c'est quoi le but d'utiliser les marqueurs c'est a dire les microsatellites, les minisatellites, les SNP... ça permet de cerner un gêne qu'on suspecte d'après ce qu'on nous a expliqué mais pourquoi on fait pas un séquençage du gêne directement, detecter la mutation, ça serait plus simple que rechercher ces marqueurs non.  [...] pour ta question, d'après ce que j'ai compris, ces marqueurs permettent non seulement de détecter la mutation mais aussi de suivre sa transmission, ils servent de repères en quelque sorte et je pense que c'est plus facile que le séquençage je m'explique dans le séquençage tu ne sais pas où est la mutation tu balaies l'ADN jusqu'à ce que tu atteignes la mutation,par contre, grâce aux marqueurs qui servent de repère tu te diriges directement au niveau de la mutation, enfin à mon humble avis, ça nécessite confirmation. bon courage.  [...]

Une technique de séquençage simple

J'aurai aussi proposé la méthode de Sanger, ou celle de séquençage automatique, basée sur le même principe mais qui utilise des marqueurs fluorescents au lieu des marqueurs radioactifs.  [...] Une autre question. au début du séquençage, lors de la préparation du milieu, on ajoute de l'ADN polymérase, le brin à séquencer (+ les ddNTP et dNTP ça j'ai compris). Mais est-ce qu'on ne procède pas d'abord une une réplication massive du brin à séquencer avant de commencer le-dit séquençage.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Si tes échantillons sont barcodés, cela signifie simplement que chaque read possède une séquence spécifique en début de read, qui ne fait pas partie du génome de ton organisme mais qui a été ajouté pour différencier les individus de ton échantillon. Si on utilise le barcoding, c'est a priori pour faire du séquençage à haut débit (mais c'est un peu stupide de faire du séquençage à haut débit si tu utilises des marqueurs).  [...] En fait, dans le DNA Barcoding ce sont des séquences du génome qui sont utilisées comme barcode. Les marqueurs sont donc choisis avec soins (ici rbcL et trnL) pour permettre d'identifier les espèces. Je m'explique. ce sont des régions du génome qui sont (en théorie) variables d'une espèce à une autre, mais très préservées au sein d'une même espèce, pour lesquelles des amorces dites universelles ont été design.  [...]

[Immunologie] Article Scientifique

Il est question de l'utilisation des CAR-T dans la Leucémie aigue lymphoblastique. En effet, ils apportent certaines preuves selon lesquelles l'utilisation de CAR4 serait plus propice que l'utilisation de CAR8 puisque ce dernier développe plus vite des marqueurs d'épuisements (PD-1, LAG-3) et est plus vite sujet à de l'apoptose.  [...] Cependant, à plusieurs reprises dans l'article, les expériences se font soit sur de la moelle osseuse. par exemple pour faire de la cytométrie en flux et regarder l'expansion des CAR (les souris sont lymphodéplété avant admnistration des CAR). Mais ils utilisent aussi des splénocytes pour regarde rla production de cytokines, ou faire des dendogram.   [...]

[Biologie Cellulaire] clonogenic progenitor assay

Mais voilà je ne comprend pas le déroulement de l'expérience, c'est à dire s'ils isolent déjà les progéniteurs (par exemple par un marquage spécifique) et qu'en suite ils les font se multiplier pour avoir des clones, ou s'ils font pousser un ensemble de cellules et qu'ils sélectionnent la croissance que d'un type cellulaire (par exemple par un coktail de facteurs de croissance spécifique).   [...] On peut ensuite les dénombrer en comptant les colonies... Cela permet d'évaluer la quantité de ce type de progéniteur au sein de toutes les cellules hematopoietiques car c'est une popultaion très hétérogène. L'utilisation de marqueurs spécifiques dont tu parlais existe aussi mais c'est une autre technique permettant de séléctionner (par cytométrie de flux par ex) des sous-types de progéniteurs exprimant ces marqueurs... J'espere avoir été claire.  [...]

Comment génotyper des mutants de sorgho

Mais nous ne savons pas quels types de marqueurs sont adaptés à l'étude de la diversité génétique des mutants. C'est pourquoi j'aimerais savoir si quelqu'un pourrait me guider à cet effet. j'ai fait de la recherche sur internet mais la bibliographie sur le sujet est très pauvre et je n'ai pu avoir de documents.  [...] Bonjour, voulez vous me dire que la seule issue est le séquençage En faite, j'ai cru qu'on pouvait génotyper des mutants avec des marqueurs SSRs (microsatellites) ou autres marqueurs, c'est pourquoi je cherche des précisions.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique de laboratoire en biologie moléculaire

les hétéroduplexes, thermiquement moins stables que leurs homoduplexes correspondants, seront résolus grâce à la chromatographie lorsqu'ils seront soumis à une température suffisamment élevée. La conséquence de cette instabilité sera un désappariement des deux brins d'ADN dans la région du polymorphisme lorsque l'ADN sera chauffé à température adéquate.  [...] Pour l'étude des protéomes les techniques de 2D-dige sont pas mal, si elles sont couplées à l'utilisation de standard interne et de marqueurs différents.  [...]

ADN de séquence inconnue, choix des enzymes de restriction.

Supposons que l'on veuille insérer un brin d'ADN de séquence inconnue dans un vecteur, comment fait-on pour choisir les enzymes de restriction idoines pour couper ce brin d'ADN au bon endroit (c'est à dire à ces deux extrémités, pour pouvoir cloner le brin d'ADN dans son intégralité).  [...] Je pense à des procédés comme la I-PCR, ou à l'utilisation de marqueurs radioactifs pour détecter l'emplacement des fameux sites de restriction mais tout cela reste assez vague.s.  [...]