• Forum - Sites, Restriction, Digestion, Enzymes

Hydrolyse totale et hydrolyse partielle de l'ADN

je veux savoir quelle est la différence entre hydrolyse totale et hydrolyse partielle de l'ADN et on joue avec quels facteurs et merci bcp.   [...] Si vous voulez parler de digestions totales et partielle par des enzymes de restriction, alors c'est le fait de ne pas couper tous les sites présents en jouant sur la quantité d'enzyme et le temps de digestion. Sinon je ne vois pas.  [...]

[Biochimie] Preparation et analyse de plasmides

* Dans l'analyse par électrophorèse, tu vois des choses différentes en fonction de la conformation de ton ADN. Ainsi, dans le cas simple où on utilise de l'ADN linéaire (ton plasmide en morceaux après la digestion par les enzymes de restriction), plus c'est bas, plus c'est petit.  [...] donc, avant digestion, on regarde la tête de l'ADN *non digéré* sur gel. Après digestion, on compare. si notre ADN a la même tête, c'est FAIL. si on a des bandes qui correspondent à ce qu'on a calculé d'après les positions des sites de restrictions (les regexp), c'est PASS.  [...]

[Génétique] Plasmide

comment purifier le fragment linéaire apres amplification du plasmide pBR 322 dans escherichia coli et extraction de l'adn plasmidique.   [...] Lors de ta PCR t'as surement utilisé des amorces contenant des sites de restriction que tu dois utiliser donc voila tu commence par faire une digestion avec ces enzymes, tu dépose ensuite sur gel pour récuperer ton fragment, et ensuite tu purifie alors il existe plusieurs techniques de purfi pour des produits PCR recuperes à partir de gel.  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzymes de restriction sur plasmides- Digestion complète et incomplète

La digestion incomplète est une digestion qui n'est pas efficace sur l'ensemble des molécules du substrat. Exemple. la moitié des plasmides sont digérés, l'autre moitié est intécte. Elle se produit quand l'enzyme n'est pas bien dosée, qu'elle n'est pas très active, que la température ou le tampon ne sont pas bien ajustés,  [...] sachant que pCR-gai est un plasmide d'environ 5500 pb qui contient la séquence codante du gene GAI (1579 pb), et le nombre de sites de restriction de HindIII est 2 et EcoRI est 2 par molécule.  [...]

PCR, template et riz anti-alzheimer

- pour faire cela, on prend des amorces sens et anti-sens (type AB-5'-HindIII et AB-3'-XhoI, donc entourant le gène d'intéret) contenant des sites de restrictions et on fait une PCR.  [...] 2) Lors de la PCR, compte tenu des amorces, est-ce qu'on amplifie l'intégralité du gène APP ou juste ce qu'il y a entre les amorces, à savoir AB Pour moi, comme il y a dissociation des brin d'ADN, rien ne s'oppose à la réplication complète des deux brins... je me trompe.   [...]

[Biologie Moléculaire] Calcul de rendement

Bonjour. Voilà en ce moment je réalise des TP de biomoléculaire. On me demande de réaliser un calcul de rendement de purification des fragments obtenus lors d'une digestion. pCR-GAI digéré avec BamH1 et Hind III, 2 sites de restriction pour chaque enzyme.  [...] Je profite de topic pour vous demander autre chose. Je dois aussi réalisé une PCR. J'ai lu mon cours, le topic dessus sur Futura, mais je me demande quelque chose. Je dois faire un génotypage de plante, et je ne connais pas la concentration en ADN (donc en matrice).   [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage

J'ai besoin d'aide pour un clonage. Je dois cloner un fragment d'ADN génomique bactérien dans un plasmide. La stratégie choisie est de linéariser le vecteur par digestion enzymatique, de le purifier sur gel, de le déphosphoryler et de faire la ligation avec l'insert.  [...] J'imagine que tu dessines tes amorces en incluant les sites de restriction. Rajoutes-tu des nucléotides supplémentaires sur ces primers (les sites de restriction aiment bien être entourés pour une bonne digestion).  [...]

[Biologie Moléculaire] Réparation mutation, structure Holliday

La cartographie à l'aide d'enzymes de restriction est basée sur des sites de restriction sans variation, tandis que la cartographie à l'aide des RFLP est basée sur la variation des sites de restriction entre des chromosomes homologues.  [...] La plupart des cartes de restrictions sont de petite taille (haute résolution), même si l'on peut construire des cartes de grande taille à l'aide d'enzymes de restriction dont les sites de coupure sont rares.  [...]

[Biologie Moléculaire] polymorphisme/mutation???

Les SNP et RFLP, mais également mini- et micro-satellites sont des mutations touchant un nombre très restreint de nucléotides, entrainant donc les polymorphismes.   [...] Les RFLP (Restriction Fragments Lenth polymorphism) sont des SNP particuliers. Ils touchent des sites d'enzymes de restriction.  [...]

[Biologie Moléculaire] clonage en phase

Pour amplifier mon fragment OCI, je fais une PCR avec les amorces suivantes (aux quelles j'ai rajouté les sites d'enzymes de restriction car ils étaient absents de l'ORF).  [...] Je rejoins Piwi sur le fait que les enzymes de restriction sont des endonucléases. Allez faire un tour sur cette page pour voir quel est le nombre de nucléotides à ajouter avant vos sites de restriction pour que la réaction soit optimale.  [...]