• Forum - Site, Coupure, Séquence

[Biochimie] RFLP et application !

Tu as 2 allèles ayant au moins un nucléotide muté dans la séquence et qui se trouve avantageusement dans un site de coupure d'une enzyme de restriction, EcoR I si j'arrive à bien décrypter. Donc dans un cas, l'enzyme peut couper ce site, dans l'autre non.  [...] On distingue les allèles parce que leur séquences sont différente si bien qu'en coupant avec une enzyme qui coupe à certains sites on a toutes les chances d'avoir un nombre variable de coupures, ce qui génèrent des bandes de tailles différentes. Donc hétérozygotes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Lecture Sequence ADN et WB

Dois-je prendre pour fin de sequence le site de coupure (AATAA) ou le signal de polyadenylation (sequence).  [...] - Première question. si on considère que la première base du premier codon est A, on a alors. ACT TTC TAG et ACT TCT AGX (où X est A, G, T ou C). Dans la première séquence TAG est un codon stop, dans la deuxième séquence, le dernier codon commence par AG et aucun codon stop ne commence par AG donc il n'y en a pas.  [...]

[Biologie Moléculaire] enzyme de restriction

Il existe une site de restriction cryptique dans votre séquence. Il n'est pas absolument le site de restriction mais est pourtant reconnu par l'enzyme. Ce serait quand même étonnant que l'efficacité de coupure soit grande.  [...] Effectivement, j'ai regardé un possible site cryptique, mais la séquence concernée est l'exon 20 du gène CFTR, et qui est très étudiée, et je n'ai rien trouvé dans la littérature à ce sujet.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage par PCR taille des amorces

Une question simple. j'aimerais cloner un gène dans un vecteur pENTR. J'ai la séquence codante de ce gène dans un autre plasmide, je compte donc l'amplifier par PCR en rajoutant des sites de restrictions en 5' et 3' qui me permettront ensuite de le mettre facilement dans mon pENTR d'intérêt.  [...] Je me demandais donc la taille que devait faire mes amorces de PCR, et si je dois prévoir quelques bases entre le début (et la fin) de ma séquence codante et mon site de restriction. Car je me demandais si en juxtaposant les 2 sans rien ajouter entre, est ce que la coupure/ligation ne va pas endommager ma séquence codante.  [...]

Enzyme de restriction

Les enzymes de restriction Bam HI et Pst I clivent respectivement les séquences suivantes. 5' G-GATCC 3' et 5' CTGCA-G 3' (- indique le lieu de coupure).  [...] La seule lecture possible est 3'G-5' car j'ai bien un 3'OH lié à la coupure. La séquence 5'GATCC-3' ne peut être lue car le site de coupure correspond à un 5' phosphate.  [...]

Carte de restriction

Disons que l'enz 1 coupe aux deux extremités et le site de restriction sur lequel va agir une enz2 soit formé soit aboli va se trouver au milieu, d'apres ce que j'ai compris, si le site est aboli= pas de coupure au milieu par l'enz2 et nous aurons juste les coupures aux extremités par l'enz1 ce qui va former un seul fragment, maintenant si on l'hybride avec une sonde, qui s'hybride avec la partie vers le milieu de le séquence on aura logiquement un seul trait dans l'electrophorse non vu que la sonde va s'hybrider avec le fragment.  [...] En gros (sauf dans des cas particuliers qui ne te concerne pas je pense), une electrophorese classique te permet de visualiser tous les fragment d'ADN (ta sonde ne sert à rien car elle ne se fixe sur rien). Un Southern blot te permet grâce à une sonde de visualiser uniquement des fragments ayant une séquence complémentaire à ta sonde (là, ta sonde est utile).  [...]

[Biochimie] Enzymes de restriction pour détecter les mutations

Il me semble voir la confusion que tu as faite. ATTENTION. il faut que tu prennes en compte la séquence de coupure de l'enzyme EN ENTIER. Ce sont des séquences spécifiques que reconnaissent ces enzymes. Un alignement GAG ou TAG ne suffit pas pour ces enzymes.  [...] enz3. CACGAG. même résonnement la séquence du gène non muté est G AC GAG, il n'y a pas de reconnaissance du site donc pas de coupure.  [...]

[Biochimie] Est-il possible de réaliser le séquençage des acides aminés impliqués dans des interactions

Je voulais savoir si il était possible de séquencer les acides aminés de la protéine qui peuvent interagir avec l'héparine.  [...] On pourrait récupérer cette fraction, la caractériser par spectro de masse, et, connaissant la séquence de la protéine et donc les sites de coupure enzymatiques, déterminer la séquence du fragment en question.  [...]

Problème RT-PCR sur cDNA

Par la façon dont tu exposes ton problème, j'ai l'impression que tu ne connais pas la structure exacte intron/exon de ton gène... J'imagine que c'est pour ça que tu séquences le cDNA. Une chose est sûre. entre les prédictions des sites d'épissages et une preuve biologique (ADNc séquencé), c'est la preuve biologique qui gagne.  [...] si je comprends bien, tu as séquencé l'ADNc normal correspondant à la prédiction de la structure du gène et des ADNc qui sont presque pareils mais avec des glissements des sites d'épissage ce qui laisse une trace d'intron entre les 2 exons attendus.  [...]

[Biologie Moléculaire] Site de coupure à la TEV protease

J'ai une question très simple. Est il possible qu'un site de coupure à la TEV se 'coupe tout seul' c'est à dire que la protéine de fusion se sépare A quoi cela peut il être du.  [...] pour répondre a ta premiere question, tout depend d'ou se situe le site de coupure. S'il est entre deux domaines protéiques, alors il y a souvent des clivages de protéases.  [...]