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[Génétique] Arbre phylogénétique avec hétérozygotes

Je vous expose ici mon problème. Je souhaite réaliser un arbre phylogenetique de mes sequences d'ADN de poulpe. Je travail avec le chromosome 17, des séquences ont montres que j'avais des individus hétérozygotes qui possedaient une insertion de 7 nucléotides de plus sur un des chromosomes.  [...] Quand je fait l'arbre (avec ClustalW, Genious, Paup*, Bioedit, MrBaye liste non exhaustive) les séquences qui représentent les hétérozygotes se trouvent une en C et l'autre en L. Comment je fais pour que le programme me couple ces séquences et que cela représentent un seul individu et non deux comme ce que les programmes me font.  [...]

Notion d'évolution...

J'ai pas bien compris l'explication de Kinette, alors je donne ma réponse c'est peut etre de la paraphrase (). Si tu as 2 séquences protéique, aucune n'est la descendante de l'autre. toute deux partagent un ancêtre commun dont la séquence est inconnue (pas de fossile ).  [...] Absolument. Pour l'anedocte, au milieu des années 90 quand on commencait a avoir pas mal de séquences de gènes de procaryotes, un américain, Mr Gupta, avait eu l'idée d'utiliser ces délétions/insertions dans les séquences protéiques pour reconstruire l'évolution de ces microbes.  [...]

[Evolution] Que veut dire "plus évolué" ?

ce n'est pas exactement la conclusion de l'article il me semble, mais en général on le fait en incorporant à l'étude un groupe externe c'est-à-dire une ou des séquences appartenant à un animal qui n'est pas dans l'arbre homme/chimpanzé. Ici ils ont pris des séquences de macaque.  [...] Si la séquence humaine est significativement plus proche de la séquence macaque que la séquence chimpanzé, on peut dire que l'évolution a été plus rapide chez le chimpanzé. Mais il faut regarder gène par gène. Je ne sais pas si on peut tirer ce genre de conclusion à l'échelle du génome entier.  [...]

[Evolution] Arbre phylogenétique

Un arbre phylogénique consiste à comparer différentes séquences soient géniques soient peptidiques. Le logiciel va tenter d'aligner les séquences de manière à obtenir le maximum d'homologie possible. En fonction du % de la séquence qui est homologue à une autre (suite à cet alignement optimal), la branche d'arbre sera plus ou moins éloignée.  [...] Sur les arbres (les plus clairs à mon sens sont les circulaires) tu peux ainsi voir qu'elles sont les séquences les plus proches des autres en structure et donc probablement les plus proches en terme de différenciation phylogénique au cours du temps.  [...]

Créer un arbre phylogénique

Un arbre phylogénétique. Il y a pas mal de méthode mais il te faut des séquences protéiques ou nucléotidiques...Tu peux alors utiliser l'UPGMA, ou bien encore le Neighbour Joining.  [...] La réponse de Vinc est utile si tu disposes des informations nécessaires, comparaison de séquences d'a.n. ou d'a.a. mais est-ce ton cas.  [...]

[Biochimie] l'évolution de l'espèce

Christian de Duve. Évidemment. Mais les similitudes sont tellement proches qu'elles prouvent clairement la descendance des gènes * et donc de leurs propriétaires * à partir d'une forme ancestrale unique.   [...] En somme, pour être simpliste (car c'est très compliqué), on peut retrouver les similitudes dans les séquences de gènes comme preuves de la parenté commune et les différences permettent de recréer l'arbre généalogique.  [...]

[Microbiologie] présentation orale : arbre phylogénétique

Tu ne peux pas aller tellement plus loin, c'est un arbre non enraciné donc on ne peut pas ordonner les événements de divergence dans le temps (tu ne peux pas dire que Plesiomonas a divergé de tel groupe avant ou après tel autre groupe par exemple).  [...] Vous voulez dire quoi par une arbre non enracinné cette arbre est une Arbre phylogénétique issu d'une analyse comparative entre les séquences d'ADN de déférentes bactéries de la famille Enterobacteriaceae.  [...]

[Evolution] Réseaux phylogénétiques

Leur théorème de décomposition est un premier résultat (déjà présent dans l'article de 2005). ils laissent de côté leur objectif de minimiser le nombre de réticulations, et montrent qu'alors ils peuvent construire un réseau où les séquences qui sont compatibles localement avec un arbre (et seulement celles-ci), peuvent en effet être regroupées dans des parties arborées d'un réseau phylogénétique, et le reste (les composantes connexes de G(M), selon leurs notations) arrive dans les parties réticulées du réseau, où les branches s'entrecroisent.  [...] Leur second grand résultat, qui est une conjecture dans leur papier de 2005 (qui est fausse, finalement) est de répondre à la question. est-ce qu'un réseau que j'ai ainsi construit (qu'ils appellent fully decomposed network ), où les séquences compatibles localement avec un arbre, et seulement celles-ci, arrivent effectivement dans des parties arborées, a un nombre de réticulation minimal La réponse est non, ils exhibent un contrexemple.  [...]

[Evolution] Phylogénie et méthodes probabilistes

En gros, si quelqu'un pouvait m'expliquer ce qui se passe entre le moment où on a nos séquences d'ADN et celui où on arrive à la conception de notre arbre phylogénétique, ce serait parfait.  [...] Ensuite, à partir de cette matrice, on construit un arbre phylogénétique basé sur les liens de parenté entre ces espèces, d'après un élément de comparaison (ici un gène). Pour le construire, le principe est simple. plus le pourcentage de différences entre 2 espèces est faible, plus ces espèces sont proches sur l'arbre.  [...]

[Génétique] Questions d'approfondissement diverses et variées

* Autre question un peu bizarre. il semblerait que l'orientation des séquences chi d'E. coli soit contrainte par rapport à l'ORI. Je ne comprends pas trop. les séquences chi sont indispensables à la recombinaison homologue assurée par recABCD, mais encore.  [...] Il existe, dans Phylip, le programme FITCH utilisant cette méthode. FITCH donne un arbre où la longueur des branches n'est pas proportionnelle au temps écoulé et la racine n'est pas localisée dans l'arbre.  [...]