• Forum - Séquences, PC, Alignement, Site Internet

[Biologie Moléculaire] cartographie in silico

tu pourrais peut etre tout d'abord faire un alignement entre tes EST et le genome du riz, ca t'indiquerait ou ils se situent sur le chr, et surtout s'ils sont uniques ou pas.  [...] Justement à propos de ça, est-ce que je dois télécharger le génome du riz en séquences sur mon pc et faire l'alignement avec un logiciel donné ou alors c'est faisable sur un site internet.  [...]

Logiciel en biologie

Comme logiciel d'alignement de séquences nucléotidiques il y a matcher qui est vraiment bien je trouve. Il est sur le site de l'Institut Pasteur.  [...] Pour les alignements de séquences je te conseille quand même soit clustalw pour les alignements multiples soit align pour les aligments par paire (deux séquences).  [...]

[Biologie Moléculaire] kinase

Plutot difficile. A moins de connaitre le site de phosphorylation, tu peux determiner les kinases candidates avec les amino acid environnant (et ca n'est deja pas tres evident..). Sinon, tu peux toujours tenter un alignement des sequences connues des differents organismes et voir les domaines conservés.  [...] Sinon, tu peux toujours tenter un alignement des sequences connues des differents organismes et voir les domaines conservés. Avec de la chance (pas mal meme), tu pourrais determiner les S, T, Y potentiellements phosphorylables.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

RN. au cas ou le gène auraient été séquencé plusieur fois (ex. projet génome) c'est le numéros pour chaques publications impliquées avec a chaque fois RL, RA, RX.  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]

[Génétique] désignaion d'amorces pour une qpcr

dans ce cas, si c'est vraiment infaisable (faut aligner toutes les séquences pour voir si on a quelques chances de poser des amorces) on peut faire des PCR multiplex (avec des pools d'amorces) mais la mise au point est du coup beaucoup plus complexe (notamment l'efficacité a prendre en compte).  [...] en fait j'ai fait l'alignement des séquences nucléotidiques que j'ai identifiées par des PCR et j'ai trouvé que certains sites pourraient correspondre à des A ou des T ou à des G ou des C donc je me suis proposée de faire des amorces dégénérées avec des W ou des S avec un meme Tm pour toutes les amorces (60°C).  [...]

[Biologie Moléculaire] A Propos De BioEdit !

Je Voulais savoir comment pourrais-je visualiser les sites d'hybridation des amorces après alignement des séquences grâce au logiciel Bioedit.  [...] Si j'ai bien compris ce que tu demandes, il te suffit d'aligner la séquences de tes amorces (ou le reverse complément) avec les séquences et tu auras le site d'hybridation.  [...]

obtension d'une séquence consensus..comment?

je m'interesse à la construction d'une séquence consensus à partir de l'alignement de 6 séquences nucléotidiques. J'ai utilisé le CLC sequence viewer ainsi que Jalview mais il y a des positions où le logiciel ne peut pas trancher et met un point. Je trouve pas mal de fois que 50% des séquences ont le nucléotide C et 50% ont le T par exemple.  [...] Mais juste une question, est il possible de mettre une telle séquence avec des points ou des 'N' dans un manuscrit peut on trouver de telles séquences dans un article par exemple.  [...]

[Evolution] Construction d'un arbre phylogénétique

Pour répondre à votre question, il vous manque une étape cruciale lors d'un reconstruction phylogénétique. l'alignement de séquences.  [...] L'alignement a pour principe de retrouver les positions homologues entre des séquences (c'est à une position de la séquence ancestrale transmis par ascendance commune aux séquences filles). Donc, il faut ensuite avoir un bon échantillons de séquences homologues pas trop proches (pas assez d'informations) et pas trop éloignées (alignement trop difficile) qui sera aligner puis traiter lors de la reconstruction.  [...]

[Génétique] Terme scientifique pour comparaison des séquences d'ADN

Donc, quel est le terme scientifique permettant de définir l'action de comparer des séquence d'ADN Avec plusieurs mots clef, je n'ai trouvé nul part un site ou une vidéo ou un magasine donnant un terme spécifique.  [...] Vu que la question vient directement apres celle sur le sequencage et juste avant une question sur les limitations, on pourrait aussi parler de contig plutot que d' alignement de sequence.  [...]

[Evolution] [Proteomique] Logiciel d'alignement de sequences proteiques

Je suis a la recherche d'un logiciel type Clustal pour realiser des alignements de sequences d'acides amines dans le but de tracer des arbres evolutifs. Malheureusement les sequences que je possede sont en txt et pas en FASTA ou autre.  [...] Dans le pire des cas, tu peux toi-même transformer tes séquences en Fasta, il suffit pour cela d'ajouter sur la première ligne le signe. suivi de ce que tu veux et ta séquences doit débuter sur la ligne suivante.  [...]