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Variation/mutation

Dans mon cours, on définit la variation comme ''la différence entre la séquence d'un génome de référence et la séquence d'un individu de la même espèce''. Je sais que tout les individus d'une espèce présentent normalement les mêmes gènes (et donc le même génome), mais on diffère tous par nos allèles non Et je pensais que les allèles A et B d'un même gène différait dans leurs constitutions nucléotidiques.  [...] Ce qu'on appelle génome de référence c'est juste un assemblage de séquences, ça ne correspond pas forcément à un individu particulier. Son rôle est justement d'être une référence à laquelle comparer des séquences issues d'autres individus de la même espèce, voire d'autres espèces.  [...]

Les Switch dans l'ADN du vivant.

Un poisson, un singe, un mouton, un homme nous avons tous le même patrimoine génétique. Ce qui diffère, ce sont des switch qui interfèrent pour développer des nageoires, des bras, des jambes suivant l'espèce. En manipulant ses Switch on peut par exemple arriver à modifier la couleur des ailes d'un papillon etc….  [...] il y a aussi de la variation dans les séquences codantes. Peut-être qu'entre espèces éloignées, comme un poisson et un mouton ce sont les switches (i.e. la régulation de l'expression des gènes) qui font l'essentiel de la différence, mais entre individus de la même espèce le polymorphisme des gènes domine (du moins c'est ce que je devine).  [...]

[ADN] Empreintes génétiques.

Pour le génome humain en théorie il faudrait séquencer le génome entier, mais il y a beaucoup plus de lettres que dans une plaque d'immatriculation, donc à partir d'une certaine longueur, la probabilité d'avoir deux fois la même séquence (si c'est une séquence) est très faible (mais elle n'est jamais nulle).  [...] Pour calculer précisément cette probabilité, il faut connaître le taux de polymorphisme des marqueurs utilisés. Ce n'est pas simple, ça dépend des zones du génome, et de toutes façons ce n'est pas connu avec précision. Par exemple il y a des séquences qui sont considérées comme fixées dans l'espèce humaine (elles n'ont aucun variant connu) mais ça peut être parce qu'on ne les a pas pour suffisamment d'individus.  [...]

[Génétique] Théorie sur les séquences d'ADN non géniques

On sait que lorsqu'on se reproduit (sans rentrer dans les détails), ont lieue des mutations qui dans de très rares cas peuvent être bénéfiques et contribuer à l'évolution de l'espèce sous certaines conditions. Le reste des mutations a une conséquence phénotypique soit neutre, soit mauvaise.  [...] Ainsi on se retrouve avec très peu de morts résultant de mutations (mais malheureusement encore moins qui ont une mutation bénéfique mais c'est le prix à payer pour avoir des enfants viables), l'espèce peut donc ainsi survivre avec quelques morts de temps en temps lorsqu'une mutation maléfique toucheraient des séquences géniques par malchance et quelques très rares individus qui ont par chance eu une mutation, sur un gène, aux conséquences phénotypiques bénéfiques pour lui et donc son espèce.  [...]

[Biochimie] Protéines interchangeables

Si tu veux une réponse simpliste, pour certaines protéines (à tout hasard, des anticorps, ou même la fameuse albumine), des échanges inter-individus voire même inter-espèces sont possibles. Attention, je n'ai pas dit que les protéines avaient une structure primaire 100% identique, mais du point de vue fonctionnel et immunitaire, ça passe.  [...] De même, d'un point de vue génomique, certaines séquences sont entièrement conservées entre les individus (et même parfois entre les espèces). Donc oui, il est possible que tu sois porteur du même allèle que ton voisin pour un gène donné. Le diagnostic génétique des maladies monogéniques repose sur ce constat.  [...]

[Génétique] Arbre phylogénétique avec hétérozygotes

Je vous expose ici mon problème. Je souhaite réaliser un arbre phylogenetique de mes sequences d'ADN de poulpe. Je travail avec le chromosome 17, des séquences ont montres que j'avais des individus hétérozygotes qui possedaient une insertion de 7 nucléotides de plus sur un des chromosomes.  [...] le problème c'est que quand je rentre mes séquences, les séquences des individus hétérozygotes se trouvent très séparées. explication j'ai une séquence C (pour courte) et une séquence L (longue). la séquence C représente les individus des populations d'Europe et la L représente les individus des Caraïbes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de primers, microsatellites, NGS

Pour la petite histoire, le laboratoire pour lequel je travaille a décidé de développer des outils microsatellites pour 10 espèces d'invertébrés marins non-modèle par une approche New Generation Sequencing. A partir d'un échantillon unique d'ADN pour chaque espèce, ils ont screener le génome entier à la recherche de séquences microsatellites pour ensuite designer des primers.  [...] Nous avons donc maintenant en notre possession pour chaque espèce, un fichier général contenant les séquences enrichies en SSR (FASTA), un fichier contenant les séquences uniques (FASTA) et un dernier contenant les primers designers par défaut (FASTA).  [...]

[Génétique] Séquençage du génome humain

Tous les humains ont des séquences de gène uniques, donc les données publiées par le PGH ne représentent pas la séquence exacte du génome individuel de chaque individu. C'est le génome combiné d'un petit nombre de donneurs anonymes. Le génome du PGH est un échafaudage pour un futur travail consistant à identifier les différences entre les individus.  [...] La plus grande partie du travail actuel pour identifier les différences entre les individus concerne des polymorphismes nucléotidiques simples.  [...]

barrière des espèces

mais les humains ne semble pas percevoir cette montruausité, puisqu'ils sauvent ses hybrides de leur mort certainne... nous avons donc en ce qui concerne la determination du coté normal d'un individu en dehors de notre espèce, une véritable incapacité de jugement.  [...] ainsi, comment ne pas voir dans les OGMs des individus monstrueux que nous se somme pas a même de percevoir, mais quand est-il des insectes, et du reste de la nature.  [...]

Quelques questions ...

au sujet du degré de parenté au niveau moléculaire, il me semble qu'il suffit de comparer les séquences d'ADN et de calculer le pourcentage de différences entre deux individus.  [...] 2 Pour déterminer le degré de parenté à l'aide de donnée moléculaire il faut choisir une molécule présente chez tous les individus étudié, puis on dresse un tableau de différence ( en pourcentage d'acide aminé ou d'acide nucléique différent) moin le pour centage est élevé plus les espèce sont proches.  [...]