• Forum - Séquences, Fragments, ADN

[Génétique] Sequençage à haut débit

Les techniques de séquençage modernes séquencent le génome en parallèle. Comme tu l'as dit, le génome est fragmenté, puis tous ces fragments vont être séquençés en parallèle. L'intérêt d'amplifier l'ADN, c'est par exemple si tu veux séquencer un très petite quantité d'ADN.  [...] Si tu séquences une petite quantité (disons, une cellule), tu ne pourras pas assembler les fragments de ton génome après coup... Pour pouvoir assembler les fragments, ils faut un overlap entre les fragments. Tu as donc besoin d'amplifier ton set d'ADN de départ afin de pouvoir avoir un overlap par la suite et réassembler ton génome.  [...]

[Génétique] ADN: transcription, traduction et biotechnologie

Pour ton problème 2 je crois que la transcription de 3' vers 5' n'existe pas c'est de 5' vers 3'. D'où en supprimant la région 5' du gène tu supprimes la séquence promotrice contenant la TATA box (classiquement) pour la fixation des facteurs généraux de la transcription et de l'ARN polymérase II ainsi que des éléments CIS modulateurs pour réguler la transcription.  [...] Quand aux autres problèmes je ne peux pas t'aider. Néanmoins ce que je sais pour ton problème 1 c'est que les séquence des télomères diminuent à chaque réplication puisqu'il faut un 3' saillant. La télomérase est une enzyme utilisée pour le rallongement des télomères, activée pour les cellules souches mais pas pour les cellules somatiques.  [...]

[Génétique] Différences recombinaison homologue/illégitime

J'ai toujours pensé que la recombinaison homologue se faisait par reconnaissance d'une (ou deux) séquences spécifique entre les deux fragments d'ADN en jeu.  [...] Un double évènement de recombinaison homologue c'est bien comme une simple recombinaison mais effectuée deux fois. Ce dont je ne suis vraiment pas sure c'est qu'il faille deux séquences semblables pour les deux évènements (regarde ICI ). En fait je ne vois pas ce qui conduirait à une telle contrainte.  [...]

anticorps

Le contact Ag avec l'Ig du BCR entraîne des modifications sur le gène IgH des cellules lymphoïdes B naïves. Un processus d'hypermutation somatique, correspondant à quelques mutations ponctuelles, aboutit à la modification de quelques codons (codent pour quelques aminoacides différents, principalement sur les régions CDR1 et 2).   [...] En fait comme l'explique mantos, il y a en fait des fragments de gènes qui vont se recombiner par excision des séquences d'ADN entre les fragments sélectionnés. Au niveau de la zone de ligature des fragments, il y a un mécanisme qui permet qu'elle ne soit pas réalisée excactement de la même façon, avec même un possible décalage du cadre de lecture (pour un chromosome, sacahnt qu'on a deux chaines et trois fragments à assembler ça fait relativement peu d'anticorps fonctionnels par décalage du cadre de lecture, en fait la cellule dispose d'une deuxième chance avec le chromosome homolgue si ça échoue), c'est l'explication de l'existence des régions hypervariables.  [...]

Question idiote sur le génôme humain

En gros (et vraiment très gros). on tire dans le tas (tas d'ADN) et on séquence les fragments. ensuite avec des programmes, on aligne les fragments et superpose les régions identiques afin de reconstituer la frise.  [...] Le génome dans son entièreté est fractionné au hasard pour obtenir des plus petits morceaux. Comme au départ on a plusieurs molécules d'ADN équivalente, on obtient, après digestion, des fragments dont les séquences peuvent se superposer. Le séquençage est donc redondant.  [...]

Besoin que l'on eclaire ma lanterne en Génetique

En amplifiant par PCR, on obtient alors une série de fragments. Comme les sites de fixations sont variables entre les individus, la longueur des fragments va aussi varier. L'étape finale est l'électrophorèse de ces fragments, qui permet d'obtenir une empreinte spécifique du génome.  [...] Ensuite les aux extrémités des fragments d'ADN obtenus on fixe des séquences cibles. Il ne reste plus qu'à faire une PCR en utilisant des amorces complémentaires des séquences cible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Réplication de l'ADN

En ce qui concerne le brin discontinu, comme je l'ai dit plus haut, la synthèse se fait par petites portions de nucléotides càd que plusieurs amorces sont synthétisées et l'ADN pol III commence l'élongation. Ces petites portions constituées d'ARN et de petites séquences d'ADN constituent les fragments d'okazaki.  [...] Ensuite, l'ADN pol I enlève les ribonucléotides et les remplacent par des désoxyribonucléotides et l'ADN ligase relie tous les fragments d'okazaki en un brin continu.  [...]

[Biochimie] Sequençage de l'ADN

Une autre astuce de la technique est que l'ADN à séquencé est clivé en petits fragments (une vingtaine de pb) qui vont être chacun fixés sur une plaque couverte de séquences fixant les séquences adaptatrices. Arpès amplification on a donc des spots sur la plaque formés par les amplicons issu d'un brin initial.  [...] Ce sont ces clones (si l'on peut dire) qui permettent de générer un spot de fluorescence qui sera détecté à chaque étape de polymération. Cette stratégie permet de séquencer en parallèle plusieurs régions de l'ADN. Ensuite, une fois tous les fragments séquencés, on reconstitue le brin d'ADN initial par informatique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sens de lecture de l'adn...

Le fait que les 2 brins de l'ADN soient anti-parallèles pose un problème à l'ADN-polymérase car, si elle se déplace dans le bon sens pour un brin, elle se déplace dans le mauvais sens pour recopier l'autre, ce qui oblige à des acrobaties complexes pour recopier ce brin par petits bouts dans le bon sens (fragments d'Okasaki).  [...] la synthese a lieu dans le sens 5' -. 3' donc sur le brin 3' 5' il n'y aura pas de pb, mais sur l'autre brin il va y avoir une synthèse discontinue et on aura ce qu'on appelle des fragments d'Okasaki, les séquences entre les fragments vont être transcrites elles aussi,puis seront reliés par l'ADN ligase.  [...]

Questions en vrac sur la génétique

1 ) On a vu qu'entre les gènes il y avait de l'ADN qui ne sert ( autant que nous sachions ) à rien. Mais on a vu aussi l'existence de pseudogènes, qui sont des fragments d'ADN de structure homologue à celle d'un gène mais qui ne sont pas fonctionnels.  [...] l'adn non codant peut avoir plusieurs origines. Par exemple, ce peut être des transposons (il me semble que jusqu'à la moitié de notre génome en est constitué), qui sont des fragments d'adn très particuliers, dont certains ressemblent à des séquences virales (et d'autres non), qui sont capable de se copier-coller ou couper-coller dans le génôme.  [...]