• Forum - Séquence, Requête, Cadres, Lecture, Base de données

BLAST x

De BLAST x, je sais qu'il traduit notre séquence requête dans les 6 cadres de lecture avant de les comparer à la base de données.  [...] 1 ère question. pour travailler sur les 6 cadres ouverts de lecture, BLAST recréé le brin complémentaire de la séquence requête.  [...]

[Biologie Moléculaire] traduction et mutation

1) indiquez les acides aminés codés à partir de la séquence d'ARNm indiquée ci dessous dans les trois cadres de lecture de cette séquence. Si ou vous disait que ce segment est situé au milieu de l'ARNm qui code pour une grande proteine,sauriez vous quel cadre de lecture est utilisé réelement comment 5' AGUCUAGGCACUGA 3'.  [...] 1) indiquez les acides aminés codés à partir de la séquence d'ARNm indiquée ci dessous dans les trois cadres de lecture de cette séquence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Traduction et transcription

c'est quoi parce que je serai capable de donner les acides aminés codés (j'ai un tableau dans mon manuel), mais je vois pas ce qu'ils entendent par un cadre de lecture.  [...] Il y a cet outil qui traduit automatiquement les séquences d'ADN et d'ARN en protéines. Très simple d'utilisation, vous remarquerez qu'il donne 6 cadres de lecture car il lit les séquences dans les deux sens.  [...]

[Génétique] Brin transcrit

Salut, les codons stop ne posent problème que si ils sont dans la même phase de lecture que ton codon start, cela ne semble pas être le cas pour le brin du dessous.  [...] Il y a en tout 2 x 3 cadres de lecture à regarder (3 cadres par brin). Le ou les cadres qui ne contiennent pas de codon STOP (TAA, TAG, TGA) sont probablement les bons (car il s'agit que du DEBUT de la séquence du gène).  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

Tout cela pour dire que la notion de séquence codante ne se superpose pas parfaitement avec la notion de cadre de lecture.  [...] Pareil pour Piwi, dans ton exemple ce n'est pas vrai, on a toujours trois cadres de lecture possibles, meme si le deuxieme commence par un stop c'est un cadre de lecture possible, il commence juste apres le codon stop...non seulement on a 3 cadres de lecture possible, mais en plus on a aussi 3 ORF potentielles (on en a meme 6 si on considere le brin revese qui est ouvert dans les 3 phases lui aussi).  [...]

[Biochimie] Diverse question

l'indice d'iode est lié a la présence d'insaturations. Vous avez dans votre liste un saturé, un monoinsaturé, un bi insaturé et un tri insaturé. qui est qui et quelle est la conséquence pour l'indice d'iode.  [...] Ce que propose Flyingbike est une bonne possibilité. On peut aussi avoir comme information les gènes codant ces protéines. Dans ce cas on peut déduire quels sont les cadres de lecture les plus longs, et de là traduire la séquence d'ADN en séquence protéique.  [...]

cadres de lecture et codon start

une question me trotte dans la tête depuis qq jours. comment est-il possible de lire une séquence d'adn suivant les différents cadres de lecture... ce que je veux dire c'est qu'il faut obligatoirement un codon start pour que la transcription puisse démarrer, donc il faudrait qu'en se décalant d'un cadre (soit d'un seul nucléotide) on retombe sur un codon start a chaque fois, a partir d'un codon start (je parle pour amorcer)...comment est-ce possible.  [...] en fait, ce que j'imaginais, c'est que la lecture selon n'importe quel des cadres impliquait qu'on ait une séquence telle que l'enchainement de codons comporte start-start-start-puis d'autres codons pour des acides aminés. mais d'après ton exemple de séquence, ça me parait bien compliqué à réaliser, et peut-être n'est-ce même pas possible du fait du code génétique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gène GH-25

- sur ton schéma, il ne s'agit pas de gènes à proprement parlé, mais de ce qu'on appelle des cadres de lecture ouverte (open reading frame), qui correspondent en fait à la séquence de l'ADN transcrit qui sera potentiellement codé en protéine (ou en peptide) et qui commence par le codon d'initiation.  [...] C'est souvent des outils bioinformatiques qui permettent d'identifier ces cadres de lectures ouvertes, qui donnent ensuite la possibilité aux scientifiques d'identifier des séquences codantes dans les génomes.  [...]

DNA-strider et gène?

Je sais que les 6 bandes sont les 6 cadres de lecture possible (3 dans chaque sens). Les barres sont les codons stop, et les demi barres sont les codons ATG.  [...] Je veux dire, pour les cadres de lecture -1, -2, -3, ils ont chacun leurs propres exons potentiels. Mais lequel de ces cadres représente la vraie partie codante Faut-il superposer ces trois cadres de lecture (-1, -2, -3) Ainsi, on aurait tous les exons potentiels du gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] ADN et ATG

Juste pour confirmation, je suis face a une sequence d'ADNc et une sequence proteique donc pour savoir parmi les ATG lequel est celui d'initiation de la traduction je regarde si les nucleotides apres le ATG ( sur sequence d'ADNc) codent pour l'Acide aminé suivant la Methionine de départ(sur sequzence proteique).  [...] Si la séquence est grande, tu peux aussi utiliser ExPASy translate tool qui va te sortir tous les cadres de lectures. Les codons stop et les Met te sautent aux yeux et le bon cadre aussi du coup ^_^.  [...]