• Forum - Séquence, Protéine, Intérêt

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

En gros, la séquence d'ADN codant pour la protéine d'intérêt est fusionnée à une séquence signal (GST), puis des levures sont transfectées par le plasmide. Donc production de la protéine correctement modifiée et conformée (la protéine d'origine provient de la levure).  [...] Ils purifient ensuite la protéine d'intérêt (grâce à la séquence GST). Sur les 1152 protéines différentes produites en même temps par cette méthode, ils en sélectionne aléatoirement 60 pour les tester par WB (afin de vérifier l'expression de la protéine d'intérêt).  [...]

[Biologie Cellulaire] Fusion transcriptionnelle et traductionnelle

La fusion traductionnelle consiste en la fabrication d'une protéine hybride, c'est-à-dire que tu as la construction génétique suivante [promoteur du gène d'intérêt]-[5'UTR]-ATG-séquence codante 1-séquence codante 2-STOP-[3'UTR et terminateur de transcription].  [...] Après traduction tu auras ta protéine d'intérêt (celle codée par la séquence codante 1) + une protéine codée par un gène rapporteur, comme la GFP.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gène Rapporteur

Si on garde une partie du gène, ce sera plus pour voir le positionnement de la protéine du gène. Au début du gène, il y a des séquences indiquant où doit aller ensuite la protéine, les fameuses séquences signal. Ainsi on pourra voir si la protéine va en surface de la paroi, à l'intérieur reste à l'intérieur, etc.  [...] si je comprends bien, si l'on veut connaitre la localisation de la protéine d'intérêt avec une séquence régulatrice(recombinaison homologue), il faut forcément que le transgène possède une séquence d 'ADN de localisation (ex.NLS qui soit identique à la séquence d'ADN de localisation de la protéine d'intérêt) et le gène rapporteur.  [...]

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

Par exemple. les sites de fixation d'une protéine. Si il est établie qu'une protéine peut se fixer sur plusieurs séquences d'ADN différentes mais proches, il est possible d'écrire une séquence type. Ainsi, si l'on veut savoir si nos séquences d'intérêt possède le site de fixation pour cette protéine, c'est une séquence consensus que l'on cherche.  [...] Xylem, la séquence dite Shine-Dalgarno est un motif ARN reconnu par l'ARN16s du ribosome chez les procaryotes. Elle participe donc à l'initiation de la TRADUCTION pour de nombreux gènes bactériens.  [...]

Technique pour intégrer une protéine chimère dans la membrane externe?

Je cherche à savoir s'il est possible, à partir de la séquence nucléotidique d'une protéine d'intérêt ( possédant les carractéristiques membranaire ), d'ajouter une séquence tag, lui permettant d'être intégrée à la membrane extracellulaire, et si oui, comment gérer son orientation d'intégration.  [...] Oui je pense que c'est possible. Il suffit de lui mettre une bonne séquence d'adressage en Nt. Pour l'orientation il me semble que ca va dépendre beaucoup du nombre de segment TM que possède ta protéine. Mais le mieux serait de lui mettre les signaux provenant d'une protéine qui à l'orientation que tu désires.  [...]

Transgene / Protéine Recombinante

Je ne comprends pas si on séquence d'abord le génome de notre organisme possédant le gène d'intérêt, pour par la suite attribuer à chaque gène une fonction et donc savoir que tel gène code pour tel protéine et ainsi à partir de la repérer notre gène d'intérêt. (Ma phrase est un peu longue désolé ).  [...] Généralement ce qu'on fait c'est qu'on séquence le génome et on repère des séquences d'intérêt (c'est-à-dire des séquences pouvant potentiellement coder des protéines). Ensuite à partir de ça on peut éventuellement prédire la fonction de la protéine qui sera produite (sur la base de comparaisons avec d'autres séquences ADN proches et de la structure tertiaire).  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse d'une séquence protéique

Je recherche des sites ou logiciels qui permettent de prédire à partir de la séquence de ma protéine d'intérêt, la présence de domaines de liaisons à des protéines régulatrices, des motifs particuliers, des sites de phosphorylation...etc.  [...] Celà va comparer ta séquence protéique a une multitude d'autres séquences contenues dans des bases de données, et donc te sortir les résultats les plus proches de ta séquence. Cet outil permet également d'annoter des séquences en déterminant des séquences d'intérêt (dont les domaines protéiques).  [...]

[Biologie Moléculaire] augmentation du taux d'ARN mais non celui de la protéine

As tu pensé que ta protèÏne était peut-être couplée à une une autre protéïne ou à un inhibiteur au niveau du site de reconnaissance par l'anticorps. La simplicité est souvent la bonne explication, par contre il serait étonnant que ton IHC marche.  [...] Je viens de parcourir le topic rapidement. Au vu des différentes réactions que tu as (taux d'ARN augmenté, IHC OK et WB rien), ilo me semble que cela vienne de la dénaturation de ta protéine en WB. Ton anticorps primaire est-il un anticorps dirigé contre la séquence de ta protéine d'intérêt ou un anticorps séquentiel.  [...]

[Immunologie] Fixation pour immonofluorescence

Par contre ils restent visibles dans les cellules transfectées avec les plasmides contenant mes gènes d'intérets. J'ai peur que les méthodes de fixations utilisées n'entrainent une relocalisation cellulaire de mes protéines.  [...] Le plasmide vide signifie qu'il n'y a que la GFP. Donc la GFP est exprimée seule, pas en fusion avec la protéine d'intérêt. Cela fournit un contrôle indispensable pour montrer que les conditions utilisées n'affecte pas la localisation de la GFP, et donc prouver qu'une relocalisation éventuelle de la protéine de fusion GFP-X est spécifique de la protéine X.  [...]

[Biologie Cellulaire] mise en évidence d'une phosphorylation

Ensuite, si l'une des kinases (ou les deux) phosphoryle votre protéine, cela veut dire qu'elle interagissent physiquement entre elles. Dans ce cas, cela peut être mis en évidence par co-immunoprécipitation. immunoprécipitation anti-kinase, western blot anti-protéine d'intérêt.  [...] immunoprécipitation anti-protéine d'intérêt, western blot anti-kinase. Pour approfondir la spécificité de phosphorylation de votre protéine, vous pouvez faire de la mutagenèse dirigée sur la séquence consensus (par sur la sérine ou thréonine potentiellement phosphorylée par contre), qui devrait empêcher sa reconnaissance par la kinase.  [...]