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Le génome du peuplier séquencé

Après les célèbres Arabette des dames Arabidopsis Thaliana et Riz Oryza Sativa, le peuplier Populus Trichocarpa vient rejoindre la famille des plantes dont le génôme est séquencé. Il a donc l'honneur d'être le premier arbre (Angiosperme Dicotylédone) a avoir son génome décodé, qui plus est par une technique qui m'est particulièrement chère. le shotgun.  [...] Au cours de l'étude (parue dans Science 15/9/2006), il est apparu que le peuplier et Arabidopsis ont divergé au cours de l'évolution, à une date remontant à environ 100/120 MA, et qu'a partir de ce moment, un whole genome replication event (sic.) a eu lieu, qui au cours du temps a abouti a la survie de 8000 gènes (la taille totale de son génome est plus de 1,5 fois supèrieure à celle de l'arabette).  [...]

[Biologie Moléculaire] cartographie in silico

tu pourrais peut etre tout d'abord faire un alignement entre tes EST et le genome du riz, ca t'indiquerait ou ils se situent sur le chr, et surtout s'ils sont uniques ou pas.  [...] Justement à propos de ça, est-ce que je dois télécharger le génome du riz en séquences sur mon pc et faire l'alignement avec un logiciel donné ou alors c'est faisable sur un site internet.  [...]

taille du génome.

l'espèce humaine est peut-être jeune, mais son génome n'a pas été construit ex nihilo. Sa longueur actuelle résulte de toute l'évolution depuis la première cellule, comme c'est d'ailleurs le cas de toutes les espèces. L'ADN non codant, même s'il a une utilité, évolue beaucoup plus vite que les séquences codantes.  [...] Since the birth of molecular biology it has been generally assumed that most genetic information is transacted by proteins, and that RNA plays an intermediary role. This led to the subsidiary assumption that the vast tracts of noncoding sequences in the genomes of higher organisms are largely nonfunctional, despite the fact that they are transcribed.  [...]

[Biologie végétale] Séquençage génomes végétaux

je me posais une petite question par rapport aux différents génomes végétaux qui sont séquencés. Pour arabidopsis et le riz l'intérêt de leur séquençage est évident, mais pour les autres je me demandais quelle avait été la principale motivation. Pour le peuplier, est ce que c'est parce qu'il représente la première essence forestière française Pour la vigne, est-ce pour son intérêt agronomique Et le génome pour lequel je ne trouve pas d'explication, c'est la papaye.  [...] Quand on sequence, on ne sequence pas que des organismes d'interet agronomique. Le cas de la papaye est un peu special. Je crois qu'il s'agit de la papaye SunUp qui est la premiere plante transgenique dont le genome a ete entierement sequence. Fouiller dans Nature me semble une bonne idee pour approfondir.  [...]

[Evolution] Positions actuelles sur la théorie de l'évolution

Le génome reste une langue en grande partie incompréhensible dont on connait surtout l'alphabet. Ma question est donc la suivante. quels faits scientifiques permettent d'exclure l'existence d'un plan d'ensemble de toute la biodiversité présent à l'état latent dans chaque cellule.  [...] 1) L'existence de gènes ne suppose pas qu'ils soient exprimés. Dans une cellule différenciée, seule une partie du génome s'exprime (le noyau d'un neurone contient bien à l'état bloqué les gènes de la fibre musculaire ou autres). Par analogie, le génome de l'homme pourrait être entièrement présent chez le riz, mais à l'état bloqué.  [...]

[Evolution] Positions actuelles sur la théorie de l'évolution - Page 2

La différence, c'est qu'une voiture est immédiatement identifiable dans des fouilles archéo, alors qu'un gène humain perdu dans les milliards de bases d'un génome de riz ne saute pas forcément aux yeux.  [...] Sans attendre, j'ai quand même une question complémentaire. comment explique-t-on que des fonctionnalités nouvelles apparaissent dans le génome au cours de l'évolution Les mutations affectent bien un support génétique préexistant. Si on prend l'exemple de la mise en place d'une symétrie bilatérale dans le régne animal, il faut bien admettre qu'il existe des sections d'ADN libre dont la mutation produit les gènes impliqués. Est ce l'ADN non codant qui est ce support.  [...]

Hybridation spontanée entre plantes sauvages et plantes cultivées

Une question en découle. comment peut-on envisager de modifier techniquement le génome d'une plante alors qu'on ne comprend pas un phénomène naturel d'hybridation.  [...] comment peut-on envisager de modifier techniquement le génome d'une plante alors qu'on ne comprend pas un phénomène naturel d'hybridation.  [...]

[Divers] la bioinformatique et agroalimentaire

Je ne comprends pas ce que ça veut dire les applications de la bio-informatique dans l'agroalimentaire. Tu veux parler de quoi Annotation de génomes d'organismes d'intérêt agroalimentaire Développement de softs spécifiques pour cette branche de l'industrie.  [...] Après, ce que tu peux faire, c'est chercher sur Pubmed des articles présentant la fin d'un projet génome, par exemple riz ou autre du genre. Ceci dit, ce sont généralement des articles annonçant qu'un premier assemblage a été fini et qu'il y a donc un peu d'annotation qui a été faite, mais ça peut toujours t'être utile.  [...]

Besoin d'aide design d'une expérience

Je précise. JE NE CROIS AUCUNEMENT QUE PARLER AU RIZ AIT UNE QUELCONQUE CONSEQUENCE, J'ESSAIE DE PROUVER A QUELQU'UN QU'IL SE TROMPE...PUISQUE LUI DIRE, ME MOQUER ETC. NE FONCTIONNE PAS.  [...] je pense que c'est plus simple de suivre les flacons un nombre de jours prédéfini. L'analyse revient à ajuster un modèle binomial, ce qui est très simple. Pour déterminer le nombre de jours idéal il faudrait faire une expérience pilote, avec un certain nombre de flacons auxquels on ne dit ni des choses gentilles (c'est quoi au fait, être gentil avec du riz) ni des choses méchantes.  [...]

Comment savoir si une plante est morte ?

Seulement voilà, il nous faut tout d'abord savoir si le riz a survécu ou non à ce mauvais traitement, et là, pas facile à caractériser... Les plantes n'ont pas de coeur ou de cerveau qui s'arrêtent.  [...] Je connais pas la physiologie du riz, mais je suppose que les différentes parties du plant de riz se développent sous l'eau. Du coup la mort d'un plant de riz pourrait se caractériser par un arrêt de la croissance racinaire et/ou foliaire (avec une chlorose dans le cas des feuilles).  [...]