• Forum - Séquence, Consensus, Espèces

Analyse Région intergénique

J'aurai voulu savoir quelle(s) information(s) peut-on tirer de l'analyse de région intergéniques communes entre plusieurs espéces ( ici mycoplasmes ).  [...] Mon idée est que l'analyse de ces séquences montre une conservation de séquence au cour de l'évolution car le gène DnaA est fondamental pour la réplication et est donc conservé.  [...]

Créer amorces-Séquence consensus

Je dispose de 4 séquences de ce gènes chez 4 espèces (d'un invertébré marin). J'utilise donc le logiciel Bioedit afin d'aligner ces séquences et créer une séquence consensus. Cependant, lorsque j'utilise cette séquence consensus dans Primer 3, il me dit qu'il y a des bases non reconnues dans ma séquence.  [...] Suis-je donc obligé d'utiliser la séquence de ce gène chez 1 seule espèce.  [...]

séquence consensus

Il y aussi dans cette région du génome des motifs palindromiques qui sont reconnus par les Dam-méthylase pour méthyler certaines bases. D'ou la relative conservation de cette séquence quand on la compare entre différentes espèces de bactérie (on peut donc en déduire une séquence consensus entre toutes ces séquences).  [...] Nan pas du tout à coté, john, mais elle pensait qu'une séquence consensus était spécifique du mécanisme de la réplication... On parle de consensus pour la transcription, la dégradation de mRNA, l'export etc.  [...]

[Génétique] La transcription

Dans les séquences consensus l'une d'elle est apelé PRINBOW BOX qui posséde la séquence TATAAT et qui se trouve à -10.la 2eme est appelé région-35 et posséde la séquence TTGACA et quand donne par convenction le n°1 à la par de base qui débute une molécule d'ARN.  [...] il me semble que la séquence que tu donnes n'est pas la séquence consensus, mais l'exemple d'une séquence. par exemple, le spacer N 17 a une longueur qui varie entre 16 et 18, en fait. La séquence TATAAT est bien la séquence consensus, qu'on a déduite des différentes séquence à -10, qui varient légèrement selon l'espèce de bactérie et le gène considéré.  [...]

Mutation?!

Je suis un peu à l'ouest depuis quelques jours, mais là je ne comprends pas... Une séquence consensus est une séquence qui regroupe les bases les plus fréquemment rencontrées dans les cas de plusieurs possibilités... Or, j'ai l'impression qu'ici tu utilises le mot polymorphisme pour parler de variabilité. Ai-je raison.  [...] Ce que je ne pige pas c'est la chose suivante. comment peux-tu affirmer d'un côté que c'est une séquence consensus et d'un autre dire que ça ne supporte aucun changement Cela signifierait que pour les promoteurs possédant TATAAA par exemple alors que la séquence consensus est TATAAT, on parlerait obligatoirement de mutation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

3. On disposent de fragments qu'on espère pouvoir exploiter pour obtenir la séquence consensus. Ce que l'on va faire c'est simplement un clonage des fragments. Des colonies seront piquées, amplifiées puis séquencées. L'analyse de toutes les séquences nous donnera la séquence consensus.  [...] A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...]

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

je suis en PCEM1 et pendant le cours, nous avons évoqué les séquences consensius. Il nous a été dit que l'on pouvait alors déterminer tout les récepteurs GABA mais aussi autre chose que je n'ais pas entendu. J'ai fait des recherches sur le net et je n'ais rien trouvé sur le sujet, j'espère que vous pourrez m'aidez car ce chapitre de biologie cellulaire est l'un des plus gros pavet que l'on a à étudier cette année.  [...] Une séquence consensus est une séquence moyenne qui résulte de la comparaison d'un grand nombre de séquence dont la fonction est identique.  [...]

[Génétique] Logiciel pour séquence consensus

Je recherche un logiciel (ou plusieurs) qui peut me donner la séquence consensus de plusieurs séquences d'ADN (déja alignées).  [...] Bonjour, moi aussi j'ai le meme problème avec le téléchargement de la séquence consensus.comment l'obtenir svp.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

Je ne suis pas non plus rentré dans les détails des sites de fixation des FT et FR. Et sinon une séquence discrète n'a rien à voir avec un intron, il s'agit d'une séquence qui n'est pas une séquence consensus (du moins pas détectée par les algorithmes d'alignement de séquence).  [...] .. J'ai toujours lu sur internet et dans les bouquins que la TATAbox était une séquence promotrice pas la seul bien entendu mais elle fait parti des séquences consensus. Et puis qu'elle est l'utilité de me parlé de séquence discrète je ne fais aucunement référence dans mon commentaire sur ce type de séquence et puis précise ce que tu entends par séquence discrète car pour moi une séquence discrète c'est une séquence non codante donc un intron, je n'ai aucunement vue jusque là que séquence discrète voulait dire une séquence non consensus.  [...]

[Biologie Moléculaire] RT PCR plusieurs transcrits, un seul couple d'amorces?

Je te suggère de travailler avec la séquence du gène codant pour la protéine, tu prends la séquence nucléotidique alors, c'est mieux que de travailler avec une séquence protéique. si tu as plusieurs plusieurs séquences nucléotidiques du gène codant pour ta protéine, l'idéal est de faire un alignement multiple de ces séquences, et ressortir une séquence consensus (la région 100% identique), à partir de cette nouvelle séquence, tu pourra faire ton design d'amorces.  [...] Petite question avez vous des trucs pr trouver la sequence consensus J'ai fait l'ancienne sous world avec des crtl F rechercher...mais c super long.  [...]