• Forum - Séquence, ADN, Sol

[Biologie Moléculaire] suivi génomique d'une souche bactérienne

Je travaille actuellement sur une bactérie (c'est une nouvelle espèce du genre streptomyces) sur laquelle il n'existe pas (ou peu…) de séquences connues, ni banque….  [...] J'ai juste la séquence d'ADN 16S je souhaiterais à présent connaitre une séquence génomique qui lui est spécifique pour pouvoir suivre dans le sol, mais je bloque, avez-vous quelque chose pour me faire avancer.  [...]

OGM et pollution génétique de l'eau

Mais là même problème. comment un insert ( ADN bicaténaire, promoteur, gènes d'intérêt, terminateur ) se transformerait-il en viroïde ( ARN circulaire monocaténaire sans séquence codante ) Il y a des enzymes susceptibles de catalyser ceci dans l'eau de pluie.  [...] tout ça pour dire que peut être que quand l'ADN est dénaturé, il y a quelque chose qui sélectionne l'insert, et qui le transcrit en un ARN qu'il lie pour obtenir un ARN circulaire, le tout bien sûr sans séquence codante.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème bande inconnue PCR

Merci pour vos réponses, et non malheureusement je ne peut pas découper et envoyer à séquencer, mon stage étant terminé, je n'ai pu envoyer à séquencer seulement mes bandes de DGGE.  [...] Concernant ces bandes de poids moléculaire élevé correspondant pas à l'amplicon, je pensais à une hybridation aspécifique, car les amorces 518r et 338f sont spécifique d'une séquenc de l'ARNr 16s qui est présentent chez toutes les bactéries, mais peut-être qu'une autre séquence présente des analogie avec cette séquence, et cela expliquerais la faible intensité (car séquence moins spécifique de celle ciblé).  [...]

Comment etre biologiste en évolution ?

Si tu fais une session évolution et développement tu peux avoir des gens de la paléonto(ceux qui bossent dans le sous sol de la fac Gabriel.), de la botanique, de la zoologie, de la génétique du développement et des gens qui développent des algorythmes de comparaison de séquences d'ADN (donc très info/maths).  [...] Est ce que je peut connaitre les différent métier à l' issue de cette étude sur l' évolution. Et à quoi je servirais dans la science Est ce que les biologiste en évolution sont demandés pour aidez dans la découverte d' une vie extra-terrestre.   [...]

[Biochimie] microorganismes et hydrocarbures

Après il ne faut pas oublier que dans les laboratoire on utilise qu'un infime partie des organismes vivant existant. Beaucoup ne sont pas utile pour la rechercher ou du moins ne font pas mieux que les copains. D'autres sont purement incultivable, beaucoup d'espèces ont été découvertes récemment par des études de séquençage de tous les ADN trouvés dans un échantillon de sol.  [...] Je retiens donc pour simplifier que pour ce qui est des champignons, les capacités d'adaptation et de développement sont semblable à celles observées chez les bactéries... Et que comme pour les bactéries, il existe des souches non cultivables et qui ne peuvent donc être mise en évidence que par des techniques de biologie moléculaire.   [...]

[Biologie Moléculaire] témoin positif pour pcr 16s

[Biologie Moléculaire] témoin positif pour pcr 16s.   [...] J'ai une question concernant le témoin positif utilisé pour électrophorèse des amplifias sur le gel. Je fais des extractions d'ADN génomique du sol et ensuite la PCR 16S. Je ne sais pas avec quel témoin positif je pourrais comparer mes amplifias Est-ce nécessaire dans le cas d'ADN génomique.  [...]

[Biologie Moléculaire] pb migration ADNg sur gel

As tu fais un traitement a la RNAse Parce que pour moi un smear ca ressemble a des ARN degrades... Tu as peut etre dose tes ARN et non ton ADN Si tu postes une photo ce sera plus simple de t'aider.  [...] Dans le cadre d'un projet, nous avons extrait de l'ADN d'un sol avec un kit d'extraction puis nous avons amplifier un gène spécifique à l'aide d'une PCR et enfin nous avons fait migrer les produits de PCR sur gel d'agarose avec plusieurs concentrations.  [...]

[Microbiologie] Retrovirus chez les plantes? Des exemples?

bonjour.. je ne suis pas sure du tout de ske je vais annoncer mais je les etudier cette année dc il existe une agrobacterie apelé agrobacterium tumefaciens qui est une bacterie du sol et qui est pathogene pour les plantes ainsi un (plasmide) ou une portion d'ADN s'integre ds le genome de la plante provoquant une tumeur.  [...] Sinon a ma connaissance on a jamais découvert de rétrovirus de plante libre, mais pour bien connaitre le domaine, je dirais que peu de gens ont vraiment cherché a en trouver.   [...]

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] Je viens de blaster à nouveau mes amorces contre des séquences de bacteries et je les ai enfin trouvé. Mais j'ai toujours un problème car maintenant que ça onctionne je ne comprends pas pourquoi. En effet pour trouver un résultat cohérent j'ai mis les deux amorces dans le sens 5'-3'.  [...]

Formation de l'ARN (messager)

Pour l'azote c'est pareil, à chaque fois que tu manges des cellules (Viandes, légumes etc...) tu manges de l'ADN. Et c'est de là que tu tire l'azote une fois que ces aliments seront digérés et assimilés.  [...] Tu comprends un peu le pourquoi du comment Après oui, on peut se demander d'où viennent les sucres, l'azote etc... et c'est là que la notion d'écosystème entre en jeu. Différents organismes sont capables de produire du sucre (Photosynthèse des plantes vertes (chlorophylliennes) par exemple), d'autre d'incorporer de l'azote minéral (dans le sol ou atmosphère) pour en faire de l'azote organique (ADN par exemple) etc.  [...]