• Forum - Séquence, Acides aminés, Protéine, Programmes

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise merci pour votre réponse.  [...] merci pour ta réponse, ensuite je pense que j'utiliserai swissprot pour chercher la séquence d'acides aminés. c'est un bon choix, non merci. bye.  [...]

[Biologie Cellulaire] questions annales

Ma réponse. je ne sais pas du tout comment le présenter, je sais simplement qu'il faut une complémentarité symétrique pour que lors du repliement les bases soit l'une en face de l'autre, mais quels acides aminés choisir il y en a-t-il qui soit plus a même de former ce genre de structure plutôt que d'autres faut-il inventer une succession d'acides aminés sachant pertinemment qu'il ne sont pas présents dans ce 5'UTR en particulier.  [...] C'est quelque chose de difficile a repérer dans une séquence à l'oeil, mais il existe des programmes qui permettent de prédire les structure II des acides nucléiques.  [...]

[Biochimie] Protéine lysine free

Ma question n'a pas eu beaucoup de succès mais j'ai ma réponse. Pour ceux que ça intéresse, il existe des programmes permettant de cribler une banque en excluant un ou plusieurs acides aminés... vive la bioinfo.  [...] Il a y a pas mal de petits peptides de 2 ou3 acides aminés minimum, évidemment, mais aussi des protéines de plus de 300 AA comme p16, des aquaporines, des sous unités de l'ATP synthase, etc.  [...]

[Biologie Moléculaire] La postion des éléments de réponse aux hormones

Si la séquence est canonique vous pouvez la retrouver en screenant directement une séquence (notez qu'il faut alors chercher jusque très en amont et en aval). Si elle ne l'est pas tout se complique. Il y a des programmes tels que JASPAR ou TFSEARCH qui peuvent vous y aider.  [...] Du coup, il existe des programmes qui permettent de trouver ces éléments de réponses dégénérés sur une séquence d'ADN. Ce ne sont pas des bases de données. En revanche il vont tout vous sortir sans chercher à comprendre la relevance biologique de la chose.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème amorce PCR

Oui, mais j'ai créé les amorces et j'ai vérifié qu'il n'y est pas plusieurs sites possibles. Après j'aimerai savoir quels effets ça pourrait avoir et comment cela se produit.   [...] Le problème c'est que plus du augmente la température d'hybridation, moins ton amorce 44°C va s'hybrider, voir plus du tout. Je pense qu'il faut que tu la refasse, voir refaire tout le couple pour avoir deux Tm proches.   [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche site pour calcul proba d'interaction entre protéines

Tout ce que l'on sait faire actuellement, c'est extrapoler les interactions connues entre certains domaines et certaines familles de protéines.  [...] Je ne sais pas quel était le but de ta recherche, mais si ta protéine n'a pas de domaines vraiement caractérisé, ce genre de programmes n'a que peu d'intérêt.  [...]

Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Je possede des extraits de la sequence d'un virus et j'aimerais le comparer avec les sequences des genomes deja connus (de virus de preference mais pas forcement je verrais plus tard) grace a la realisation de programmes.  [...] bonsoir, voilà j'ai une protéine P1 et je n'arrive pas à trouver la séquence d'ADN correspondante en utilisant BLAST. Par contre j'ai pu déterminer le blastp grâce à la séquence Fasta, quelqu'un pourrait m'aider.  [...]

Petite énigme à vous soumettre...

Le premier test va donc être un traitement informatique pour supprimer les doublons parmi les 20.000 structures, et sélectionner les molécules susceptibles de se lier à la protéine. Il existe des programmes informatiques permettant ce genre de travail.  [...] Attention, la RMN se réalise en solution, si tu veux faire une cartographie des groupements mis en jeu, via les données cristallographiques, tu dois faire référence à la méthode CORCEMA, qui via un algorythme établit une carto ligand-récepteur à partir des données cristallo du complexe protéine-ligand.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR et Taq : répétition de nucléotide

J'ai remarqué que même si mes PCR fonctionnent correctement, derriere si je séquence (enfin j'envoie à une société de séquencage) mon gène ZP4 j'ai un electrophérogramme illisible à partir d'une certain niveau.  [...] Tu séquences en sens et en anti-sens Comment lis tu tes séquences D'après une séquence rendue par le programme de séquençage ou directement sur les pics avec un programme type bioedit Je te demande parce que parfois les programmes des séquenceurs ne parviennent pas à lire une séquence sur les pics parce qu'ils sont trop faibles, un peu étalés, qu'il y a un bruit de fond, mais en les regardant toi même tu y arrives et tu complètes tes trous.  [...]

Drépanocytose

Le principe a été une reprogrammation de cellules de la queue de souris en cellules souches, puis en l'introduction du gène sain dans les-dites cellules réinjectées aux souris malades (une maladie proche de la Drepanocytose donc). Les symptômes de la maladie ont chuté remarquablement.  [...] Ca pourrait être intéressant, mais ce travail est terriblement fastidieux et devra utiliser des programmes très élaborés et surtout de nombreuses séquences e patients afin de cibler des gènes d'intérêt de manière statistiquement fiable. Mais peut-être que dans quelques années, les progrès technologiques aidant, comme le dit l'article, la séquence de l'ADN complet d'un individu sera plus rapide et moins couteuse.  [...]