• Forum - Séquence, Acides aminés, Protéine, Programmes

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise merci pour votre réponse.  [...] merci pour ta réponse, ensuite je pense que j'utiliserai swissprot pour chercher la séquence d'acides aminés. c'est un bon choix, non merci. bye.  [...]

[Biologie Cellulaire] questions annales

Ma réponse. je ne sais pas du tout comment le présenter, je sais simplement qu'il faut une complémentarité symétrique pour que lors du repliement les bases soit l'une en face de l'autre, mais quels acides aminés choisir il y en a-t-il qui soit plus a même de former ce genre de structure plutôt que d'autres faut-il inventer une succession d'acides aminés sachant pertinemment qu'il ne sont pas présents dans ce 5'UTR en particulier.  [...] C'est quelque chose de difficile a repérer dans une séquence à l'oeil, mais il existe des programmes qui permettent de prédire les structure II des acides nucléiques.  [...]

[Biochimie] Protéine lysine free

Ma question n'a pas eu beaucoup de succès mais j'ai ma réponse. Pour ceux que ça intéresse, il existe des programmes permettant de cribler une banque en excluant un ou plusieurs acides aminés... vive la bioinfo.  [...] Il a y a pas mal de petits peptides de 2 ou3 acides aminés minimum, évidemment, mais aussi des protéines de plus de 300 AA comme p16, des aquaporines, des sous unités de l'ATP synthase, etc.  [...]

[Biotechnologie] emboss et alamut

Voila, j'aimerais savoir si quelqu'un utilise ces deux logiciels (ou l'un ou l'autre). J'aimerais avoir un peu plus d'exlpication sur leur fonctionnement et leur pertinence. Est-il utile de s'orienter vers l'achat de alamut sachant que je fais beaucoup de séquencage et de diagnostique avec les résultats de séquence, mais que Ensembl et Entrez ne sont pas très annotés pour les genes variations de mes gènes.  [...] J'ai utilisé quelques soft du package Emboss. On peut y accéder en ligne par exemple sur le site de pasteur, ce qui évite de les installer localement. Les options sont détaillées. Globalement, ces programmes font de l'analyse de séquence. dans 90 % des cas, on copie-colle une sequence ADN/ARN/proteine en fasta et en retour on obtient un fichier texte/html qui contient des infos sur cette séquence (%GC, usage des codons, motifs protéique, bref je vais pas faire la liste.  [...]

Biologie - glucides

Enfait, je prépare un examen d'équivalence en autodidacte c'est donc souvent flou. Par support d'informations c'est le rôle des biomolécules (j'ai à ce niveau les glucides, les lipides et les acides nucléides) dans la signalisation cellulaire (les hormones, les stéroïdes, les neurotransmetteurs, les proteines qui font passé les messages à travers les bicouches lidipidiques des cullules, etc.).  [...] Les groupes sanguins par exemple (A, B, AB et O) reposent sur une séquence de sucres (un oligohoside) particulière qui forme un antigène, et la séquence en question définit le groupe sanguin. Certaines séquences osidiques ( de glucide ) sont reconnues par des protéines particulières, notamment les lectines, qui reconnaissent spécifiquement des ces séquences, s'y lient, et permettent des interactions entre les cellules, leur cohésion, enclencher des programmes de signalisation,  [...]

[Biologie Moléculaire] La postion des éléments de réponse aux hormones

Si la séquence est canonique vous pouvez la retrouver en screenant directement une séquence (notez qu'il faut alors chercher jusque très en amont et en aval). Si elle ne l'est pas tout se complique. Il y a des programmes tels que JASPAR ou TFSEARCH qui peuvent vous y aider.  [...] Du coup, il existe des programmes qui permettent de trouver ces éléments de réponses dégénérés sur une séquence d'ADN. Ce ne sont pas des bases de données. En revanche il vont tout vous sortir sans chercher à comprendre la relevance biologique de la chose.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème amorce PCR

Oui, mais j'ai créé les amorces et j'ai vérifié qu'il n'y est pas plusieurs sites possibles. Après j'aimerai savoir quels effets ça pourrait avoir et comment cela se produit.   [...] Le problème c'est que plus du augmente la température d'hybridation, moins ton amorce 44°C va s'hybrider, voir plus du tout. Je pense qu'il faut que tu la refasse, voir refaire tout le couple pour avoir deux Tm proches.   [...]

[Biochimie] Rechercher sites de restriction

Déjà connais-tu des programmes online permettant de trouver les sites des enzymes de restriction connues sur une séquence donnée Quelle peut être l'utilité du programme que tu décris, s'il existe (ce qui m'étonnerait beaucoup).  [...] J'ai trouvé le programme dans lequel j'entre une sequence et je choisis une enzyme puis je récupère ma sequence avec des espaces aux niveau des sites de restrictions correspondant a l'enzyme choisie.  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche site pour calcul proba d'interaction entre protéines

Donc je pense que le site que tu recherches ne décrivait pas les interactions entre tout type de protéines, mais qu'il devait se focaliser sur certaines interactions bien précises de type reconnaissance enzyme/susbtrat, comme par exemple kinase/protéine à phosphoryler, protéase/protéine à cliver, ou bien des reconnaissances d'interaction de domaines connues WW ou SH3 avec région riche en proline.  [...] Je ne sais pas quel était le but de ta recherche, mais si ta protéine n'a pas de domaines vraiement caractérisé, ce genre de programmes n'a que peu d'intérêt.  [...]

Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Si ta sequence d'ADN est codante (ce qui est probable vu que les genomes viraux sont denses), alors tu peux traduire ta sequence en proteine et faire une recherche, comme le disait john, mais cette fois au niveau proteique, ca pourra te donner des elements de reponses plus significatif, voir eventuellement identifier des domaines fonctionnels ou des motifs proteiques.  [...] bonsoir, voilà j'ai une protéine P1 et je n'arrive pas à trouver la séquence d'ADN correspondante en utilisant BLAST. Par contre j'ai pu déterminer le blastp grâce à la séquence Fasta, quelqu'un pourrait m'aider.  [...]