• Forum - Séquençage, Résultats, Séquence

[Biologie Moléculaire] Equivalent de Vector NTI

Je fais surtout du design de vecteur, donc il me faut un logiciel capable d'annoter les séquences facilement, capable de comparer des séquences, de passer de l'ADN à la séquence protéique biensur.  [...] Je vais tester clustal pour les alignements de séquences. pour le moment j'utilise un logiciel de chez GATC, vu que je fais séquencer par cette société.  [...]

[Biologie Moléculaire] interprétation des résultats de séquençage

[Biologie Moléculaire] interprétation des résultats de séquençage.  [...] qui pourrait m'aider à interpréter mes résultats de séquence et surtout identifier les éventuels problèmes (afin de savoir si le problème vient de nous ou du séquençage...vu que les services d'analyse sont payants...).  [...]

[Génétique] Déterminer l'ORF d'un gène?

j'ai un problème, j'ai une séquence d'un gène et je voudrais trouver son ORF. En recherchant les ATG je trouve des dizaines de possibilités.. HELP y a t il des sequences consensus qui peuvent m'aider à l'identifier.  [...] Fait comme même attention par rapport à ton choix tout dépend ce que tu as fait avec ta séquence si c'est un clonage si c'est le résultats d'un séquençage... tu peux avoir des surprises donc toujours rester vigilant avec la bioinformatique.  [...]

[Biotechnologie] emboss et alamut

Voila, j'aimerais savoir si quelqu'un utilise ces deux logiciels (ou l'un ou l'autre). J'aimerais avoir un peu plus d'exlpication sur leur fonctionnement et leur pertinence. Est-il utile de s'orienter vers l'achat de alamut sachant que je fais beaucoup de séquencage et de diagnostique avec les résultats de séquence, mais que Ensembl et Entrez ne sont pas très annotés pour les genes variations de mes gènes.  [...] L'autre soft - Alamut - semble plus fait pour vous. il va prendre vos reads à la sortie du séquenceur et mapper (désolé pour le jargon) les résultats sur les données obtenues a partir de plusieurs banque.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mise au point des conditions PCR

*Enfin, pour certains de mes amplicons, le gel n'a permis de ne visualiser qu'une seule bande nette, cependant au séquençage (GATC), j'obtiens des séquences pourries, quelqu'un a-t-il une explication.  [...] Est ce que tu purifies ton produit de PCR avant le séquencage Tes résultats laissent à penser qu'il y a plusieurs amorces dans ta réaction de séquence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Si je ne me trompe pas, ce type de séquençage va me donner un grand nombre de séquences et je me demande comment trier les résultats ensuite Existe-t-il des logiciels pour le faire.  [...] Mais je ne sais pas du tout comment cela se fait... d'où ma question. Comment trier les résultats obtenus après séquençage en utilisant la méthode du métabarcoding.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquences régulatrices

Il y a de l'idée. En premier lieu, je suppose que tu compte isoler ta séquence depuis une banque d'ADN génomique par PCR...Dans ce cas, une fois ta séquence amplifiée, un séquençage est la première chose à faire. En effet, dans le cas où tu n'isole pas la bonne séquence, la fusion avec un gène rapporteur peut te donner un résultat faux-positif (ou faux-négatif si un problème survient pendant la réalisation de la construction).  [...] Le séquençage permet donc de s'en assurer. Si l'expression tissu-spécifique de la protéine dépend de cette séquence, alors la construction hétérologue est un bon moyen de savoir si ton isolement est correct et si la séquence régulatrice isolée est intègre.  [...]

[Microbiologie] Identification des bactéries

Dans les résultats de séquençage, nous savons que nous avons des Chromohalobacter.  [...] Je commencerais par regarder la littérature, et d'abord les publis où ces espèces ont été décrites. S'il n'y est pas question de génétique (si c'est des publis anciennes), je chercherais sur les bases de données des séquences de ces espèces et essaierais de les blaster pour voir un peu qui s'aligne avec quoi.  [...]

sequencage du genome humain

Le séquençage d'un génome permet de déterminer les séquences (d'ou séquençage) de nucléotides de l'ADN d'un organisme. Les fins de ce séquencage sont diverses selon la personne qui la réalise. Par exemple, il est interessant de connaître la séquence des gènes impliqués dans la division cellulaire, ou dans le développement etc.  [...] En résumé, le séquencage d'un génome peut s'avérer très utile pour l'étude et la classification d'un organisme. Les portées du séquencage vont bien plus loin que le simple plaisir de dire on a séquencé un génome en entier.  [...]

[Biochimie] Petite question sur la PCR

Je suis vraiment débutant (1ere année de médecine) donc on m'a juste appris, la technique classique de PCR. On a ensuite vue le séquencage et là notre prof nous a dit que souvent on utilisait des produits de PCR pour le séquencage et donc dans les résultats (de l'électrophorèse couplée à de la fluorescence), on pouvait trouver deux piques (l'un correspondant à l'allèle paternel et l'autre à l'allèle maternel) justement parceque le pruduit de PCR était composé indifféremment d'allèle paternel et maternel.  [...] Donc au final, sur l'electrophorese, tu as les résultats de l'élongation obtenue a partir de cette amorce. Meme si les amorces s'hybrident au même endroit sur les séquences paternelles et maternelles, il se peut que tu amplifies une région qui diffère. sur l'electrophorégramme tu auras la superposition des deux signaux.  [...]