• Forum - Restrictions, Analyse, Fragment

[Biologie Moléculaire] Améliorer la spécificité d'amorces

Avez-vous essayé, puisqu'il semblerait que vous travailliez en séquences connues, d'utiliser des profils de restrictions ou en analyse de fragment.  [...] Surtout pas d'allèles communs. En plus, je fais du génotypage haut débit, donc je travaille sur du polymorphisme type indel de fragments, SSR (and such things).  [...]

[Biochimie] Poids plus élévé après digestion enzymatique

tu sais quel est le profil que tu dois obtenir après digestion si c'est un produit PCR c'est linéaire. Tu n'as qu'un fragment apres digestion C'est pas du a une structure de repliement.  [...] C'était une digestion des sites de restrictions d'un fragment que j'avais amplifié par PCR, sur mon gel je ne dois obtenir qu'un seul fragment d'environ 1000bp.  [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation ADNc / ADNg : besoin de confirmer !

Ça se complique un petit peu, j'émets alors l'hypothèse suivante. sur notre ADNg il y a deux sites de restrictions NcoI adjacents qui donnent un fragment de 1,8Kb. Pour expliquer les 0,8Kb, j'ai pensé à un intron situé au centre de mon fragment d'ADNg NcoI/NcoI.  [...] Or notre sonde N d'ADNc de 1Kb (je rappelle NcoI/NcoI) ne possède pas de site de restriction pour HindIII donc il existe un site de restriction pour HindIII dans l'intron de 0,8Kb.  [...]

[Biotechnologie] Fabrication d'une protéine d'intérêt ?

Oui, quand tu inclues le prix que te coûte un technicien (dans les 150 euros/jour) cela peut vite devenir rentable. Et puis l'optimisation de codons, la possibilité de mettre des sites de restrictions pratiquement où on veut, c'est fort pratique. Par exemple, il suffit de découper le gène en cassettes de 200 bp, flanquées de sites de restrictions courants, et si on veut faire des mutants, il suffit juste de changer la cassette par une nouveau fragment de synthèse.  [...] çà revient actuellement à environ 150 euros le fragment, avec autant de mutations qu'on veut dans le fragment choisi... et il y a toujours moyen de négocier les prix pour un projet de grande ampleur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Réparation mutation, structure Holliday

Lors de l'analyse des allèles dans une famille dans laquelle on cherche la présence d'un fragment connu, On peut utiliser 2 techniques. RFLP ou Carte de restriction, bien que je les connaisse en gros, je ne comprends pas bien pourquoi ce serait plus rapide (ou simple) avec les enzymes de restriction.  [...] Les cartes de restrictions reposent sur une analyse physique de l'ADN, tandis que les cartes de RFLP sont basées sur des analyses de recombinaisons lors de croisement.  [...]

[biologie moleculaire] Logiciel équivalent à DNA strider sur PC

Est-ce que quelqu'un connait un bon logiciel d'analyse de sequences (ADN et proteines) equivalent a DNA strider (alignements, sites de restrictions, identification dORFs, etc...) mais qui marche avec un PC (DNa strioder ne marche que sur MAc).  [...] Au labo on utilise vecteur NTI (informax, invitrogene) c'est l'equivalent de DNA strider. Il peut s'installer sur pc ou mac, et il est gratuit pour les instituts publics à condition d'en faire la demande sinon je crois que la licence est à peu prés de 3 ou 4K€.   [...]

[Génétique] Construire un vecteur de transgenèse dérivé des transposons

Pour ce faire nous allons réaliser une PCR du gène Tet avec deux amorces contenant des sites de reconnaissances pour les enzymes de restriction XbaI et HindIII. Visiblement les amplicons obtenus possèdent à chaques extrémités le site de reconnaissance pour ces enzymes de restrictions et une Adénosine (d'ailleurs là j'ai pas compris d'où elle vient).  [...] 3-On introduit les enzymes de restrictions XbaI et HindIII. on va avoir le fragment Tet qu'on va ensuite insérer dans pBCKs+.  [...]

[Biologie Moléculaire] Chromosome painting

Est-ce que quelqu'un sait précisément comment on fait du chromosome painting (désolé, s'il y a un équivalent français, je le connais pas) En particulier, comment faire en sorte de faire des sondes qui s'hybrident sur tout le chromosome, et pas ailleurs Ma petite idée, mais je n'ai pas pu la confirmer par ma recherche, c'est que si on veut faire des sondes spécifiques du chromosome 2 par exemple, on prend un chromosome 2, et on le coupe par des enzymes de restrictions, puis on fixe des fluorochromes à chaque fragment.  [...] Mais je ne sais pas si c'est véritablement réalisable (en particulier, comment prendre le chomosome 2 spécifiquement, pour lui faire subir ce traitement ).   [...]

Enzyme compatible, non compatible

- En rapport avec le plasmide. pourquoi est ce que l'on utilise pas la meme enzyme de restriction dans la bactérie pour créer la meme coupure et ainsi faciliter l'insertion du fragment de restriction Pourquoi en utiliser 2 bien qu'elles soient compatibles.  [...] Parceque malheureusement on ne choisi pas les sites de restrictions présents dans le génome. Du coup il faut faire avec ce que l'on a. En utiliser deux permet d'orienter ton fragment ce qui peut avoir un interet certain. Il peut aussi y avoir une multitude de raisons pratiques mais je pense que c'est en dehors de tes préoccupations.  [...]

Différences d'ADN entre les ètres vivant ?

Je suppose que si l'on fait intervenir une série d'enzyme de restrictions et qu'on fait une électrophorèse, on pourrait voir se détacher des gênes inattendus (chez l'homme) d'autant plus facilement que l'espèce est éloignée. Mais n'ayant jamais pratiqué ce genre d'analyse (et je l'ai vu faire en laboratoire qu'une seule fois) j'ignore si ce serait frappant ou pas (ou pour reprendre la métaphore d'Elianix, j'ignore si on peut se rapprocher facilement plus près pour mieux voir ).  [...] Oui, bien sûr, il doit exister des enzymes de restriction très spécifiques à l'homme (je ne suis pas sûr que ce soit suffisant. Distingueraient-ils des grands singes par exemple Plus d'info si un biologiste passe par là).  [...]