• Forum - Référence, Quantité, ADN

Traitements des données en QPCR

Quelqu'un dans mon labo m'a dit de comparer les valeurs quantité d'ADN immunoprécipité sur quantité d'ADN non spécifique dans le tube sans anticorps (Ac/sans Ac) et de calculer des barres d'erreur là dessus. Par contre, cette personne ne normalisait pas par rapport au gène de référence.  [...] De plus quelles précautions dois-je prendre pour pouvoir comparer la quantité d'ADN entre mes deux lignées cellulaires, car j'imagine que je ne vais pas avoir les mêmes valeurs sur mon gène de référence. Dans ce cas, dois-je normaliser en plus sur le gène de référence Le problème est que si je fais deux rapports successifs (en divisant par sans Ac et par le gène de référence) mes barres d'erreur risquent de devenir tellement grandes que mes résultats ne voudront plus rien dire.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ADN

j'aime bien vous poser une question très précise en ce qui concerne l'extraction de l'ADN a partir des graines de soja. la quantité d'ADN extraite a partir de 100mg de poudre peut elle atteindre 900 ng /ul.  [...] Par contre il y a de grandes chances que l'on vous dise quelle quantité d'ADN vous pouvez espérer obtenir à partir d'une quantité de référence de tissu (ex. 100µg à partir de 100mg de tissus de départ).  [...]

Quelle est la différence entre une PCR "normale" et une semi-qPCR

Quelle est la différence entre une PCR normale et une semi-qPCR.   [...] la seule chose qui change c'est que dans la semiqPCR on va normaliser la quantité de fluorescence par rapport à un gène de référence et et en déduire la quantité en ADN par comparaison.  [...]

Analyse en cytofluorimétrie

Les cellules d'une tumeur de la vessie ainsi que des cellules prélevées sur une partie saine de la même vessie sont analysées par cytofluorimétrie après coloration de l'ADN à l'iodure de propidium. Le pic a obtenu avec les cellules saines peut être considéré comme une référence définissant la quantité 2c d'ADN (phase G1) de cellules diploïdes normales.  [...] Là justement je sais pas, j'aurais dit oui parce que le pic c a 1/2 de la quantité d'ADN du pic e, mais du coup je sais pas à quoi correspond le pic b.  [...]

[Biologie Moléculaire] pcr

Le bromure d'éthidium a la propriété de s'intercaler entre les paires de bases des acides nucléiques. Lorsque tu faisun gel, tu mets un marqueur de référence qui contient x fragments de différentes tailles connues. Comme tu connais la taille du fragment que tu amplifies, tu veras lors de la révélation sous UV si ton fragment amplifié est au même niveau qu'un des fragments de ton marqueur de référence.  [...] Plus on a d'ADN et plus la coloration est intense. Très souvent, la quantité d'ADN de départ est trop faible pour être détectable par cette méthode et on ne verra donc sur le gel que les amplifiats dont on estime la taille par comparaison avec les fragments de référence du marqueur.  [...]

[Biochimie] densité optique

En ce qui concerne la quantification de l'ADN par spectrophotométrie, une unité de DO correspond à 50 mg/ml ou 50 ug/ml d'ADN double brin car dans deux documents de référence différents j'ai trouvé ces deux valeurs.  [...] merci d'avoir répondre à ma question, de ma part j'ai cherché encore sur le net et effectivement c'est 50 ng/ml pour ADN double brin mais comme même je vais vous citer l'article ou j'ai trouvé 50 mg/ml peut être j'ai mal compris... pourtant c'est un article publié sur John Libbey Eurotext.  [...]

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

edit. vu la différence de quantité d'ARN, as tu fait un gel d'ARN pour vérifier l'intégrité des ARN dans l'échantillon le moins concentré Y a t il un traitement à la DNase pour t'assurer que tu n'amplifies pas le génomique qui aurait pu cntaminer l'échantillon le plus concentré D'ailleurs les amorces chevauchent elles des jonctions exon/exon, pour éviter d'amplifier l'ADN As tu un controle sans RT (donc pour lequel il n'y a pas de cDNA et qui théoriquement ne doit rien donner en qPCR ).  [...] Et c'est là que ca me pose problème. SI tu prends un gène qui est est autant exprimé dans 500 ng d'ARN dans deux tissus différents (avec les répétitions qui vont avec..), tu dis que c'est un gène de référence, mais si tu ramènes ca à la quantité d'ARN total celui n'est plus un gène de référence bien qu'on soit à la meme quantité de matière.  [...]

[Identification] Minéral et oligo éléments.

Pour la différence entre les deux, il ne s'agit absolument pas de même catégorie car un oligo élément fait référence a un élément nécessaire à l'organisme mais en très petite quantité, en revanche un minéral fait référence à un agencement précis des atomes.  [...] Le magnésium est justement le cation à la frontière antre microéléments et oligoéléments. car il est nécessaire en quantités assez inférieures aux microéléments mais beaucoup plus que la plupart des oligoéléments.  [...]

[Biologie Moléculaire] dosage d'ADN sans spectrophotomètre

Je souhaiterais savoir si dans le cas où l'on ne dispose pas de spectrophotomètre, serait-il possible de doser la concentration de nos ADN en les faisant migrer avec un ADN de référence dont les bandes ont une concentration connue.  [...] ca se fait, mais c'est tres indicatif. Il faut veiller a faire plusieurs dilutions pour avoir une intensité comparable avec la référence, et surtout comparer un echantillon X avec une référence de taille similaire.  [...]

[Biochimie] La vie à partir de matière inerte

Quoique l'ADN d'une bactérie a été resynthétisées recemment en laboratoire, mais d'une part cela faisait internir des acteurs biologiques ( bactéries pour réplication ADN il me semble ), et la viabilité de cet ADN n'était pas prouvée.(je n'ai plus la référence dsl ).  [...] De même parler de matière vivante n'a aucun sens. entre un individu et son cadavre, il n'y a aucune différence chimique. Juste la disparition du phénomène vivant, à savoir l'ensemble procédurale chimique cohérent en interaction avec un contexte (milieu intérieur + milieu extérieur), qui sous-tend/maintient l'homéostasie ou d'autres aspects régulateurs comme l'apoptose.   [...]