• Forum - Question, Hybridation, Amorces

[Génétique] PCR - hybridation de l'amorce

je me pose une question sur l'hybridation des amorces, particulièrement en pcr mais ma question reste valable en southern blot.  [...] pour un bon appariement de l'amorce, il faut que les interactions soient quand même assez fortes ( je parle de liaisons faibles...) pour une amorce classique il faut compter environ 18 nucléotides si tu utilise une amorce avec une mutation à l'intérieur comme celle dont tu parle il va falloir que l'amorce soit plus longue car comme les bases sont mésapariées à l'endroit de la mutation, il faut que les forces de cohésions soient assez fortes pour que le brin ne se détache pas tout seul avant le passage de la Taq polymérase.  [...]

[Biologie Moléculaire] Température de fusion de l'ADN (Tm)

Peut-être obtenus de manière expérimentale...en tout cas cette formule ne tient pas compte de la concentration en ions de la solution aqueuse d'ADN.   [...] Il suffit de voir les derniers articles sur cette question. la plupart des molécularistes mettent 55 ou 57°C en température d'hybridation même si leurs amorces devraient beaucoup plus haut.  [...]

Questions sur la PCR

Merci du renseignement. Sinon je me demandais comment ça se fait que le brin simple d'adn s'hybride avec l'amorce et non pas avec son brin complémentaire produit apres dénaturation. Je pense que c'est parce que l'amorce est bien plus petite et surtout en plus grande quantité mais ce n'est qu'une supposition.  [...] C'est une question de probabilité, en moles les amorces sont largement majoritaires. Donc même si une partie de l'ADN se réhybride avec son brin complémentaire, la grande majorité s'hybridera avec l'amorce. La taille n'a pas vraiment à voir, ensuite c'est plus une question de Tm (température d'hybridation).  [...]

[Génétique] PCR ou RT-PCR

La PCR amplifie une séquence d'ADN donnée grâce à deux amorces définies, autrement dit elle a une valeur d'identification =si les amorces s'hybrident et si l'amplicon qu'on obtient à la bonne taille, dans ce cas, c'est qu'on a ce qu'on veut dans le tube. Ca permet donc de savoir que dans l'échantillon il y avait notre cellule ou notre gène.  [...] une PCR suffit pour répondre à cette question, si ce sont des gènes conservées, une réponse négative peut indiquer que les séquences d'hybridation des amorces sur l'ADN de votre organisme sont différentes sans pour autant rendre le gène ou la protéine inactif.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR maîtrise de la Tm

Bonjour à tous, voilà j'ai juste une petite question toute simple. Entre mon cours et le poly de ma prépa l'explication n'est pas la même à propos de la Température d'hybridation des amorces PCR.  [...] Si la température d'hybridation est appropriée pour une amorce mais pas pour l'autre, tu n'auras pas d'amplification du fragment voulu.  [...]

[Biologie Moléculaire] Améliorer la spécificité d'amorces

Je ne comprends pas bien ce que vous voulez faire. Cependant j'ai une question. Est ce que vous connaissez les séquences de vos allèles Parce que dans ce cas vous pouvez déterminer vos amorces pour qu'elles se terminent en 3' sur une partie variable. Pas d'hybridation pas d'amorcage.  [...] En fait, je travaille sur une espèce qui vient de l'hybridation de deux espèces apparentées. Ce que je désire développer ce sont des marqueurs qui me permettent de déterminer dans l'hybride la provenance de chaque allèle. par exemple. allèles A et B de l'espèce 1 et allèles C et D de l'espèce 2.  [...]

[Biotechnologie] Principe de la PCR

La deuxième période s'effectue à une température généralement comprise entre 40 et 70°C, dite température d'hybridation des amorces. La.  [...] par une meilleure stabilité de la liaison au moment de l'hybridation des amorces. Plus les amorces sont riches en cytosines et guanines, plus leur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage

Ta température d'hybridation est faible, quel est le Tm de tes amorces Peux tu nous donner la séquence de tes amorces pour les checker.  [...] A une température aussi basse d'hybridation, la stringence étant moins forte il peut y avoir une formation de structures secondaires empêchant la PCR, sur les amorces ou sur la matrice. Essayes une température plus haute comme le recommande YouLab, à 60°C, cela peut résoudre ton problème.  [...]

[Biochimie] Demande de definitions

Falindor avait partiellement raison en parlant de l'ARN. En effet pendant la réplication chez les eucaryotes, le brin retardé est synthétisé a partir d'amorces d'ARN. Cependant on ne parle pas à ce moment d'hybridation puisque les amorces sont synthétisées directement sur place.  [...] Lorsqu'on parle d'hybridation des amorces on parle de phénomene in vitro, et dans ce cas c'est en effet la complémentation des amorces d'ADN sur leurs séquences cibles.  [...]

Température d'hybridation et PCR

Maintenant pourquoi on se place 5°c en dessous du Tm pour avoir la température d'hybridation J'y pense maintenant ça doit être un compromis entre une dénaturation suffisante de l'ADN (ou plutôt une renaturation pas trop rapide de l'ADN après l'étape de dénaturation pour permettre l'hybridation aux amorces) et une température suffisamment basse pour permettre l'hybridation (d'où 5° en dessous du Tm). Non.  [...] La denaturation s'effectue a 94°C pour séparer les deux brins d'ADN. Les amorces etant en large exces par rapport a la matrice lors de l'hybridation (a un Tm bas pour etre certains qu'elles s'apparieront) leur hybridation avec la matrice est favorisée.  [...]