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Analyse statistique diversité séquence protéique

Je suis étudiante en deuxième année de Master Recherche en Microbiologie de l'environnement et dans le cadre de mon stage, je travaille sur la diversité d'une séquence protéique qui présente une certaine variabilité. La question est de savoir si la diversité de cette séquence est influencée par l'environnement.  [...] Nous disposons d'une série de données obtenues à partir de l'échantillonnage de plusieurs sédiments. Pour chaque sédiments, il y a environ 80 séquences. Les coverage value ont été calculé selon l'indice de Good et sont supérieurs à 0,5 pour tous les sédiments.  [...]

Une question sur la biologie et l'évolution.

Il me semble que ce n'est pas le cas. Déjà il y a un contre-exemple évident. un foetus est dans un environnement stérile (d'accord, certains vont argüer que ce n'est pas un individu, je n'entrerai pas dans une telle polémique). Ensuite, faudrait examiner le cas de patients vivant dans une enceinte stérile. il me semble qu'il n'ont pas de microbiote.  [...] Maintenant, si la question est si certain unicellaires se retrouvant seuls dans un environnement favorables (une planète vierge ) pourraient être à l'origine d'une diversité du vivant comparable à celle sur Terre Peut-être bien.  [...]

processus evolutif interne aux especes ? - Page 2

On constate une baisse de la biodiversité, avec l'extinction d'espèces probablement causé par les activités humaines. Pourtant de tout temps, il y a eu des changements de l' environnement, parfois très brutaux, et la nature a toujours été diversifiée. Ma question est donc pourquoi on observe une baisse de la diversité Normalement, une espèce qui meurt à cause de l' environnement signifie qu'autre part, une autre espèce s'adapte/évolue à cet environnement (c'est simpliste, certe, mais c'est l'idée) Où est ce que l'on (nous, l'Humanité) modifie notre environnement à une vitesse trop rapide pour que l'évolution maintiennent une diversité suffisante (j'entend par suffisant, suffisant pour que  [...] dire que j'ai tort, je pourrai lui dire que nous n'avons pas encore trouvé de fossiles...et qu'il n'y comprend rien... Enfin, il y a l'aspect majoritairement passif dans lequel est enfermé l'information génétique et ses mécanismes quant apparaît un changement environnemental (pour l'image, je te mets une claque (à l'organisme), tu te couches ou tu réagis si tu n'es pas trop sonné certes (adaptation), mais ne pouvais tu pas la voir venir et anticiper ) L'épigénètique semble ouvrir un chemin, et peut être que ca expliquera le paradoxe de la valeur C et pourquoi ce n'est pas déjà un grand désert total autour de Tchernobyl.  [...]

y a t-il un gène de l'homosexualité? - Page 3

Pour la personnalité, dont parle mmy, on a pu mettre aussi en évidence une part génétique, et je pense qu'on doit aussi avoir des études montrant l'importance de l'expérience. Mais je vois mal comment on pourrait montrer chez l'humain si on a existence d'une part générée aléatoirement, et faire la différence entre cette part et une variable environnementale non contrôlée.  [...] ). Sans vouloir pinailler sémantiquement, je dirais que l'Homme n'est pas le produit de ses gènes ni de l'environnement, mais plutôt de l'interaction entre ces deux paramètres, ce qui autorise un champ des possibles infini (étant donné la diversité génétique et l'environnement variable).  [...]

phages et S&V

Si on regarde ce qu'a séquencé Venter dans la mer des Sargasses la diversité des phages est assez faible. Il s'agis essentiellement d'un seul groupe de phage de cyanobactérie (qui est connu, car très abondant). J'ai eu le loisir de faire le même type d'étude mais avec une approche plus classique avec des amorces PCR (un peu comme on fait avec l'ARN16S des bactéries).  [...] Avec cette approche on détecte une bien plus grande diversité de phages parceque les amorces n'amplifie pas forcément l'ADN le plus abondant mais aussi celui qui colle le mieux avec la séquence des amorces. Les 2 approches sont toutefois complèmentaires car l'approche PCR ne cible qu'un seul gene et ne couvre pas la diversité du contenu en gène.  [...]

[Evolution] Les yeux bridés : comment c'est arrivé ?

C'est vrai pour des bactérie, et pour des grosses bêtes sur des temps très longs, mais ce n'est pas ce qu'on observe sur des temps courts pour des organismes sexués. Ces derniers s'adaptent en faisant varier la fréquence de leurs allèles sans les fixer, ce qui a pour conséquence de préserver la diversité génétique et donc de permettre une ré-adaptation rapide en cas de rétablissement de l'état de l'environnement.  [...] (...) des organismes sexués. Ces derniers s'adaptent en faisant varier la fréquence de leurs allèles sans les fixer, ce qui a pour conséquence de préserver la diversité génétique et donc de permettre une ré-adaptation rapide en cas de rétablissement de l'état de l'environnement.  [...]

[Immunologie] Phénotype immunitaire

La diversité du phénotype immunitaire a pour origine des mécanismes génétiques (d'épissage alternatif notamment) et ce répertoire évolue au contact de l'environnement.  [...] Autre question. puisque le répertoire immunitaire est constamment renouvelé par la disparition de certains clones (qui meurent au bout d'un moment si ils ne sont pas sollicités) et l'apparition aléatoire de nouveaux clones (même si on dispose de lymphocytes mémoire en réserve), est-il possible que certaines personnes n'aient pas de clones lymphocytaires spécifiques d'agents pathogènes courants (parce qu'elles n'en n'ont jamais synthétisé ou parce que, n'ayant jamais été sollicités, ils auraient disparu).  [...]

Diversité des humains

Ma première question. quel indicateur scientifique permettrait de comparer la diversité génétique au sein d'une société humaine comme celle du Suriname avec celle qui existe en Bretagne, au Danemark ou au Burkina Faso par exemple.  [...] Ma seconde question. à partir de cet indicateur, s'il existe, a-t-on déjà pu conclure que tel groupe humain (la population du Suriname ou des Antilles par exemple) possède, de façon significative, une plus grande diversité génétique qu'un autre, de Bretagne par exemple.  [...]

[Biochimie] Protéases et sites de reconnaissance

petite question très rapide. existe-t-il beaucoup de protéase spécifique, comme la TEV (tobacco etch virus protease) qui ne clivent qu'une séquence très précise d'acides aminés je sais que la TEV coupe à une séquence Glu-X-X-Tyr-X-Gln/Ser, mais les autres protéases que je connaisse clivent simplement après un ou deux acides aminés précis.  [...] Des protéases tu en a évidemment plein différente. selon la séquence en acide aminé (beaucoup d'espèces vivantes impliquent une grande diversité génétique / protéique), selon le mécanisme,  [...]

Question sur la théorie de Darwin (sélection naturelle)

Bon, il faut bien avoir à l'esprit que la sélection naturelle n'agit pas tant que ça sur le mode du struggle for life où il y a nécessairement des meilleurs et des moins bons... Beaucoup de caractères sont tout d'abord extrêmement dépendants du contexte environnemental ou du contexte biologique (certains caractères sont avantageux en fréquence faible mais si leur fréquence dans une population augmente ce caractère devient désavantageux).  [...] Pour qu'une espèce reste stable, les individus qui la composent doivent être variables, c'est-à-dire d'une grande diversité génétique. Si le patrimoine génétique d'une espèce est pauvre et qu'il se produit un changement dans la pression de l'environnement, l'espèce peut disparaître totalement faute de quelques individus pourvus de caractère résistant à la nouvelle pression de l'environnement.  [...]