• Forum - Puces, Génome, Bactérie, ADN, Prélèvement

detection de germes pathogènes

Sinon il y a aussi la possibilite de mettre en culture sur des milieux specifiques pour voir quels sont les bacteries presentes. Actuellement a partir de prelevement hospitalier, la maniere la plus rapide est d'utiliser des galeries DAPI. qui sont de petites cupules contenant un sucre ou un reactif special.  [...] Sinon, les puces à ADN ont un avenir certain en bactério de routine (que ce soit médical ou agroalimentaire). Il suffira simplement d'obtenir des puces sur lesquelles sont fixées des sondes spécifiques du génome de telle ou telle bactérie puis d'effectuer une hybridation à partir d'un extrait d'ADN du prélèvement à analyser.  [...]

[Biologie Moléculaire] Meilleure technique d'extraction ?

En fait je travaille sur sang total, à partir de prélèvement de patients en tubes héparine-lithium (on cherche à caractériser des gènes impliqués dans le retard psycho-moteur). A partir de ces échantillons, on utilise la technique de CGH-Array.  [...] Je ne connais pas les détails des conditions d'hybridation sur CGH. As-tu un seuil de quantité d'ADN pour pouvoir hybrider Dans mon cas, je m'intéressais aux quelques minimes copies de génomes viraux que je pouvais chopper dans le sang total et donc, je devais avoir au minimum 10 7-8 copies de génomes viraux pour espérer détecter quoi que ce soit sur la puce.  [...]

[Génétique] Technique Microarray = puce à ADN

Dans mon cours on a pris l'exemple d'une levure, son génome ne contient que 6000 gènes mais pour l'homme comment fait-on Il doit très certainement en compter beaucoup plus. Ou est-ce que l'on dépose sur la puce uniquement les gènes susceptibles d'être surexprimés dans le cas de la pathologie considérée.  [...] je ne suis pas un spécialiste, mais il existe différents types de puces. Certaines contiennent des sondes pour quelques gènes particuliers regroupés par thème, en tout cas toutes les puces ne sont pas faites pour contenir des sondes pour tout un génome.  [...]

[Divers] Analyse statistique de données des puces ADN

Tu as bien entendu le droit de poser des questions, mais même les spécialistes des puces à ADN (ce que je ne suis pas) ne pourront t'aider efficacement que si la question est suffisamment précise. Par exemple pour analyser mes résultats on m'a conseillé le test de Smith et Wesson or je ne comprends pas le fait que bla bla bla a plus de chances de t'apporter une réponse ciblée et efficace que Comment analyser des données de puce à ADN, qui risque simplement de t'apporter la réponse Tu devrais utiliser le test de Smith et Sesson.  [...] Je travaille sur des données issues de puces ADN nylon (marquage radioactif). J'ai 7 puces dont 4 controle et 3 marquées positivement à la maladie d'Epstein Barr (EBV). Et je cherche quels sont les genes différentiellement exprimés entre ces deux conditions.  [...]

Expression de gène

En ce qui concerne les puces à ADN, on sélectionne plusieurs gènes ADN (transformé en simple brin) qu'on souhaite analyser sur des petites surfaces planes et on fixe l'ADN (polylysine). Un spot = un gène ADN amplifié (pour avoir un résultat visuel et interprétable) et sélectionné par PCR (Polymerase Chain Reaction).  [...] Ils pourront par complémentarité des bases azotées, se lier à l'ADN qu'on a fixé au début, mais seulement si les gènes sont présents. Pour détecter ces hybridations il faudra au préalable marquer par un colorant les ADNc. On pourra donc savoir si la cellule dont on a prélevé les ARN totaux expriment ou pas les gènes qu'on a fixé et amplifié au début.  [...]

[Génétique] puces à ADN

J'ai cru comprendre que l'on doit tout d'abord fixer sur la lame de la puce des fragments d'ADN des gènes d'interets (mais je ne comprends pas bien comment on fait.. doit-on connaitre le génome de la cellule pour pouvoir ainsi sélectionner les gènes recherchés).  [...] D'où le fait que les puces à ADN vont progressivement être remplacées par le séquençage massif des ARNs (RNA seq), où là tu t'affranchies de ce problème et peut détecter tout (= des choses beaucoup plus faiblement exprimées, et qui jusqu'à présent n'étaient pas annotées).  [...]

[Génétique] Puce à ADN

Je voulais savoir pourquoi nous devons passer par l'ADNc pour effectuer l'hybridation Un ORF est bien supposé être un gène codant dans ce cas là pourquoi ne pas directement travailler avec des ADN au lieu d'ADNc.  [...] Ce qui nous intéresse dans ce genre d'études, c'est bien d'avoir accès à l'expression différentielle de transcrits dans des conditions différentes à partir d'une information génétique génomique qui est toujours la même.  [...]

[Génétique] Petite question sur la CGH

Non, l'hybridation ne se fait pas entre l'ADN du témoin et du patient mais avec les sondes fixées au fond de chaque puit qui sont synthétisées de façon à être complémentaires au fragment d'ADN en question (du témoin et du patient mais plus ou moins bien selon qu'il y a des duplications ou des délétions).  [...] Cette hybridation se fait toujours par complémentarité des bases AT et GC. D'ailleurs la complémentarité des bases d'ADN est un des principes fondamentaux dans l'utilisation de la cgh.  [...]

Génomique, Protéomique

En génomique, il est malheureusement très en retard sur les avancées actuelles puisqu'il a été écrit dans la période précédent le séquençage du génome humain ouvrant sur de nouveaux horizons.  [...] En ce qui concerne les technique c'est la même chose. Je dirais néanmoins que les puces à ADN ont la côte, et ce, pour pas mal de thématiques... Les iRNA sont également très à la mode mais ce n'est pas à proprement parlé de la génomique et ils sont plus utilisés pour les approches fonctionelles.  [...]

[Divers] Grandes questions non résolues en biologie

Actuellement, tous les gens travaillant sur les genomes sont d'accords pour dire que la post-genomique est le nouveau defit a relever pour la recherche. Dieu seul sait les surprises qui nous attendent. Meme les proteines n'ont pas livre tous leurs secret.  [...] En fait, plutôt que de parler de fin des grandes découvertes, je dirais plutôt que la biologie est en train de rentrer dans une nouvelle phase, bien plus complexe. En effet, l'émergence des puces ADN, de la génomique et maintenant de l'étude du protéome (ensemble des protéines et de leurs relations) amène des études plus complexes, moins faciles à visualiser.  [...]