• Forum - Protocole, Séquençage, Séquence

[Biologie Moléculaire] Génotypage par MST

Je cherche le protocole expérimentale pour réaliser le séquençage par Multi spacer sequence typing.  [...] c'est à dire le séquençage des zones intergéniques d'une bactérie (moi je vais travailler sur les leptospires) alors je ne sais pas en gros comment ca marche cette technique, je connais le principe mais je veux bien que quelqu'un me cite un protocole expérimentale les différent étape a procéder ect.  [...]

[Biologie Moléculaire] Race_pcr

J'ai cloné une séquence partielle d'ADNc et confirmé par un séquençage celle-ci. Par contre ma séuence d'ARNm qui a été cloné en ADNc n'était pas complète, il me manque la fin de la séquence donc l'extrémité 3'. Quel sont les étapes d'un protocole RACE (rapid amplification of cDNA Ends) me permettant d'identifier cette partie manquante.  [...] Il me semble etonnant que ca soit la partie 3' de ton ARNm qui est manquante.   [...]

[Génétique] Problème de sequençage

Je reviens vers vous pour m'aider à dépasser un problème dans le séquençage, enfait j'ai eu beaucoup de difficultés pour avoir un produit PCR, j'ai utilisé 360 CG enhacer pour eleminer les bandes non spécifiques, et la bande de ma pcr était faible, j'ai séquençé quand même, mais j'ai rien, la taille est de 1800 pb.  [...] J'ai suivi le protocole standard de séquençage ou j'ai toujours de bons résultats.  [...]

sequencage du genome humain

Le séquençage d'un génome permet de déterminer les séquences (d'ou séquençage) de nucléotides de l'ADN d'un organisme. Les fins de ce séquencage sont diverses selon la personne qui la réalise. Par exemple, il est interessant de connaître la séquence des gènes impliqués dans la division cellulaire, ou dans le développement etc.  [...] Du coup, peu importe l'humain ( sain de préférence, donc sans maladie pouvant affecté son génome ) choisi pour le séquencage. Les différents loci (lieu ou la séquence de ton gène se trouve sur ton chromosome) des différents gènes seront les mêmes chez tous les humains, toute proportion gardée pour les mutants bien entendu.  [...]

Séquençage de l'ADN

Ah je crois que j'ai compris ce que tu veux dire. en gros on accroche la séquence inconnue sur une autre connue (plasmide par exemple) et du coup on peut synthétiser la 1ère amorce complémentaire du plasmide et comme ça le séquençage va se poursuivre dans notre séquence inconnue.  [...] Par ailleurs tu précises qu'on s'en fout avec le séquençage total, mais pour moi ça pose un véritable problème de ne pas savoir lequel des deux brins on séquence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gros problème.....

et la au surprise je ne détecte aucunes bandes avec le kit qiagen, mais j'en détecte avec mon autre protocole (les bandes ne sont pas propres et très grosses... donc pas génial pour du séquencage et de la transfection). Nous avons donc cherhé pourquoi cela ne marche pas avec le kit qiagen.  [...] mais la quantité d'adn ne semble pas etre un probleme sauf à grande dose car le PCR marche avec l'utre protocole d'extraction (typa maxiprep) et sur la suspension bactérienne.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Soit il y a une seule plante dans l'échantillon. après amplification par PCR, vient le séquençage. J'ai vu qu'il existait plusieurs types de séquençage. pyroséquençage, séquençage par synthèse,... qui diffèrent par le nombre de fragments obtenus, la longueur des fragments, le taux d'erreur, le coût d'analyse par séquence.  [...] Bref, je comprends pas trop où va ton expérience. Soit tu as une information très précise à obtenir, sur un nombre limité de séquences, et tu fais du pyro-séquençage. Soit tu cherches à avoir une vision plus globale de ton génome et tu passes par du séquençage à haut débit (et après le choix de la méthode de séquençage à haut débit dépend des informations recherchées).  [...]

définition d'une séquence en biologie

Le mot séquence peut faire référence à séquence protéique, séquence d'ADN (entendez séquence des bases d'ADN puriques ou pyrimidines), séquence d'ARN (l'uracile remplace la thymine dans le séquençage), ou alors séquence au niveau d'un fichier texte contenant la séquence d'une molécule biologique (branche de la bio-informatique).  [...] C'est le brin codant qui est lu et transcrit par l'ARN polymérase, puis ensuite grossièrement il y a la synthèse d'une séquence d'acides aminés qui constitue la protéine à partir de la traduction des ARN messagers.  [...]

[Microbiologie] Problème pour l'analyse d'un article

Alors j'ai regardé vite fait et je pense qu'il s'agit d'un séquençage par extension d'amorces. Les lettres à gauche sont les 4 oligonucléotides A, T G et C composant la séquence d'ADN et les bandes en dessous indiquent quand il y a un A, un T, un C ou un G dans la séquence. Elle se lit en partant de ton amorce.  [...] Il ne reste plus qu'à regarder sur le gel séquençage à quelle base il correspond pour connaitre le point +1. Ainsi, en déterminant la séquence en amont et en aval de ce point, on connait sa localisation précise. Toutefois, il ne faut pas oublier de reverse-complémenter la séquence obtenue pour être en présence de la séquence codante, puisque l'extension d'amorce et le séquençage se font sur le brin non codant.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquences régulatrices

Il y a de l'idée. En premier lieu, je suppose que tu compte isoler ta séquence depuis une banque d'ADN génomique par PCR...Dans ce cas, une fois ta séquence amplifiée, un séquençage est la première chose à faire. En effet, dans le cas où tu n'isole pas la bonne séquence, la fusion avec un gène rapporteur peut te donner un résultat faux-positif (ou faux-négatif si un problème survient pendant la réalisation de la construction).  [...] Le séquençage permet donc de s'en assurer. Si l'expression tissu-spécifique de la protéine dépend de cette séquence, alors la construction hétérologue est un bon moyen de savoir si ton isolement est correct et si la séquence régulatrice isolée est intègre.  [...]