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[Biologie Moléculaire] Les récépteurs SH2 et SH3

Du coup la liaison de cette protéine à la tyrosine phosphaté du récepteur de l'insuline ne se fait qu'au niveau du SH2 qui n'est pas possesseur d'une activité de type kinase. Les autres protéines adaptatrices (que j'appelle B) vont se fixer sur A par les sites SH3 qui ont par contre une activité de type kinase (phosphorylation des B = activation des B).  [...] J'ai vérifié deux trois petites choses et tout me semble clair sauf peut être une chose. Je prends le cas de la signalisation de l'insuline. Quel est le domaine de fixation entre IRS et P85/P110 un domaine SH2 Comment la protéine IRS (donc toute première protéine qui se fixe à la tyrosine phosphatée dans le cas général) se phosphoryle Est-ce que dès fixation à la tyrosine phosphatée on a un changement de conformation de la protéine qui permet l'activation d'un domaine catalytique de type kinase sur la protéine Cette autophosphorylation permet de réellement activer la protéine qui peut être reconnu par les autres protéines de signalisation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

La reconnaissance doit très probablement se faire par complémentarité de séquence. Du moins (d'après mes connaissances) c'est le cas pour la grande majorité des protéines reconnaissants les sites de régulation au niveau du promoteur.  [...] Imaginons maintenant deux sites de liaison identiques en séquence pour une DNA binding proteines Y sauf qu'un site est enrichie en histone X crutant éfficacement la proteine Z.  [...]

[Biologie Moléculaire] polymorphisme de restriction

C'est une séquence de l'ADN qui peut être reconnue par une enzyme de restriction. Les enzymes de restriction sont des protéines capables de reconnaître ces sites et de couper l'ADN à ce niveau. Les sites de restriction ont la particularité d'être des site palyndromiques, c'est-à-dire qu'ils sont les mêmes dans un sens ou dans l'autre.  [...] En lisant cet article, vous comprendrez d'une petite modification de la séquence d'ADN peut faire apparaître ou disparaître un de ces sites de restriction, et que ce phénomène peut être exploité pour détecter ces polymorphismes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Il y a t-il une séquence promoteur chez les eucaryotes?

Je voudrais rajouter que chez les procaryotes, les sites de régulation de la transcription sont petits et proches. Ils sont situés généralement en amont des promoteurs. La fixation des protéines régulatrices au niveau de tels sites stimule ou inhibe directement la fixation de l'ARN polymérase.  [...] Alors que chez les eucaryotes, les régions régulatrices sont beaucoup plus grandes et peuvent être situées à une centaine de paires de bases des promoteurs. Les protéines régulatrices se fixent au niveau de ces régions, mais à une distance trop grande pour interagir directement avec le promoteur.  [...]

Intégration de VIH-1 dans la chromatine: la chute d'un dogme.

Je suppose donc que les étapes où le VIH a besoin d'interagir physiquement avec l'hôte au cours de son cycle sont de bonnes stratégies thérapeutiques. En effet, même si le virus peut muter tant qu'il veut tant que ses différentes fonctions sont préservées, il ne peut pas muter les zones d'interactions avec l'hôte sous peine de ne plus pouvoir interagir avec les protéines concernées (vaste hypothèse à confirmer ou infirmer).  [...] de l'éviction de nucléosome). Ce qui est connu c'est qu'effectivement son activité est régulé in vivo surtout au niveau du recrutement du remodeleur sur les sites à remodeler. Ce sont généralement les modifications d'histones (acétylation/méthylation) qui recrutent certaines protéines qui elles même vont recruter le remodeleur.  [...]

[Biochimie] site de coupure de l'alcalase

voila, j'ai une petite question. savez vous quel est ou quels sont les sites de coupure de l'alcalase au niveau de la protéine, autrement dit après quels acides aminés cette enzyme coupe la liaison peptidique.  [...]

Quelques sites

Connaissez vous des sites sur les mécanismes des drogues au niveau du cerveau et leurs communications avec les neurones.  [...] Avec la prise chronique de cocaïne, le cerveau vient qu'à s'en remettre à cette drogue exogène pour maintenir un niveau élevé de plaisir associé à l'élévation artificiel du taux de dopamine dans ses circuits de la récompense. La membrane post-synaptique va même aller jusqu'à s'adapter à ce haut taux de dopamine en synthétisant de nouveaux récepteurs.  [...]

[Biologie Cellulaire] Aide pour culture en boite de Pétri de cellules type cellules d'oignons.

Enfin, les cellules doivent être un minimum connu et que je puisse trouver sur des sites comme NCBI.org des protéines la composant.  [...] Des cellules en forme de synapse serait dur à distinguer l'une de l'autre si elles se collent. Ensuite, j'aimerai pouvoir voir les cellules lors de leur mitose, car mon projet se penche particulierement sur cet aspect. Enfin, je cherche des cellules pas trop complexe, car il m'est necessaire de connaitre des protéines vitales à son fonctionnement et leur chaine pepitidique (je prends mes sources sur NCBI.org, peux tu me conseiller un autre site ).  [...]

[Biologie Moléculaire] Introns et régulation

Tout d'abord, non, toutes les séquences non codantes extragéniques n'interviennent pas dans la régulation (ex. les minisatellites). Il en existe cependant qui interviennent dans la régulation de façon cis. pour faire très simple, imagine qu'elles ont une séquence particulière à laquelle une protéine A pourrait se lier, et celle ci se lierait à une protéine B elle même liée au niveau du promoteur.  [...] Il y a aussi des sites d'épissages alternatifs dans certains introns qui conduisent à la production de protéines différentes.  [...]

Protocole

Quand la protéine kinase A est activée, ces sous unités sont dissociées et les sites catalytiques sont à découverts pour phophoryler d'autres protéines.  [...] Donc tu vois que la PKA utilise l'ATP pour phosphoryler la LHS au niveau de plusieurs sites, en cherchant dans la biblio on voit qu'il s'agit principalement de la sérine 563, sérine 659 et sérine 660. Apparemment la biblio dit que la phosphorylation de la sérine 563 joue peu dans l'activité de la LHS donc on va éviter de l'utiliser dans le protocole.  [...]