• Forum - Protéine, Fonction, Charge

[Biologie Moléculaire] Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

Je me posais une simple question. Comment une protéine (facteur de transcription en général) peut-elle se fixer spécifiquement à une séquence d'ADN.  [...] On reprend. Les protéines assurant une liaison avec l'ADN portent le nom générique DNA Binding Proteins. Elles contiennent une partie (ou une sous-unité, s'il s'agit d'une protéine multimérique) qui assure cette liaison, le reste de la protéine étant chargé avec la fonction en elle-même (activateur, répresseur de transcription,...).  [...]

chromatographie / électrophorèse

Tout dépend de ce que tu veux faire. une électrophorèse sépare tes protéines en fonction de leur taille. Quant à la chromatographie il faut préciser, car tu as des chromato d'exclusion filtration sur gel (Sephadex) qui permettent la séparation en fonction du rayon de Stokes (et donc indirectement de la taille), chromato d'affinité qui permet de concentrer ton extrait protéique, chromato échangeuse d'ions qui sépare en fonction de la charge de la protéine etc.  [...] Avec une électrophorèse simple tu sépares tes protéines en fonction du poids moléculaire uniquement. Avec une chromatographie selon le solvant utilisé il me semble que tu peux séparer tes protéines en fonction de leurs charges. Je pense que ça doit être pour cela que tu utilise ces 2 méthodes.  [...]

[Biochimie] Fonction des protéines

Pour faire le lien entre le gène et une fonction, il faut savoir que les protéines ont des structures et des fonctions très très diverses. Pour donner des exemples.  [...] Le gène CFTR code une protéine qui est en charge de transporter les ions chlore a travers les membranes des cellules. Une mutation de ce gène peut conduire a l'absence de la protéine ou a une altération de sa fonction (et ou de sa srtucrture). La conséquence sera une anomalie de l'homéostasie du chlore qui conduira a une maladie qu'on a appelé la mucoviscidose.  [...]

[Biochimie] Electrophorèse en condition dénaturante et native

1°) la première va se faire alors que la protéine a été chauffé et n'est plus en condition native, fonctionnel. celle-ci va dépendre seulement de la masse de la protéine.  [...] Je pense que lors de l'électrophorèse en conditions natives, la protéine est séparée en fonction de sa charge et de son poids moléculaire(PM) d'où la migration en deux bandes A et B. Quant à son électrophorèse en présence de SDS, la séparation de la protéine est en fonction de son PM seulement, je me trompe.  [...]

difference entre le ph optimum et le ph isoelectrique

j'ai une question, j'espère que vous pourrez m'aider. quelle est la différence entre le ph optimum et le ph isoélectrique, vu que tous les deux font qu'en milieu plus acide, l'acide aminé (la protéine, enzyme) est de charge positive, alors qu'en milieu basique celui ci est de charge négative.  [...] alors si j'ai bien compris, en supposant que le pH optimum d'une protéine est pH= 2.3. Alors. en milieu à pH=4 par exemple, ça ne veut pas systématiquement que cette protéine deviendra de charge plus négative, elle prendra alors sa charge en fonction de son pHi, même si celui ci ne s'accorde pas avec son pH optimum.  [...]

chromatographie échangeuse d'ions

L'echangeuse de cations est une colonne permettant de trier les proteines en fonction de leur charge en liant les proteines chargees positivement. La charge d'une proteine est dependante du pH en raison de la presence de residus acides ou basiques. La proteine est chargee + a pH acide et - a pH basique.  [...] Quand on augmente le pH on commence par fixer les protons sur les fonctions COO- et les acides aminés ont alors une charge exclusivement positive ce qui leur permet de se fixer sur des résines échangeuses de cations.  [...]

[Biochimie] migration des AA proline glutamine

En effet j'ai fais migré une protéine composée de ces deux acides aminés, et au lieu d'arriver à la taille attendue de 30kDa, elle arrive à 40kDa. Je sais qu'avec les western c'est rare de trouver la taille attendue, sans parler des modifications post-traductionnelles possibles.  [...] Sinon, pour en revenir à ta question, ton résultat ne m'étonne pas trop en fait. La migration en WB SDS PAGE a lieu du fait de l'association de SDS (chargé -) à la protéine. Habituellement, on considère que le nombre de SDS associés à une proteine est fonction uniquement de sa taille mais vu la très faible diversité d'aa contenue dans ta prot, il n'est pas choquant qu'elle ne se comporte pas de la même façon que le marqueur de taille.  [...]

[Biochimie] Conséquence de changement d'acide aminé.

Beaucoup d'acides aminés auront une action en fonction de leur chaine latérale. Dans ce cas ci, une valine, assez neutre remplace un acide glutamique chargé positivement. Ce genre de modification, plutôt importante, va perturber l'équilibre électrostatique de la protéine et pourra entrainer une modification.  [...] Le repliement des protéines ne se fait pas de manière volontaire (il n'y a pas un organite qui décide comment replier la protéine). Le repliement se fait en fonction des acides aminés et de leur caractéristiques et se fait petit à petit. Un premier repliement va permettre un second replient (en rapprochant des acides aminés éloignés) et ainsi de suite comme le montre cette image.  [...]

[Biochimie] Précipitation des protéines

Pour le NaOH, c'est une question de pH mais là, ça dépend totalement de la protéine étudier. En effet, si tu fais un diagramme de prédominance de ta protéine en fonction du pH, tu va t'apercevoir que plus on se rapproche du pH où la protéine devient zwiterrion (charge nul) plus elle précipite.  [...] Il me semble que les protéines du blanc d'oeuf ont un zwiterrion proche du pH4 donc quand tu rajoute ton NaOH (pH13 à concentration élevé 1 M ) et bien tu vas t'éloigner de ta zone de zwiterrion et ta protéine du fait de son nombre de charge ionique à sa surface, va se solubiliser avec l'eau.-D.  [...]

détection de l'epo?

Le point isoélectrique permet de faire migrer la protéine selon un gradient de pH,et elle va s'immobiliser sur le gel lorsque elle atteint une charge globale nulle...C'est nottament utilisé en couplage avec une migration SDS dans les électrophorèse 2D.  [...] On révèlent leur positions ensuite avec un film radio. En fonction du lieu où ils ont migrer, on en deduis la charge éléctrique des protéine EPO. En cas de dopage, elle est differente de la charge de l'EPO naturelle.  [...]